Противодействие советской национальной политике и новому национально-государственному устройству СССР в условиях перехода к социализму в ряде регионов проявлялось в форме вооруженных выступлений.
Басмачество. Басмачи (от тюрк.: басма — налет) издревле действовали на территории Средней Азии. До 1917 г. их многочисленные отряды занимались исключительно грабежами местного населения и торговых караванов, фактически басмачи были профессиональными бандитами и наемниками, политика их мало интересовала. После победы советской власти басмачи продолжали свое криминальное ремесло, но теперь у них появились и новые цели — борьба с советской властью и изгнание большевиков. Первые значительные очаги басмаческого движения возникли после разгрома большевиками Кокандской автономии на территории Туркестана, а после проведения национального размежевания — на территориях Узбекистана, Казахстана, Таджикистана, Туркмении и Киргизии.
В басмачи чаще всего шли те, кто рассматривал бандитизм в качестве легкого способа заработка, и те, кого не устраивала ни старая царская и ни новая большевистская власть. Среди басмачей было много дехкан, привлекавшихся речами местных религиозных деятелей. Приток сил в бандформирования во многом обеспечивался возможностью сделать карьеру, стать командиром (курбашем) и получить в качестве награды не только часть награбленного, но и сделаться хозяином определенной территории. Многие командиры крупных отрядов басмачей создавали в контролируемых ими районах некое подобие органов управления, становились местными властителями. Фактически многие становились басмачами не столько по политическим мотивам, а ради личной наживы.
Идеологической основой басмачества как политического течения являлись панисламизм и пантюркизм. Поддержку басмаческому движению оказывали исламские организации Шура-и-Ислам и Шура-и-Улема. Целью движения было отделение Туркестана от Советской России и создание Исламского государства Туркестан. Участники крупных вооруженных формирований басмачей называли себя моджахедами — участниками джихада, священной войны мусульман против неверных, всех немусульман.
Борьба с советской властью под лозунгами священной войны обеспечивала басмачам поддержку некоторой части верующих, национальной интеллигенции, исламских деятелей и лидеров, а также панисламских кругов Турции и других мусульманских стран. Кроме того, активную помощь как оружием, обмундированием, так и денежными средствами оказывали страны, имевшие в этом регионе давние интересы. Одну из активнейших ролей в помощи басмаческому движению играла Британская империя.
Тактика борьбы басмачей состояла в том, чтобы, базируясь в труднодоступных горных и пустынных районах, совершать конные рейды в густонаселенные районы, убивать большевиков, комиссаров, советских работников и сторонников Советской власти. Повстанцы прибегали к партизанской тактике: избегая столкновений с крупными частями регулярных советских войск, предпочитали внезапно нападать на небольшие отряды, занятые большевиками населенные пункты, а затем быстро отходить.
Отряды басмачей и их соединения достигали десятков тысяч человек. Их численность снижалась по мере укрепления советской власти в регионе. По советским данным, в басмаческом движении участвовало до 160 тыс. человек в 1920 г., около 20 тыс. в 1924 г., до 3 тыс. в 1931 г., от 200 до 300 человек в 1936 г., менее 100 чел. в 1938 г., от 20 до 40 человек в 1938–1942 гг. Соответственно снижались потери сторон (в том числе мирных жителей): 516 погибших в 1918–1922 гг., 689 погибших в 1922–1925 гг., 342 погибших в 1925–1930 гг., 76 погибших в 1930–1938 гг., 12 погибших в 1938–1942 гг. Всего за 1918–1943 гг. басмачество унесло 1635 жизней, насчитывало 2332 раненых, до 10 тыс. оказавшихся в плену, сложивших оружие и перешедших границу. Наиболее известными лидерами движения басмачей в Средней Азии были Джунаид-хан и Энвер-паша.
Джунаид-хан (Джунаид Курбан Мамед), сын вождя одного из туркменских племен из рода джунаид, свой первый отряд басмачей собрал в 1912 г., совершал набеги на соседние племена, грабил узбеков и каракалпаков. С 1915 г., объединив под своей властью несколько туркменских племен, пытался захватить власть в Хивинском ханстве. В январе 1918 г. ему это удалось и до 1920 г. он был фактически правителем ханства. С появлением на политической карте Хорезмской Народной Советской республики (на юго-западе современного Узбекистана), ханской власти пришел конец. В мае 1920 г. войска Джунаид-хана были разгромлены. Позднее он выступал в качестве наемника местных феодалов и буржуазии как организатор антисоветских выступлений. Последняя крупная попытка свергнуть советскую власть в Туркмении была предпринята им в 1931 г. В упорном бою, продолжавшемся двое суток в Кара-Кумах, басмачам было нанесено поражение. Через несколько дней неотступного преследования их остатки были вытеснены за границу. Действуя из Ирана, а потом из Афганистана, Джунаид-хан продолжал оставаться лидером басмаческого движения, руководил переходами подчиненных ему бандформирований через границу, засылал своих эмиссаров в Туркмению. В 1933–1934 гг. Красная армия вновь вела в пустыне ожесточенные бои с туркменскими басмачами. Они завершились лишь с уничтожением всех курбашей, выступавших против советской власти. В 1938 г., со смертью в Иране 81-летнего Джунаид-хана, басмачество как религиозно-политическое движение в Средней Азии было подавлено. Отдельные его проявления давали о себе знать до 1942 г.