Однако классовый подход оставался главным принципом выстраивания властной политики в отношении интеллигенции. При малейшем подозрении в противодействии власть немедленно прибегала к репрессиям. Узкий догматический подход был противопоставлен реальному многообразию жизни и ее культурных проявлений. И вновь пролетарская социальная основа революции пришла в противоречие с реальной сложной социальной и культурной структурой российского общества, которая имманентно включала и должна была включать так называемые мелкобуржуазные компоненты. Противоречия эти ликвидировались варварскими методами. В 1921 г. более 200 человек были арестованы по делу так называемой Петроградской боевой организации во главе с В.Н. Таганцевым (профессор географии, секретарь Сапропелевого комитета Академии наук). По решению Петроградской ЧК от 24 августа 61 из арестованных, включая выдающегося русского поэта Н.С. Гумилева, были расстреляны.
«Философский пароход». В июне 1921 г. Ф.Э. Дзержинский направил в Политбюро докладную записку об антисоветских организациях среди интеллигенции. Из записки следовало, что нэп создает опасность объединения и консолидации сил буржуазных и мелкобуржуазных групп. Особое внимание обращалось на антисоветскую профессуру в вузах, различных научных обществах. Противников советской власти обнаружили вокруг журналов «Экономист», «Экономическое возрождение», «Летопись Дома литераторов», вестника Пироговского общества врачей, а также в частных издательствах. Отмечалось, что вокруг издательства «Задруга» группируются члены партии энесов, а издательства «Берег» — преимущественно члены ЦК партии кадетов; издательство «Книга» находится в руках ЦК меньшевиков. В записке подчеркивалась «необходимость решительного проведения ряда мероприятий, могущих предотвратить возможные политические осложнения».
На основании записки Политбюро в июне 1922 г. создало специальную комиссию в составе И.С. Уншлихта, Д.И. Курского и Л.Б. Каменева. Она должна была подготовить предложения по арестам и высылке интеллигенции, закрытию органов печати. Инициатива высылки принадлежала Ленину, а контроль за исполнением операции был возложен на Сталина. «Надо бы несколько сот подобных господ выслать за границу безжалостно. Очистим Россию надолго», — писал Ленин. Политбюро несколько раз рассматривало работу комиссии по высылке интеллигенции, находя ее неудовлетворительной «как в смысле недостаточной величины списка, так и в смысле его недостаточного обоснования».
С июля 1922 по апрель 1923 г. из России в несколько приемов (в том числе на пароходах) было выслано более ста старых интеллигентов (вместе с семьями 228 человек). Среди них были профессора Московского университета, Московского высшего технического училища, Петровско-Разумовской сельскохозяйственной академии, Института инженеров путей сообщения, Археологического института; лица, проходящие по делу издательства «Берег» и по делу группы В.В. Абрикосова — священника Римско-католической церкви в Москве, сторонника объединения Римско-католической и православной церквей; агрономы, кооператоры, врачи, инженеры, литераторы. Среди высланных были также бывший ректор М.М. Новиков и декан физико-математического факультета Московского университета В.В. Стратонов; экономисты С.Н. Прокопович и Б.Д. Бруцкус, историк А.А. Кизеветтер, писатель М.А. Осоргин, философы Н.А. Бердяев, Л.П. Карсавин, Н.О. Лосский, П.А. Сорокин, Ф.А. Степун, С.Л. Франк. Нашумевшая высылка вошла в историю под названием «философский пароход», хотя на пароходах в изгнание отбыло около 50 ученых, с членами семей — примерно 115 человек. Всего после революции из 1024 крупных российских ученых, возглавлявших ранее кафедры и целые научные направления, из страны выехало примерно 500 человек. Только Академия наук в 1917–1922 гг. по разным причинам (смерть, эмиграция и т. д.) потеряла более половины своего состава, лишившись 24 членов из 45.
Высланные представители старой интеллигенции пополнили почти двухмиллионную эмиграцию, оказавшуюся за пределами России в результате революции и Гражданской войны. Многие другие ее представители оказались среди репрессированных по политическим мотивам внутри СССР. Согласно официальным данным, общее число арестованных органами ВЧК — ОГПУ за все виды преступлений в 1921–1928 гг. составило 842 232 человека, из них 152 633 осуждено. В числе арестованных за контрреволюционные преступления насчитывалось 457 347 человек. Удельный вес «контрреволюционеров» среди всех арестантов вырос с 38 % в 1921 г. до 64 % — в 1928 г. и 82 % — в 1929 г. (См. таблицу 13).