Чуть позже обнаружили и другие захоронения, засыпанные известью или хлором. На многих телах явственно проявлялись следы химических воздействий. В гробах зачастую находили кварцевые стеклышки, с помощью которых нацисты пытались найти следы мутаций на клеточном уровне. У части захороненных проводились поиски «третьего глаза», так как их черепа были вскрыты сразу в нескольких местах. Эксперименты, проводившиеся специалистами из Аненербе, были направлены на выведение новой человеческой породы.
Ближе к концу 1935 г. Г. Вирт попал под домашний арест, под которым и находился вплоть до окончания Второй мировой войны. На его место пришел Генрих Гиммлер, а куратором Общества стал профессор Вальтер Вюрст, который в то время являлся ректором Мюнхенского университета. Генеральным секретарем Общества при нем стал историк В. Зиверс.
Кроме того, проводились эксперименты на «низших расах», причем подобного материала у нацистов было более чем достаточно, так как в концлагерях содержалось огромное количество пленных солдат и мирных жителей европейских стран. Некоторых испытуемых помещали в барокамеры и проверяли на них воздействие высокого давления до тех пор, пока они не умирали. Другим впрыскивали смертельные дозы вирусов тифа или гепатита. В концлагере Равенсбрюк, где содержались только женщины, пленным специально наносили раны и доводили их до гангрены, на других проводили эксперименты по пересадке костей. В Дахау и Бухенвальде на цыганах осуществляли исследования, связанные с тем, сколько времени может прожить человек, питаясь лишь соленой водой. В других лагерях широко изучались способы стерилизации людей. Для этой цели было найдено достаточно эффективное средство – сок растения Caladium segunium, который способен обеспечить длительную стерильность. Доктор Адольф Покорны, руководивший большинством из этих опытов, писал Г. Гиммлеру: «Сама по себе мысль о том, что три миллиона большевиков, находящихся сейчас в немецком плену, могут быть стерилизованы и в то же время будут пригодны для работы, открывает далеко идущие перспективы».
Еще одним доктором, проводившим подобные эксперименты, был профессор Август Хирт, в то время руководивший Научно-исследовательским институтом анатомии при Страсбургском университете. Однако сфера его интересов была несколько иной, о чем он писал адъютанту Г. Гиммлера, генерал-лейтенанту войск СС Р. Брандту в 1941 г.: «В нашем распоряжении находится большая коллекция черепов почти всех рас и народов. Однако мы располагаем лишь очень небольшим числом черепов еврейской расы. Война на Востоке предоставляет нам благоприятную возможность восполнить этот пробел. С получением черепов еврейско-большевистских комиссаров, которые представляют собой прототип наиболее отталкивающих, но характерных человекоподобных существ, мы получим возможность обрести необходимый научный материал». Г. Гиммлер был очень доволен работой А. Хирта, поэтому приказал обеспечить профессора всем необходимым для дальнейших исследований. Летом 1944 г., когда союзные войска были уже на подходе к Страсбургу, А. Хирт получил приказ уничтожить все результаты своих исследований, но не успел этого сделать и бесследно исчез.
Ближе к концу войны генеральным секретарем Аненербе был назначен полковник В. Зиверс. С этой личностью связан целый ряд тайн. Так, в ходе Нюрнбергского процесса на одном из допросов он всего лишь упомянул об этой организации – допрос тут же прекратили. У подножия виселицы он читал молитвы некоего загадочного культа. Любопытным фактом является и то, что Аненербе не прерывало связей с Тибетом, постоянно снаряжая туда экспедиции.
По материалам документов, полученных после войны, гитлеровская Германия потратила на деятельность Аненербе в несколько раз больше средств, чем американцы на создание своего Манхэттенского ядерного проекта. Список проблем, входивших в круг интересов этой организации, был очень широк: от обычной научной деятельности до практического оккультизма, от экспериментов над людьми до шпионажа за тайными обществами и т. д.