Ученые ЦРУ также проводили теоретические изыскания относительно добавления ЛСД в водопроводную городскую сеть, чтобы вызвать у жителей чувство безмятежности и притупления инстинкта самосохранения.
Впоследствии стало известно, что в середине 1950-х гг. в Нью-Йорке ЦРУ совместно с отделением специальных операций вооруженных сил США сумело провести операцию «Большой город». Ее суть заключалась в том, что в обычный гражданский автомобиль вмонтировали специальные устройства, через которые на протяжении 120 км распылялись газ и порошок, влияние которых на людей планировалось изучать. Данный эксперимент был призван выявить поведение граждан США, попавших в зону поражения, определить факт и степень отравления, гибели или устойчивости к воздействию этих препаратов.
Чтобы опыты спецслужб остались незамеченными для общественности, руководство ЦРУ смогло привлечь себе в помощники профессоров крупных американских университетов, которые начали проводить исследования в своих лабораториях, а также в госпиталях и на факультетах. Например, было известно, что подобные разработки велись в Бостонском госпитале, на медицинском факультете университета в штате Иллинойс, в ряде других крупных высших учебных заведений США.
Всего за 11 лет исследований были подписаны около 80 контрактов с учебными и медицинскими учреждениями, в числе которых были 22 колледжа и университета, 12 клиник и 3 тюрьмы. За это время различным испытаниям подверглись около 5000 человек, относящихся к гражданским или военным лицам. Общее же количество заключенных и душевнобольных, над которыми проводились опыты, неизвестно. Следует отметить, что ЦРУ не было наказано ни за одну человеческую жизнь, прервавшуюся в результате подобных опытов.
У проекта «МК-Ультра» существовало несколько дочерних проектов, к примеру исследованием воздействия разного рода синтетических наркотиков на организм человека занимался Д. Уайт. Испытания проводились главным образом в федеральном наркологическом реабилитационном центре, расположенном в Лексингтоне (штат Кентукки). Агенты ЦРУ испытывали новые разработки на наркоманах, проходивших лечение в этом центре, а в качестве поощрения за участие в программе им выдавали дозы их из любленных наркотических средств. По программе «Поиск-2» (Mk search-2) проводились работы, согласованные с лабораторией Балтимора, а также с биологической лабораторией, находящейся в Форт-Детрике, где занимались поставкой реагентов для ЦРУ.
Кроме того, разведывательное управление занималось созданием новых и усовершенствованием старых отравляющих веществ. Этот проект находился под полным контролем одного из крупнейших промышленников США, возглавлявшим целый ряд крупных американских фирм, причем его фамилия засекречена и до настоящего времени.
Созданием химических препаратов занимался также доктор Д. Хамильтон, который до привлечения к подобным проектам работал психиатром в одной из клиник Сан-Франциско. Он имел прямой доступ к подопытным, в качестве которых использовались лишь заключенные. Их привозили в Калифорнийский медицинский центр в Вакавиле, где над ними и проводились опыты.
Доктор К. Пфейффер также проводил эксперименты на заключенных, изучая воздействие различных наркотических и психотропных веществ на человеческий мозг.
Нейрохирург из Национального института здоровья М. Болдуин занимался бихевиористическими исследованиями, на нем лежала ответственность за выяснение пределов как физических, так и моральных человеческих возможностей. Этот проект строго засекречен до сих пор.
В сентябре 1950 г. в газете «Майами ньюс» (Maiami news) вышла статья под названием «Тактика промывания мозгов», с той поры термин «промывание мозгов» вошел в международный лексикон. Автором этой статьи был Э. Хантер, бывший агентом ЦРУ, которому прикрытием служила деятельность репортера. Некоторое время спустя он выпустил целый ряд книг, посвященных данной тематике. Эта технология начала разрабатываться еще в рамках проекта «Синяя птица», затем ее исследование было продолжено в программе «Артишок», а после ее было решено отдать проекту «МК-Ультра». Целью данных опытов была кардинальная перестройка человеческого сознания.
Разработчикам этой программы не давали покоя случаи так называемого перерождения американских солдат, побывавших в плену в ходе корейского конфликта. Вернувшись на родину, они начинали в открытую выступать против политики американского правительства, распространяли среди американских граждан листовки, в которых высказывалась поддержка Северной Корее.