В апреле 1943 г. в целях качественного контрразведывательного обеспечения войск Управление Особых отделов НКВД было передано в Наркомат обороны и реорганизовано в Главное управление контрразведки (ГУКР) НКО «СМЕРШ», 9-й (морской) отдел УОО НКВД был преобразован в Управление контрразведки (УКР) НКВМФ «СМЕРШ», а 6-й отдел УОО НКВД, оставаясь в системе Наркомата внутренних дел, был преобразован в Отдел контрразведки НКВД «СМЕРШ», подчинявшийся лично наркому Л.П. Берия.
Государственный комитет обороны обязал ГУКР «СМЕРШ» и его органы на местах информировать военные советы и командование частей, соединений и учреждений Красной армии о результатах борьбы с агентурой противника, дезертирством и изменой Родине, об антисоветских и других негативных проявлениях в армии. В свою очередь начальники управлений «СМЕРШ» имели право присутствовать на заседаниях военных советов, а при необходимости — знакомиться со всеми секретными материалами штабов.
В июне 1943 г. в целях совершенствования подготовки оперативного состава военной контрразведки принято решение о создании соответствующей системы учебных заведений. Согласно приказу Наркома обороны СССР, организованы четыре постоянные школы: 1-я и 2-я Московские, Ташкентская и Хабаровская (срок обучения от 6 до 9 месяцев), а также курсы с 4-месячным сроком обучения в Новосибирске и Свердловске. Позднее Новосибирские, Свердловские, а также Саратовские и Ленинградские курсы получили статус школ. В школах ГУКР «СМЕРШ» был установлен годичный срок обучения. При школах открыты курсы переподготовки со сроком обучения 3 месяца [5. С. 108].
Для реализации задач, поставленных перед флотской контрразведкой, требовалось наличие профессионально подготовленных сотрудников. Руководство УКР «СМЕРШ» при поддержке командования ВМФ предпринимало немало усилий, чтобы подразделения контрразведки комплектовались надежными и образованными офицерами. Действовавшие курсы подготовки и переподготовки оперсостава уже не в полной мере отвечали реалиям, в которых приходилось работать контрразведчикам.
Поэтому приказами наркома Н.Г. Кузнецова от 9 и 15 февраля 1944 г., с 1 марта открывалась Высшая школа контрразведки ВМФ по подготовке и переподготовке офицерского состава с годичным сроком обучения. Не прекращали свою деятельность и курсы подготовки оперативного состава отделов контрразведки «СМЕРШ» на флотах, комплектование которых находилось под личным контролем главкома ВМФ Н.Г. Кузнецова [Там же. С. 149]. В учебных заведениях «СМЕРШ» ВМФ уделялось внимание изучению иностранных языков в зависимости от места дислокации флотов и флотилий.
В июле 1943 г. нарком внутренних дел потребовал от начальников отделов контрразведки НКВД «СМЕРШ» фронтов и округов в декадный срок в пограничных и внутренних войсках НКВД подобрать из числа средних командиров и политработников кандидатов на практическую работу и использовать их в качестве практикантов в отделах контрразведки НКВД фронтов, округов, дивизий и бригад. Указанные военнослужащие были прикреплены к квалифицированным оперативникам, которые передавали им опыт практической работы, а теоретические знания они получали в дни командирской учебы. Зачисление практикантов на штатные должности в отделы контрразведки производилось только с разрешения Отдела кадров НКВД СССР.
К 1944 г. постепенно менялась направленность деятельности органов государственной безопасности. Если в первые два года войны чекисты вели оперативно-розыскную работу в основном в действующей армии и своем тылу, то после перелома в военных действиях органы государственной безопасности расширили свою деятельность за линией фронта и на территории противника, что потребовало подготовки новых оперативно-чекистских кадров, в том числе со знанием иностранных языков.
История излагаемого нами вопроса как в капле воды отражается в конкретных человеческих судьбах. В августе 1941 г. двухмесячные курсы при Особом отделе НКВД по СибВО в г. Новосибирске окончил Иван Алексеевич Фельдшеров. В качестве военного контрразведчика он прошел всю войну. Вот строки из его служебной характеристики 1945 г.: «… последние 6 месяцев тов. Фельдшеров является начальником опергруппы ОКР “СМЕРШ” армии. Руководя опергруппой т. Фельдшеров умело организовал работу, в результате чего арестовано свыше 70 человек, в том числе сотрудники контрразведывательных и карательных органов, агенты военной разведки.». В 1974 г. генерал-майор И. А. Фельдшеров возглавил Высшие курсы военной контрразведки КГБ СССР в г. Новосибирске.