Другой проблемой большевиков стал конфликт с меньшевиками и эсерами, готовыми войти в Совет народных комиссаров в случае предоставления им большинства портфелей и… невхождения в него Ленина и Троцкого.
Сам Сталин описывал начало деятельности советского правительства (Сталин И. Сочинения. Т. 1) достаточно реалистично: «Первые дни после Октябрьской революции… Совет народных комиссаров пытался заставить мятежного генерала, главнокомандующего Духонина, прекратить военные действия и открыть переговоры с немцами о перемирии. Помнится, как Ленин, Крыленко (будущий главнокомандующий) и я отправились в Главный штаб в Питере к проводу для переговоров с Духониным. Минута была жуткая. Духонин и Ставка категорически отказались выполнить приказ Совнаркома. Командный состав армии находился целиком в руках Ставки. Что касается солдат, то неизвестно было, что скажет 14-миллионная армия, подчиненная так называемым армейским организациям, настроенным против Советской власти. В самом Питере, как известно, назревало тогда восстание юнкеров. Кроме того, Керенский шел на Питер войной. Помнится, как после некоторой паузы у провода лицо Ленина озарилось каким-то необычайным светом. Видно было, что он уже принял решение. „Пойдем на радиостанцию, – сказал Ленин, – она нам сослужит пользу: мы сместим в специальном приказе генерала Духонина, назначим на его место главнокомандующим тов. Крыленко и обратимся к солдатам через голову командного состава с призывом – окружить генералов, прекратить военные действия, связаться с австро-германскими солдатами и взять дело мира в свои собственные руки“. Это был „скачок в неизвестность“. Но Ленин не боялся этого „скачка“, наоборот, он шел ему навстречу, ибо он знал, что армия хочет мира и она завоюет мир, сметая по пути к миру все и всякие препятствия, ибо он знал, что такой способ утверждения мира не пройдет даром для австро-германских солдат, что он развяжет тягу к миру на всех без исключения фронтах…»
10 (23) ноября 1917 года был обнародован подписанный накануне В. И. Лениным и И. В. Сталиным приказ об увольнении генерала Н. Н. Духонина с должности верховного главнокомандующего. Этот пост Духонин занял при Керенском, конфликт же с новой большевистской властью произошел из-за того, что генерал отказался выполнять приказ, которым ему предписывалось немедленно начать переговоры о мире с командованием немецких и австрийских сил. Духонин сказал тогда, что это не в его компетенции – такие переговоры должно вести правительство. После этого и был составлен приказ о его отстранении. Новым командующим был назначен Н. В. Крыленко, который отправился из Петербурга в Могилев, где и арестовал Духонина.
24 ноября (7 декабря) 1917 года состоялся важный разговор между народным комиссаром по иностранным делам Л. Д. Троцким и верховным главнокомандующим Н. В. Крыленко, стенограмма которого через несколько дней была опубликована в газете «Правда». Троцкий сообщил главковерху, что «Каледин ввел в Донской области военное положение. Шахтеры Донецкого бассейна находятся под гнетом калединского режима», а также о том, что «на Урале нами принимаются меры к тому, чтобы положить конец контрреволюционному мятежу Дутова, который, опираясь на денежную поддержку кадетской буржуазии… совершает отвратительные насилия над революционными гражданами, не щадя женщин». Далее Крыленко было приказано в переговоры с «контрреволюционными заговорщиками» не вступать, разъяснить трудовому казачеству, что ему советская власть не враг, и «беспощадно сокрушить» Каледина и Дутова.
28 ноября (11 декабря) 1917 года был подписан «Декрет об аресте вождей гражданской войны против революции». Этот документ был направлен против партии конституционных демократов (кадетов): «Члены руководящих учреждений партии кадетов, как партии врагов, подлежат аресту и преданию суду революционных трибуналов. На местные советы возлагается обязательство особого надзора за партией кадетов ввиду ее связи с корниловско-калединской гражданской войной против революции». По свидетельству Троцкого, текст декрета был составлен лично Лениным, который его и подписал в качестве председателя Совета народных комиссаров. Декрет подписал и Троцкий, а также другие народные комиссары – Менжинский, Джугашвили-Сталин, Дыбенко…