Через неделю Сталин выступил с исключительно резким докладом об опасности "правого уклона" на совместном Пленуме Московского горкома партии и Московской контрольной комиссии ВКП(б). Новый этап резкой внутрипартийной борьбы вырвался наружу. Сталин начал без удержу раздувать очередной конфликт со своими недавними сторонниками. Бухариным, Рыковым, Томским и первым секретарем Московского комитета партии Н. Углановым. 7 ноября 1928 года на демонстрации в Москве по поводу 11-й годовщины Октябрьской революции по приказу Сталина в колоннах над головами растянули красные полотнища, на которых красовались лозунги, удивительно напоминавшие троцкистские призывы "Левой оппозиции", но теперь уже против "Правого уклона" бухаринцев: "Опасность справа!", "Ударим по кулаку!", "Согнем нэпмана!", "Ускорим индустриализацию!".
В ноябре 1928 года Сталин добился, чтобы на пленуме ЦК позиция Бухарина, Рыкова и Томского была официально названа "правым уклоном", а менее, чем через полгода, на апрельском Пленуме ЦК и ЦКК 1929 года заявил, что "вчера ещё личные друзья, [мы] теперь расходимся с ним в политике". Пленум завершил "разгром группы Бухарина", а сам Бухарин отказавшись "покаяться", 17 ноября 1929 года был выведен из Политбюро ЦК ВКП(б), но через неделю в письменной форме попросил прощения за неправильное поведение, отказался от солидарности с "Правым уклоном" и был оставлен в членах ЦК партии, хотя был так и выведен из Политбюро.
Несмотря на это исключение из Политбюро, Бухарин тем не менее оставался на виду. Сохранялись для вида и достаточно дружеские отношения у него со Сталиным. После сталинской смерти нашлись смельчаки, которые рассказали несколько случаев грубых выходок Сталина против Бухарина, случаев, выглядящих правдоподобными (об одной из них в доме М. Горького рассказано выше).
Бухарин сконцентрировался на научно-организационной работе. В январе 1929 года его избрали академиком АН СССР, и позже он стал членом президиума академии, в 1929. 1932 годах он возглавил научно-техническое управление Высшего Совета Народного Хозяйства (ВСНХ СССР) и вошел в состав Президиума ВСНХ, в 1931–1936 годах много сил отдавал научно-популярному журналу "Социалистическая реконструкция и наука" ("СоРеНа") и первому изданию Большой Советской энциклопедии (БСЭ), в которой был одним из редакторов. C 1930 года он возглавил Комиссию по истории знаний (КИЗ), преобразованную в 1932 году в Институт истории науки и техники АН СССР, в котором с момента создания был директором. Его перу принадлежало несколько глубоких по содержанию статей по истории науки. Он написал вводную статью к "Происхождению видов" Ч. Дарвина, в 1931 году он участвовал как пленарный докладчик на Международном конгрессе по истории науки и техники в Лондоне (он поехал туда вместе с выдающимися советскими учеными А. Ф. Иоффе, Н. И. Вавиловым и Б. М. Гессеном). В феврале 1936 года он выехал в Европу для переговоров о закупке архива Маркса и Энгельса, вывезенного из Германии после прихода к власти Гитлера и нацистов. С 1934 года и до второй половины января 1937 года он был главным редактором газеты "Известия".
И хотя в 1934 году на 17 съезде партии он выступил с речью, в которой восславил Сталина как "воплощение ума и воли партии", тучи над его головой сгущались. Сталин уже мог не опасаться посягательств на его гегемонию в руководстве страной, так как ни в Политбюро ЦК, ни в самом ЦК оппонентов ему не осталось. Но его кровожадной натуре такой мести не хватало, надо было физически уничтожить всех, кто пытался возражать ему в прежние годы. Он сфальсифицировал процессы, названные "Антисоветским объединенным троцкистско-зиновьевским центром" (процесс 16-ти, главными обвиняемыми по которому проходили Зиновьев и Каменев, август 1936 года) и "Параллельным антисоветским троцкистским центром" (процесс 17-ти, основными обвиняемыми на котором были Пятаков, Радек, Серебряков и Сокольников, январь 1937). Побоями и издевательствами следователи принуждали бывших соратников Ленина, членов Политбюро, Оргбюро и ЦК партии, ставших обвиняемыми, оговаривать всё новых и новых жертв из числа тех, кого злопамятный Сталин решил свести на тот свет. Конечно, в числе оговоренных несчастными жертвами оказались Бухарин и Рыков.
Алексей Иванович Рыков — талантливейший соратник Ленина — был с 1907 по 1917 годы кандидатом в члены ленинского ЦК партии большевиков, а с августа 1917 года полноправным членом ЦК. Сразу после смерти Ленина он стал преемником вождя на посту председателя советского правительства. Рыков был знающим и принципиальным человеком. Он закончил классическую гимназию, учился на юридическом факультете старейшего и одного из лучших российских университетов. Казанского, интересовался в гимназические и студенческие годы математикой, физикой и естественными науками, стал ведущим знатоком экономики.