Ни Клюева, ни Роскин не могли знать, что за их действиями Сталин внимательно следит из Кремля. Произошло это частично из-за действий самой Нины Георгиевны. Несмотря на важность их работы и обнадеживающие результаты, многое не способствовало успешному ходу экспериментов. Собственно говоря, и её решение выступить на заседании Президиума АМН СССР в 1946 году было обусловлено желанием представить высшей научной общественности собственные результаты, чтобы отвести от себя назойливые усилия директора Института микробиологии Вебера примазаться к ним в качестве чуть ли не руководителя. Кстати, в своем выступлении Клюева была исключительно аккуратна в интерпретации терапевтического эффекта препарата "КР". Все слова о "лечении рака", прозвучавшие в выступлении Вебера по радио, были его личной фабрикацией. Ученые понимали, что надо уходить от его "опеки", добиваться перевода группы в иное место. Благодаря докладу на Президиуме АМН это удалось сделать: группу перевели в Институт эпидемиологии, микробиологии и инфекционных болезней АМН СССР.
Но работе ученых многого не хватало, страх за судьбу работы сохранялся, желание заинтересовать ею высших руководителей страны превалировало, и Нина Георгиевна в апреле 1946 года написала первое письмо А. А. Жданову с объяснением главных результатов изучения препарата "КР" (позже стало известно, что Григорий Иосифович уговаривал жену не посылать письма кремлевским лидерам, он не ожидал ничего хорошего от их вмешательства в ход событий). Жданов, конечно, немедленно проинформировал Сталина о крупном успехе советских биологов, а тот потребовал, чтобы Жданов внимательно следил за испытанием "КР". Позже Клюева послала Жданову второе письмо, не предполагая, что её сообщения немедленно оказывались на рабочем столе Сталина, и что тот внимательно за всем следит.
История с "КР" тем временем стремительно развивалась в типичном для Сталина направлении. В августе 1946 года Жданов после встречи со Сталиным в Кремле сделал запись в своей записной книжке, что "было ошибкой разрешать Смиту посещать институт". Немедленно после возвращения советской делегации ученых из США Жданов по распоряжению Сталина вызвал к себе в кабинет Клюеву, Роскина, министра здравоохранения Г. А. Митерева, академика В. В. Парина и еще нескольких причастных к делу крупных советских начальников. Всех приглашенных попросили взять бумагу и ручки и написать объяснительные записки о своих шагах, повлекших передачу на Запад советских секретов и рукописи книги. Все письменные объяснения были тут же переданы на просмотр Сталину.
Поскольку второе письмо Клюевой Жданову еще раньше вызвало у Сталина жгучий интерес, он прочел его еще раз и приказал Жданову и заместителю председателя Совета Министров СССР Клименту Е. Ворошилову встретиться лично с авторами открытия в трехдневный срок. Когда 21 ноября 1946 года Клюева и Роскин пришли в здание ЦК партии, в комнате, где проходила встреча, кроме Жданова и Ворошилова, оказались Владимир Деканозов — кадровый энкаведешник, назначенный заместителем министра иностранных дел и в связи с этим приобретший ранг посла, министр госконтроля Лев З. Мехлис, Генеральный Прокурор СССР Константин Горшенин, несколько человек в ранге заместителей министров и другие официальные лица. Клюевой и Роскину было сказано, что по поручению Сталина советское правительство издаст специальное постановление о создании нужных условий для изучения "КР". 7 декабря 1946 года проект постановления был готов, его направили для утверждения заместителю председателя Совмина Лаврентию П. Берия, 23 декабря он принес Сталину документ на подпись, а тот его подписал. На документе сразу появился гриф "Секретно". Работы над "КР" было приказано вести в глубочайшей тайне.
Но помимо создания условий для изучению "КР" Сталин развил и другую линию. Жданову было приказано подготовить постановление правительства об учреждении в СССР "Судов чести". В царской России такие суды существовали в армии, где офицеры, уличенные в совершении аморальных поступков, подлежали наказанию, а Сталин решил, что в Советском Союзе "Судам чести" подлежали "руководящие, оперативные и научные работники министерств СССР и центральных ведомств… [за] совершенные и антипатриотические, антигосударственные и антиобщественные проступки и действия, если эти проступки и действия не подлежат наказанию в уголовном порядке". Жданов начал готовить положение об этих судах 24 января 1947 года, и Сталин решил, что первыми перед таким судом предстанут Клюева и Роскин.