17 февраля 1947 года оба ученых, ничего не подозревая о готовящемся против них процессе, были приглашены на заседание Политбюро ЦК ВКП(б) в Кремль. Заседание вел сам Сталин. В какой-то момент он взял со стола книгу присутствовавших авторов, пролистал перед членами Политбюро несколько страниц с отчеркнутыми им цветными карандашами фразами, затем поднял её над головой и патетически произнес: "Прекрасная книга{60}". На этом спектакль был завершен, зардевшихся от смущения авторов с миром отпустили, а Сталин перешел ко второму акту разыгрываемого им спектакля.
Он потребовал от присутствовавших членов Политбюро Молотова, Жданова, Берии, Ворошилова, Микояна, Кагановича, Маленкова и Вознесенского высказаться по поводу конкретных планов наказания авторов "прекрасной книги" и тех, кто был замешан в передаче советских секретов американцам. В записной книжке А. А. Жданова, в которую он заносил поручения Сталина, высказанные при личных встречах. появились строки:
"О Парине размазать погуще
Вдолбить, что за средства народа должны отдавать все народу
Расклевать преувеличенный престиж Америки с Англией
Будем широко публиковать насчет разведки".
В соответствии с принятым Политбюро решением в тот же день 17 февраля министр здравоохранения Г. А. Митерев был снят с поста. На следующий день, 18 февраля, Василий Васильевич Парин — один из создателей и первых руководителей Академии медицинских наук СССР был арестован, обвинен в шпионаже в пользу США и осужден на 25 лет (он был освобожден из заключения после смерти Сталина 29 октября 1953 года и полностью оправдан 13 апреля 1955 года). Вскоре после его ареста Сталин в антракте оперы, на которые он часто приезжал в Большой театр, вызвал в ложу вновь назначенного министра здравоохранения Ефима И. Смирнова и объяснил, как тот должен будет организовать "Суд чести" над Клюевой и Роскиным.
25 марта 1947 года Жданов принес Сталину для окончательного одобрения постановление Советского Правительства "О судах чести в Министерствах и центральных ведомствах" (опубликовано 28 марта того же года под № 758 за подписью Сталина как главы Совета Министров СССР).
14 мая 1947 года Сталин вызвал к себе писателей А. Фадеева, К. Симонова и Б. Горбатова (6) и после двух с половиной часов разговора о размере гонораров за литературные публикации, о командировках писателей, о штатах чиновников в Союзе писателей вдруг перешел к новой теме. Ходя по кабинету, он держал перед ними получасовую речь о недопустимости предательства советских интересов интеллигенцией и сослался на дело Клюевой и Роскиным. Сама мысль о том, что описание советского открытия передали в руки американцев, казалась ему отвратительной, кощунственной. И, конечно, как человек, кристально ясно различавший ситуации, в которых можно наварить политический капиталец, он использовал факт передачи рукописи как показательный пример "низкопоклонства перед Западом". Он потребовал от писателей обратить их талант на то, чтобы пробуждать в советских людях глубокую любовь к Родине, патриотизм, призвать их перестать пресмыкаться перед западными ценностями. Он особо осудил тех, кто считает правильным заимствовать с Запада "всё лучшее", не замечая лучшего у себя на Родине. Говоря о тех, кто готов продать Родину за пустяк, Сталин, по воспоминаниям Симонова, сказал следующее:
"Если взять нашу среднюю интеллигенцию, научную интеллигенцию, профессоров, врачей, у них недостаточно воспитано чувство советского патриотизма. У них неоправданное преклонение перед заграничной культурой. Всё чувствуют себя еще несовершеннолетними, не стопроцентными, привыкли считать себя на положении вечных учеников. Это традиция отсталая, она идет от Петра. и Сначала немцы, потом французы, было преклонение перед иностранцамии засранцамии Простой крестьянин не пойдет из-за пустяков кланяться, не станет ломать шапку, а вот у таких людей не хватает достоинства, патриотизма, понимания той роли, которую играет Россия… Вот взять такого человека, не последний человек, а перед каким-то подлецом-иностранцем, перед ученым, который на три головы ниже его, преклоняется, теряет достоинство. Надо бороться с духом самоуничижения у многих наших интеллигентов" (7).
"Суд чести" над Клюевой и Роскиным был проведен с 5-го по 7-е июня 1947 года в клубе Совета Министров СССР. Билеты для слушателей были разосланы полутора тысячам медицинских работников Москвы. Текст будущего постановления суда отредактировал Жданов, а затем Сталин три часа лично вносил в него поправки. Боявшийся смерти от рака Сталин сажать "провинившихся" или уничтожать физически не стал, вдруг пригодятся. Дело завершилось публичным надругательством над учеными и объявлением им общественных порицаний.