Партийные руководители страны и сам Сталин много лет ценили Орбели и поручали ему всё новые задачи (получить "в обход Сталина" несколько орденов Ленина, звание Героя соцтруда, Сталинские премии и тем более звания генерал-полковника и академика трех академий, стать вице-президентом АН СССР было невозможно). К тому же его выдающиеся работы в области физиологии высшей нервной деятельности приобрели известность в мире, и коллеги в разных странах избрали Орбели членом их академий наук.
Тем удивительнее для биологов в СССР стало то, что на "триумфальной сессии ВАСХНИЛ" в августе 1948 года главный руководитель биологии в стране Орбели не выступил. Это резко бросилось в глаза специалистам. Казалось, что после обнародования факта, что Сталин лично редактировал лысенковский доклад, не примкнуть к множеству тех, кто бросился восхвалять Лысенко, нельзя было никому (вспомним для сравнения, что президент АН СССР С. И. Вавилов принялся славословить Лысенко на публике). А Орбели от этого уклонился, и когда на заседании Президиума АН СССР от него впрямую потребовали признать ошибки в руководстве биологией в стране, он и на этот раз лишь вяло согласился, что имели место отдельные недостатки. Неудивительно, что вскоре Орбели освободили от поста академика-секретаря АН СССР (но, как сказано было Вавиловым, "по его собственной просьбе") и от большинства начальственных постов, сохранив за ним лишь должность директора Института эволюционной физиологии и патологии высшей нервной деятельности АМН СССР.
Еще более поразительными были другие последовавшие вскоре выступления Орбели. На состоявшемся 16–17 октября 1948 года общем собрании ученых, работавших в ленинградских институтах Академии меднаук СССР, он публично отказался признать, что условные рефлексы изменяют наследственность:
"Представьте, что все условные рефлексы, которые в течение нашей жизни вырабатываются, будут передаваться по наследству, — какие потребуются мозги для того, чтобы из поколения в поколение накапливать все условные рефлексы и наследственно передавать их дальше".
Казалось просто кощунственным выражаться таким образом: ведь главная сталинская идея, подхваченная Лысенко, была заставить всех поверить, что наводимые внешней средой изменения должны наследоваться. Орбели также назвал недобросовестными членов комиссии, обследовавшей ленинградские институты на предмет поиска тех, кто "сеет антилысенковскую крамолу"{83}:
"Я об этом говорю еще и потому, что члены комиссии, которые участвовали в обследовании, они сейчас друг на друга сваливают, или на внешние факторы ссылаются — "за горло взяли". Не могу представить, чтобы меня кто-нибудь смог "взять за горло". Они оказались такими, что их "берут за горло"" (11).
Ему вскоре передали завуалированными словесами распоряжение Сталина — уволить из его института откровенных морганистов-менделистов (в разговоре даже назвали фамилии некоторых из них, например, Р. А. Мазинг и И. И. Канаева, который к тому же был известен своими неоднократными высказываниями о гениальности казненного С. Г. Левита). Орбели не только не подчинился "поручению", а оставил работать у себя и Мазинг, и Канаева, плюс зачислил к себе в штат уволенных из университета морганистов и не выбросил из плана работы института морганистские по своей сути темы. Но орбелевская опека морганистов внутри института не могла остановить их травлю с разных сторон, и это привело к трагическим последствиям: 10 ноября 1948 года покончил с собой ученик С. С. Четверикова и Н. К. Кольцова, работавший в тот момент в институте Орбели, А. Н. Промптов, который первым в мире показал, что условные рефлексы у птиц не наследуются; его работу назвал единственной в мире и исключительно ценной выдающийся британский ученый Дж. Хаксли, посетивший в 1945 году СССР; умерла неожиданно в августе 1949 года и Р. А. Мазинг.
Когда через несколько месяцев прошла тройственная сессия АН, АМН и ВАСХНИЛ в 1950 году, посвященная прославлению работ Лепешинской, Орбели снова показал себя непримиримо стойким: он ни словом одобрения лепешинковщины себя не запятнал.
Понятно, что круги оговоров и сплетен о противостоянии академика Орбели сталинским решениям ширились. Ученый вел себя по всем советским меркам вызывающе, и топор над ним был вознесен. Вождю стало ясно, что Орбели слишком осмелел, что он гнет свою независимую линию и что пора его "приводить в чувство". Сталин лишь выжидал момент, когда будет удобно ударить по непокорному "выскочке".