С помощью внедренных в научную среду СССР мошенников Сталин начал протаскивать в руководство наукой в СССР других близких им по устремленям и способностям людей и подверг политическим преследованиям тех, кто находил в себе силы выступать против мошенничества в науке. Сталин никогда не забывал тех, кто осмеливался стать на его пути, и не прощал демаршей против себя ни друзьям, ни родным, ни тем более оппонентам.
От философии Сталин перешел к естественным наукам и в 1930 году объявил, что не приемлет генетические принципы Вейсмана в эволюционном учении и предпочитает ламаркизм дарвинизму. В 1935–1936 годах он отверг призывы американского генетика (будущего Нобелевского лауреата) Германа Мёллера поддержать медицинскую генетику и приказал закрыть первый в мире институт этого профиля, арестовать его лидеров и позже расстрелять. В 1936–1939 годах он руководил "из закулис" диспутами генетиков и лысенкоистов, приказав тем же своим клевретам (Митину. Юдину и Кольману) ославить генетику и генетиков и поддержать лысенковщину. В 1936–1944 годах "философствующие марксисты" (В. Ф. Миткевич, А. К. Тимирязев, А. А. Максимов и другие) развернули демагогическую кампанию против теории относительности, космологии, квантовой теории и теории строения вещества. В результате группа наиболее серьезных физиков была обвинена в СССР в "политических ошибках" и часть из них арестована, а М. П. Бронштейн расстрелян (5). В 1947 году Сталин организовал кампанию по осуждению так называемой западноевропейской философии, а в июле и августе 1948 года приказал Т. Д. Лысенко объявить на сессии Всесоюзной Академии сельскохозяйственных наук имени В. И. Ленина (ВАСХНИЛ) о полном запрете генетики в СССР. Тысячи специалистов по всей стране потеряли работу, а нескольких из них арестовали. В декабре 1948 года ЦК партии большевиковов постановил провести Всесоюзное совещание по физике, на котором было приказано осудить якобы "враждебные марксистской идеологии буржуазные основы теории относительности Эйнштейна, квантовой теории" и нескольких других областей. Председатель Оргкомитета совещания А. В. Топчиев прямо ориентировал участников на то, что "наше совещание должно быть на уровне совещания, которое прошло на сессии ВАСХНИЛ (6).
Только благодаря тому, что ведущие физики, вовлеченные в советский атомный проект (И. В. Курчатов, Ю. Б. Харитон, И. Е. Тамм), смогли объяснить куратору этого проекта от Политбюро Л. П. Берии, что успех в создании атомной бомбы может быть достигнут только на базе квантовой физики и теории относительности, Берия донес до Сталина мысль о нежелательности погрома в этих науках. Стремление заполучить в свои руки атомную бомбу удержало Сталина от рокового шага, но в ряде областей физики, таких как релятивистская космология, идеологические запреты были все-таки введены.
В 1949–1950 годах идеологические ярлыки были использованы против теории резонанса Лайнуса Полинга в квантовой химии (7), и, в частности, на Всесоюзной конференции по структурной и органической химии новые направления, основанные на теории резонанса, были объявлены враждебными "советской науке". Несколько выдающихся химиков потеряли надолго работу. В результате квантовая химия ощущала на себе запреты в течение почти 10 лет. Один из сторонников такого подхода член-корреспондент АН СССР А. А. Максимов осуждал "враждебную природу теории резонанса" в таких выражениях: "Теория резонанса — порождение растленной идеологии англо-американской империалистической буржуазии, враждебной от начала до конца передовой материалистической науке. Теория резонанса — такая же мертвая ветвь буржуазной науки, отравляющей научную атмосферу, как вейсманизм-морганизм, педология и т. п." (8).
В 1950 году подобному осуждению подверглись во исполнение сталинского поручения клеточная теория и физиология высшей нервной деятельности. Сталин лично поддержал, выдав Сталинскую премию 1-й степени безграмотной, но крайне ожесточенной старой большевичке Ольге Лепешинской, заявившей, что она открыла процесс "превращения неживого в живое". Затем он потребовал признать на так называемой "Павловской сессии АН и АМН ССССР", что условные рефлексы наследуются человеком. После этого опять прошли массовые увольнения лучших из лучших специалистов. В том же 1950 году Сталин опубликовал в "Правде" статью "Марксизм и вопросы языкознания", которая хотя и остановила безудержную поддержку в советской лингвистике "нового учения о языке" Н. М. Марра (жившего в 1864–1934 гг.), но не внесла в языкознание чего-либо существенного и оригинального (именно так охарактеризовал её крупнейший лингвист, профессор Массачусеттского технологического института Аврам Ноам Хомски, отозвавшийся о ней как "perfectly reasonable but quite inilluminating", то-есть "совершенно логичной, но не вносящей никакой ясности" в обсуждаемый вопрос). Эта легковесность сталинских рассуждений послужила основой для критики (особенно западными исследователями) и даже осмеяния (можно вспомнить знаменитые строки Ю. Алешковского "Товарищ Сталин, вы большой ученый / В языкознаньи знаете вы толк"), а в 1952 году он выпустил в свет содержавшую поверхностные суждения дилетанта брошюру "Экономические проблемы социализма в СССР", в которой попытался восславить созданную им в СССР хозяйственную систему, завершившуюся, в конечном счете, экономической катастрофой и развалом страны.