Чтобы обеспечить устремленность исследований в практику, было решено вовлечь тех, кто был лоялен по отношению к власти, во Всесоюзную ассоциацию работников науки и техники для содействия социалистическому строительству в СССР (ВАРНИТСО). В руководство этой Ассоциацией были введены А. И. Абрикосов, А. Н. Бах, Б. И. Збарский, И. С. Курнаков, А. И. Опарин и другие. Положение о правах и обязанностях ВАРНИТСО было подготовлено в ноябре 1927 года, и правительство страны (Совнарком) утвердило его 13 февраля 1928 года. Главная задача Ассоциации была очерчена без всякого умолчания или завуалированных уверток как "борьба с профессурой старого толка". В феврале 1929 года в журнале ВАРНИТСО руководители Ассоциации, используя термины политического сленга, назвали Академию наук СССР "реальным врагом советского строя". Эту статью немедленно перепечатали в "Правде" и "Известиях". В ней было сказано:
"Академия наук в настоящее время еще находится во власти реакционных традиций и кастовой ограниченности. Благодаря этому при наличии крупных работ отдельных академиков она не сумела связать свою работу с нуждами и потребностями Социалистического строительства и не является организацией, руководящей научной жизнью Союза. Творческая научно-исследовательская работа после Октября прошла в значительной мере мимо Академии наук. ВАРНИТСО считает необходимым настаивать на полной реорганизации Академии наук.
Пролетарская интеллигенция нашего Союза совместно с той частью нашей интеллигенции, которая с самого начала восприняла советскую власть, начинает вести борьбу с еще сильным правым крылом верхушечной интеллигенции… Однако укрепление позиций левой части интеллигенции вызывает активное противостояние правой части ее" (3).
Заключение статьи было ошеломляющим: гнать из научных учреждений "верхушечную интеллигенцию", то есть лучших профессоров "старого режима".
Нетерпимое отношение большевиков во главе со Сталиным к образованным специалистам науки и техники открыто проявилось в мае-июне 1928 года, когда в Москве прошел исключительно широко разрекламированный "Шахтинский процесс" по обвинению большой группы руководителей и специалистов угольной промышленности во вредительстве и саботаже (спустя годы было установлено, что весь он был основан на фальсификациях). Заседания суда проходили в Москве в Доме Союзов (бывшем Дворянском благородном собрании) и деятельность подсудимых была квалифицирована как "Дело об экономической контрреволюции в Донбассе". Обвиняемые якобы намеренно выводили из строя оборудование и шахты в целом, а также учредили подпольную организации вредителей, связанных с зарубежными антисоветскими центрами по всему миру.
Вскоре Сталин расширил эту истерию вокруг образованных специалистов, объявив, что они действуют не только в угольной промышленности, но и вообще в инженерных организациях, в областях экономики, сельскохозяйственных дисциплинах, педагогике и истории. Снова (в 1928–1929 годах) многие были помещены заключены под арест, а затем обвинены в создании мифических "Союзного Бюро РСДРП" и "Трудовой Крестьянской Партии". Такие выдающиеся ученые как А. В. и С. К. Чаяновы, Н. Д. Кондратьев, Н. Н. Леонтьев, Я. П. Герчик, А. Н. Вайнштейн, В. А. Ревякин, Г. С. Кустарев, В. Е. Шпринк, Н. И. Журкович, И. Н. Озеров, Н. С. Четвериков, В. И. Сазонов и другие получили лагерные сроки. Среди "вредителей", которые уже оказались под арестом, были известный эксперты в политэкономии Исаак И. Рубин (расстрелян в 1937 г.) и эстетике Валериан Ф. Переверзев.
В тот момент (шел 1928-й год) наступило время выбора новых членов АН СССР на вакантные места, остававшиеся незанятыми со времен Октябрьского переворота и Гражданской войны. Процесс выборов всегда был внутренним делом академиков и рассматривался наиболее ценимым обществом признанием научных заслуг кандидатов в действительные члены и в члены-корреспонденты. Однако Сталин решил, что в Академию необходимо продвинуть не тех ученых, чьи научные заслуги были весомее в глазах академической общественности, а тех, кто ближе большевикам по своим убеждениям и поступкам. Для этого была избрана процедура, никогда ранее не применявшаяся. Комиссия по наблюдению за деятельностью АН СССР предварительно подготовила список рекомендованных к избранию ученых, причем научные заслуги одобряемых даже не упоминались, во внимание была принята лишь одна характеристика: как кандидаты относятся к партии большевиков и как они взаимодействуют с партийными органами. На заседании Политбюро 23 марта 1928 года (в присутствии Сталина) большевистские руководители рассмотрели список кандидатов и утвердили тех, кого они предписывали избрать в ходе новых выборах: