Делегация академии, которая включала виднейших российских ученых Ольденбурга, Марра, Платонова, Ферсмана, Тарле, Крылова и Комарова отправилась в Москву, сначала на прием в ЦК партии. Но теперь большевистские начальники решили поиграть нервами членов Президиума: в отделе ЦК партии было заявлено, что получить разрешение нарушить свой же Устав Академия должна не в ЦК (там, дескать, такие вопросы не решают). Нужно идти в Совет Народных Комиссаров). В кабинете председателя правительства А. И. Рыкова 5 февраля было собрано заседание СНК, на котором из уст одного из членов правительства — председателя ВСНХ и члена Политбюро ЦК ВКП(б) Валериана Куйбышева академики услышали, что правительство теперь будет действовать против АН СССР "огнем и мечом" (11) и что вообще верхи рассматривают вопрос о том, а не прикрыть ли российскую академию наук совсем. Говорильня все-таки закончилась милостивым разрешением провести третий раунд, и 13 февраля 1929 года 54 из 78 академиков собрались, чтобы участвовать в этом раунде (голосование оставалось тайным). Подсчет голосов дал следующий результат: бюллетеней против было подано два или три, некоторые из них остались незаполненными, но счетная комиссия приняла довольно странное решение: все такие бюллетени (обычно считающиеся испорченными) было решено засчитать за избрание, и было объявлено, что все три предложенных Сталиным и Политбюро большевиков прошли в высшее научное сообщество (12).
Избранный теперь с таким трудом в члены АН СССР М. Покровский, много раз пытавшийся ранее прибрать к рукам АН СССР и присоединить её к его в значительной степени шутовской Социалистической Академии, начал попытки развалить АН СССР изнутри. Через два месяца после избрания он заявил (в апреле 1929 года), что "период мирного сожительства с наукой буржуазной изжит до конца" и что "фетишизм по отношению к буржуазным ученым должен быть отброшен" (13). Он предложил отобрать все деньги у академии и раздать их научившимся читать рабфаковцам, тысячами выпускавшимся теперь каждый год с липовыми дипломами о высшем образовании.
Следующей волной унижения академических ученых стала кампания по "административной чистке советского государственного аппарата", начатая в июле того же 1929 года. Цель чистки сводилась к тому, чтобы уволить из советских учреждений бывших дворян и членов их семей, убрать "нежелательные" элементы из чиновников бывшего царского аппарата власти, всех, кто был замечен в нелояльности к новым порядкам или руководителям.
"Чистка" заключалась в следующем. Во всех организациях под контролем представителей ГПУ проводили общие собрания коллективов (от уборщиц, истопников и вахтеров до начальства). На на сцену вызывали одного за другим руководителей и главных сотрудников и начинали их опрашивать, основываясь на собранных "органами ГПУ" агентурных данных о предыдущей жизни и поведении (люди из зала могли выкрикивать всё, что им взбредет в голову, вплоть до оскорблений личного порядка; счеты сводили, что называется, "по чёрному"). Опрашивающие решали, нет ли среди проходящих "чистку" явных или скрытых врагов советской власти и выносили решение о том, прошел ли успешно "чистку" сотрудник или его нужно уволить с работы. Тем самым процесс был превращен в публичные измывательства с оскорблениями и поношениями тех, кого власти считали "нежелательными элементами" и кого они намеревались "распять на позорных столбах" прилюдно, чтобы затем от них избавиться якобы по решению "коллективов". Вся процедура чаще всего была унизительной и мерзкой по сути и по форме. Было немало случаев, когда у невинных, но впечатлительных людей не выдерживало сердце. После увольнения с работы устроиться на новую было почти невозможно, и маячила перспектива оказаться на грани гибели от голода. Специальное министерство — Наркомат рабоче-крестьянской инспекции — одно время возглавлявшийся самим Сталиным, был привлечен к проведению таких чисток. Чаще всего опросы проводили секретные сотрудники ГПУ, для прикрытия внедренные в этот наркомат.