Исследователь мельчайших деталей расправы с Академией наук СССР под видом чистки Феликс Ф. Перченок (1931–1993) провел скрупулезное исследование архивных материалов, сохранивших как подоплеку всего дела, так и детали произошедшего (12). Важные сведения содержатся также в статьях А. Е. Левина (14).
Итак, для осуществления кампании по "административной чистке сотрудников АН в июле 1929 года в ЦК партии была учреждена "Комиссия по "чистке" аппарата Академии наук" и откомандирована в Ленинград, где Академия базировалась.
Её руководителем был утвержден Юрий Петрович Фигатнер, уроженец Одессы, выходец из полу-рабочей семьи. В начале своей карьеры в Одессе он трудился слесарем, затем включился в начале 20 века в революционную активность, в 1906 году эмигрировал в Европу, в 1909 г. под руководством Ленина осваивал марксизм в кружке Ленина в Париже, в 1917 г. служил видным большевистским начальником в Москве, затем в Кисловодске, на Кавказе и в Сибири, был делегатом нескольких съездов партии большевиков, занимал видные должности в Москве. Он никогда не афишировал свои связи с ЧК и ОГПУ, но работал в непосредственным контакте с ней, будучи одно время начальником Главинспекции ВСНХ. Вместе с ним в Ленинград приехали два члена Комиссии, официально и открыто занимавшие высокие должности в ОГПУ — А. А. Мосевич и А. Р. Стромин.
Первоначальные результаты "чистки", осуществленной Комиссией Фигатнера, оказались печальными для Библиотеки АН СССР и для ряда других учреждений, таких как Пушкинский дом. Распоряжением от 15 августа 1929 года из БАН были уволены 22 ведущих сотрудника, 22 августа список был пополнен еще двумя сотрудниками, после чего комиссия покинула город. Фигатнер уехал отдыхать на Кавказ.
Скромные результаты числа уволенных из АН сотрудников показались Сталину недостаточными. Ему был нужен иной результат. Независимо функционирующая организация Академии, в состав которой входило много крупных ученых, оставалась потенциально опасной. Сотрудники академии были не марионетками, они разбирались как в механике действий властей, так и во внутренних пружинах, приводивших к результатам властной политики. Сталин понимал, что через какое-то время придется принимать конституцию страны, проводить выборы, выражать отношение к индустриализации промышленности и коллективизации сельского сектора. Это был не рядовой, не обычный год — через месяц (7 ноября) он сам назовет в статье 1929-й год "годом великого перелома". Академия наук в целом представляла собой потенциально мощной силой, которая могла публично раскритиковать его борьбу на политическом и экономическом полях. Предусмотрительней было бы всемерно ослабить консорциум "слишком умных".
Поэтому 14 октября 1929 г. доверенный человек в окружении Сталина, Авель С. Енукидзе, дружащий со всеми членами его семьи, знающий и мать, и других родственников Сталина, занимающий в тот момент пост секретаря Президиума ЦИК, вызвал Фигатнера из отпуска для "завершения в срок работы" его Комиссии (хотя Фигатнеру казалось, что работа уже завершена, о чем он даже напечатал статью в советской печати).
Однако приказ есть приказ, и члены комиссии возвратились в Ленинград, о чем сообщила 24 октября 1929 г. ленинградская "Красная газета". В заметке об этом приезде содержался необычный даже по тем временам призыв: всем читателям предлагалось немедленно сообщить комиссии любые сведения, компрометирующие сотрудников академии.
О том, что в Кремле запланировали масштабные действия против Академии наук говорило и то, что вскоре после приезда в Ленинград членов Комиссии Фигатнера, в город прибыли зав. отделом народного образования СНК Е. П. Воронов и зам. начальника научно-технического управления ВСНХ В. М. Свердлов, которых члены комиссии информировали о своих "находках".
Комиссия обнаружила множество хранящихся в библиотеке АН и в других институтах АН документов, относящихся ко времени царского правления. Важно подчеркнуть, что никакой тайны в хранении всех этих документов в библиотеке не было: о всех них знали специалисты-архивисты. Более того, в 1917 году Библиотеку в сопровождении Бонч-Бруевича посетил Ленин, ему показали многие раритеты, и он одобрил их хранение в надежном и правильном месте (15). Интересно заметить, что всё тот же М. Н. Покровский, который помимо руководства Социалистической академией числился директором Государственного Архива советской республики, много раз безуспешно пытался завладеть этими документами. Но, поскольку специалисты-историки относились к Покровскому с нескрываемым скепсисом (не раз в этой связи упоминалось горячечное изречение горе-историка Покровского, что "История — это политика, обращенная вспять"), все его потуги на этот счет оказались тщетными.