Как только Фигатнер увидел первые такие документы (в частности, собственноручно написанный царем манифест о своем отречении от престола) он потребовал немедленного созыва Президиума АН СССР, а через чекистские каналы телеграфировал в Москву о своем "открытии".
Срочное заседание Президиума Академии удалось собрать 30 октября, однако ночью перед ним ГПУ провело массивные аресты ученых. За решеткой оказались ученый секретарь Археографической Комиссии (ответственной за сохранение архивов) профессор А. И. Андреев и ведущий работник президиума Г. Н. Соколовский.
В "Правде" 7 ноября появилось сообщение о том, что Академия наук якобы незаконно прятала в своих архивах царские документы с целью восстановления в СССР самодержавия. Дальнейший осмотр фондов Библиотеки АН СССР удивил агентов ГПУ еще больше. Оказалось, что в ней хранятся архивы Департамента полиции и секретных служб царского правительства и многие бумаги из личного архива царя. С. М. Киров немедленно уведомил Сталина об этих находках (14), что вызвало достаточно странную реакцию вождя: он не скрыл своего волнения и приказал немедленно отправить в Ленинград представительную бригаду высших чинов сыска из аппарата госбезопасности под предводительством Якова Агранова и Якова Петерса. Соедственная комиссия ГПУ под началом Я. Х. Петерса начала работать в Академии наук 3 ноября (через несколько лет и Петерса и Агранова расстреляли; Ю. П. Фигатнер был также арестован, безосновательно обвинен в контр-революционной деятельности 25 мая 1937 года и расстрелян 20 сентября того же года; сегодня неизвестно, узнали ли все трое что-то такое, что могло представлять опасность для Сталина). Обыски в разных институтах Академии были проведены незамедлительно. Огромные кипы документов извлекли из библиотек гуманитарных институтов (видимо, для отвода глаз была также обыскана и опечатана библиотека Института химии). Немедленно были арестованы еще многие сотрудники Академии, особенно из числа тех, кто в разные годы знакомился с бумагами Охранного отделения и департамента полиции царского правительства. Донесения о допросах этих людей немедленно шли в офисы Сталина и Молотова. Мог ли быть случайным такой интерес обоих к архивам царской охранки оставалось загадкой, хотя позже некоторые историки задавались вопросом: а не испугались ли Сталин и Молотов лично, что их связи с царской охранкой до революции могут вскрыться и стать достоянием общественности? (16).
А 10-го ноября Фигатнер выступил на собрании сотрудников Академии и сообщил, что, якобы начиная с 19 октября, на имя комиссии начали поступать доносы от сотрудников Академии с указанями на то, где следует искать "припрятанные" сокровища, благодаря чему удалось обнаружить документы исключительно важного политического значения:
"Были найдены оригиналы манифестов об отречении от престола императора Николая II и его брата Михаила, документы отделения императорской канцелярии, корпуса жандармов, охранного отделения, личный архив бывшего московского губернатора, позднее товарища (заместителя по нынешней терминологии) министра внутренних дел и директора департамента полиции В. Ф. Джунковского, а также переписка Николая II с генералом Треповым по поводу событий 1905 г. и составленный для департамента полиции исторический обзор революционного движения в России с 1900 по 1910 г. Были найдены материалы, относящиеся к планам обороны Петрограда во время первой мировой войны, архивы ЦК партии кадетов (1905–1915) и ЦК партии эсеров (по 1918 г. включительно), список членов Союза русского народа, протоколы подпольного съезда меньшевиков, состоявшегося в 1918 г., данные о тайных агентах политической полиции с их подлинными именами и сведениями об оплате их услуг, шифры жандармского управления, материалы Учредительного собрания и комиссии по его роспуску, часть личного архива Керенского и некоторые другие документы. Были также обнаружены архивы ряда большевистских организаций дореволюционного времени" (17).
Органы ГПУ тем временем продолжали аресты, в заключении оказались многие сотрудники Академии. Их обвинили в заговоре против советской власти и создании мифического "Всенародного Союза борьбы за возрождение свободной России".
Все обвинения от начала до конца были чистой фальсификацией, сфабрикованной в казематах ГПУ, где следователи принуждали тех, кто был арестован по библиотечным делам, оговаривать себя и сознаваться в том, что они были якобы вовлечены в подпольную работу по восстановлению царского трона в СССР. Невинным исследователям присуждали тюремные сроки. Счет осужденным российским ученым шел уже на сотни. 8 августа 1931 г. Коллегия ОГПУ вынесла очередные приговоры.