Над Академией наук действительно нависла смертельная тень. Её руководитель, выдающийся историк академик Сергей Ф. Ольденбург (1863–1934) был по предложению, подписанному А. И. Рыовым 30 октября 1929 года, снят с поста Непременного Секретаря Академии. Размах задержаний ученых был невероятно широк. К концу 1929 года по "Делу Академии наук" были арестованы 1729 сотрудников бывшей Российской Академии наук. Среди них были заместитель директора Библиотеки АН профессор С. В. Рождественский, академики С. Ф. Платонов, Н. П. Лихачев, М. К. Любавский и Е. В. Тарле, члены-корреспонденты С. В. Рождественский, В. Н. Бенешевич, С. К. Богоявленский, С. Б. Веселовский, Д. Н. Егоров{23}, Ю. В. Готье, А. И. Яковлев, А. А. Бялыницкий-Бируля, Ф. А. Розенберг, академик Белорусской АН В. И. Пичета, профессора МГУ и ЛГУ С. В. Бахрушин, Б. Д. Греков, Л. В. Черепнин и А. Н. Криштофович и другие. Академики Платонов, Тарле, Лихачев и Любавский 2 февраля 1931 года были исключены из Академии наук. Егоров, Платонов и Рождественский в ссылке умерли, Дружинин пропал без вести сразу после того, как ему объявили, что срок высылки закончен, Бенешевич был повторно арестован в 1937 году и годом позже расстрелян. К началу декабря 1930 года из 960 штатных сотрудников АН комиссия Фигатнера уволила 128, из 830 сверхштатных — 520 человек. С видимым удовлетворением Фигатнер рапортовал в Москву 13 декабря 1929 года: "на сегодняшний день Академии наук в прежнем виде не существует" (18). В тот же день он писал в "Красной газете": "Случайно или намеренно скрывались документы от советской власти — это комиссия проверяет. Но факты налицо. Их не опровергнуть" ("Красная газета", 13 ноября 1929 г.). Через три дня уже в "Известиях" утверждалось, что Академия Наук Союза "обманула оказанное ей доверие", подошла к той черте, за которой начинаются "прямые преступления против Советской власти" (19).
Однако Сталина не оставляла надежда полностью прикрыть Академию наук. Вряд ли можно предположить, что без предварительного его одобрения Покровский попытался в 1930 году распространить власть подвластной ему Социалистической академии над всей советской наукой, включая Академию наук СССР, которую он хотел подчинить себе. Соответствующее постановление было подготовлено, но закрыть Академию наук Сталин все-таки побоялся (стране были нужны теоертические разработки, которые только и давали возможность развивать промышленность, военные производства, сельское хозяйство, медицину и все другие важные отрасли народного хозяйства). Однако с 1931 года все ИКП и все гуманитарные институты были фактически поставлены под контроль Соцакадемии. Поскольку в последней существовали и естественно-научные исследовательские институты, для лучшего присмотра они были переданы под команду "Ассоциации Естественных наук Соцакадемии". Однако после смерти Покровского в 1932 году этот контроль было решено приостановить.
Большевистские лидеры не видели для себя иного пути, как наращивать состояние истерии в обществе, раздувать политическую напряженность, расширять поиск внутренних и внешних врагов. Вот еще один пример. Специальная сессия Общества марксистов-статистиков, созванная 12 ноября 1930 года, была посвящена теме "Теория статистики и планы по вредительству в стране". Выступивший на ней член Коллегии Центрального Статистического Управления Б. С. Ястремский клеймил незадолго до этого арестованного Дмитрия Федоровича Егорова — крупнейшего российского математика, директора Института математики и механики МГУ, профессора, почетного члена АН СССР, президента Московского математического общества (учителя таких выдающихся ученых как академики Н. Н. Лузин, П. С. Александров, И. Г. Петровский. А. Н. Колмогоров, член-корреспондент И. И. Привалов и других):
"Мне недавно пришлось слушать на заседании совета Института математики и механики речь проф. Егорова, тогда еще не разоблаченного вредителя. Он выступил со своего рода программной речью и так горячо, со слезой даже в голосе, сказал: "Что вы там толкуете о вредительстве… худших вредителей, чем вы, товарищи, нет, ибо вы своей пропагандой марксизма стандартизируете мышление" (20).
Ястремский призвал ученых помочь органам безопасности выискивать врагов в их среде: "ГПУ верной рукой вылавливает вредителей… Нам нужно идти на помощь этому верному стражу революции. Нужно выявлять вредителей, которые ради якобы свободы мысли против "стандартизации" мышления ведут свою якобы идейную борьбу. Этих вредителей надо вылавливать, и мы в этом отношении должны помочь ОГПУ" (21).