Арестами огромного числа ведущих ученых в Ленинграде репрессии против представителей науки не остановились. Расправы с учеными переместились сначала в Москву, а затем и в другие города. Действовали пресловутые "Тройки" обвинителей, причем их заседания были перенесены в военную Прокуратуру, где условия секретности были повышены. Для заслушивания обстоятельств дела и вынесения приговора "тройке" требовалось примерно по три минуты на каждого подследственного. Очередые вердикты были вынесены 10 февраля 1931 года. К расстрелу был приговорен П. В. Виттенбург, которому сразу же заменили высшую меру наказания на 10 лет лагерей, те же 10 лет лагерей получили С. К. Богоявленский, В. А. Бутенко, П. Г. Васенко, Ф. А. Мартинсон, Ф. И. Покровский, М. Д. Приселков, Н. А. Пыпин, С. П. Розанов, С. И. Тхоржевский, М. А. Шангин, Э. Э. Шольц, Б. М. Энгельгардт и еще несколько человек. Многим арестованным присудили от 3 до 8 лет лагерного режима.
В целом, инкриминируемые арестованным ученым преступления ничем не были доказаны. Архивистам и историкам, всю жизнь имевшим дело со старинными фолиантами и бумагами, приписали участие в делах им явно несвойственных. Всё от начала до конца было построено на фальсификациях сысковиков, и, несмотря на пафос выспренних словесных формулировок и кажущуюся серьезность, весь состав обвинений, выдвинутых прокурорами, был нелепым. Советские инквизиторы приписали тишайшим ученым участие в создании "специальных военных организаций", планирование "походов интервентов", работу "в целях моральной подготовки интервенции" и прочие леденящие кровь "контрреволюционные" акции. Вместо серьезных криминалистических доказательств в ход шли наборы страшилок, стереотипно кочевавших из дела в дело. Вот отрывки из главного заключительного коммюнике гэпэушников:
"…в целях свержения Советской власти, реставрации помещичье-капиталистического строя и установления конституционно-монархического образа правления по инициативе Платонова С. Ф. и Богословского М. М. [обвиняемые] создали контрреволюционную организацию, так называемый "Всенародный Союз борьбы за возрождение свободной России" и вели систематически пропаганду по свержению советской власти;
— создали специальные военные организации;
— через Платонова, Мерварта и др. вступили в преступно-заговорщицкие отношения с германскими националистическими кругами;
— через Тарле [историка, академика] вступили также в преступные отношения с правящими кругами Франции;
— в целях моральной подготовки интервенции […] через члена "Всенародного союза" Бенешевича В. Н [историка, известного во всем мире византолога, члена-корреспондента АН] вступили в отношения с Ватиканом в лице папы Пия XI и его агентов;
— для ускорения интервенции против СССР вступили в секретные заговорщицкие отношения с белоэмигрантами;
— систематически собирали секретные сведения и
— сообщали их…" и т. д. (22).
На основании этих чудовищных выдумок 10 мая 1931 года были расстреляны "участники военного заговора" В. Ф. Пузинский (по "сценарию" он был намечен руководить восстанием гвардейских офицеров и унтер-офицеров при приближении интервентов; какие такие интервенты готовились напасть на СССР в 1931 году, не упоминалось), П. И. Зиссерман, П. А. Купреянов и Ю. А. Вержбицкий. Остальные члены "военной секции", кроме Измайлова и Петрова, чьи приговоры были отложены, получили, как минимум, по 10 лет лагерей. Расстрелян был также А. С. Путилов, заведовавший ранее Архивом АН (по "сценарию" — кандидат Платонова на пост директора департамента полиции). Приговор о расстреле с заменой 10 годами лагерного срока был применен в отношении Г. С. Габаева, В. В. Гельмерсена, А. И. Заозерского, Я. Я. Майхровского, А. Ф. Малова, Б. Н. Моласа, Г. К. Пилкина, Г. П. Соколова, С. П. Шестерикова, священника Михаила Митроцкого, пристегнутого к делу ученых как близкого друга одного из академиков. По 10 лет лагерей получили С. С. Абрамович-Барановский, М. Д. Беляев, А. В. Бородин, Я. Н. Ростовцов и Г. Н. Соколовский. 8 августа 1931 г. Коллегия ГПУ вынесла очередные приговоры арестованным российским ученым. Счет осужденных приближался к двум тысячам.
Репрессиями против документоведов, архивистов, историков Царского Двора и тех, кто изучал документы департамента полиции, службы сыска и политического присмотра над настроениями интеллигенции во времена до октября 1917 года, дело не ограничилось. Власти установили в этот момент новые правила найма на работу ученых, распространявшиеся ранее только на режимных предприятиях. Если раньше, десятилетиями, вопросы приема на работу или увольнения ученых и профессоров высшей квалификации основывались на достижениях специалистов в их узкой области и признанных коллегами результатах, то теперь была разослана инструкция, согласно которой "Увольнение профессоров с занимаемых должностей должно производиться исключительно по решению Отделов кадров", в которые повсеместно были внедрены агенты органов госбезопасности. Как только эта инструкция была получена на местах, руководство Московского университета (ректором в то время был небезызвестный А. Я. Вышинский) уволило в 1930 году из числа профессоров МГУ крупнейшего ученого и прославленного педагога Н. К. Кольцова.