Во-первых, сыграли роль организаторские способности чекиста. «Генрих Григорьевич Ягода, член партии с дореволюционным стажем, был, на мой взгляд, крупным хозяйственником и прекрасным организатором, — пишет в своих мемуарах чекист Шрейдер. — Может быть, именно поэтому еще при жизни Ф.Э. Дзержинского он был выдвинут на должность одного из заместителей председателя ОГПУ по административной или хозяйственной части».
Во-вторых, возвышение Ягоды объяснялось и кадровым дефицитом в ОГПУ. В период НЭПа образованные коммунисты и хорошие организаторы были нужны на хозяйственной или государственной работе. Это видно даже по анализу должностей, которые занимали руководители ВЧК- ОГПУ. Дзержинский возглавил ВСНХ, формально оставаясь во главе органов, И.С. Уншлихт с осени 1923 — член РВС Республики, а затем заместитель наркома по военным и морским делам М.В. Фрунзе, В.Н.Манцев, в 1924-36 — начальник планово-экономического управления ВСНХ, заместитель наркома финансов СССР; Я.Х. Петерс ушел на советскую службу в 1929 г., М.Я. Лацис с 1922 г. на хозяйственной работе во главе Солесиндиката, а затем в Наркомземе. Иными словами, подбирая руководителя спецслужбы, властям страны надо было сделать выбор между Ф. Медведем, С. Мессингом, Г. Ягодой и Г. Бокием, к которым затем присоединился М. Трилиссер.
Огромную роль в возвышении Ягоды сыграла его активность в борьбе с троцкистами. Следует учитывать, что влияние троцкистской оппозиции в ОГПУ было довольно заметным. А.М. Плеханов утверждает, что по подсчетам председателя ОГПУ, во время дискуссии 1923–1924 гг. в аппарате ОГПУ из 551 членов РКП (б) на стороне ЦК были 367 человек, 40 однозначно на стороне троцкистов и еще 129 «колебались».
Это, конечно, приукрашенная картина. В действительности, если верить мемуарам, то в разных парторганизациях ОГПУ сторонников Троцкого было до половины. Очень выразителен рассказ Ф.Д. Медведя о дискуссии в Москве. По его словам, троцкисты первоначально вообще добились большинства, «Дзержинскому и другим членам коллегии вообще говорить не давали. Требовали немедленно ввести внутрипартийную демократию, разогнать партийный аппарат. «Долой бюрократов, долой аппаратчиков», — сплошь и рядом кричала ячейка. Пришлось прекратить собрание и перенести на следующий день. Ну, а на следующий день были приняты меры. Во-первых, срочно по прямому проводу вызвали из Ленинграда Зиновьева, затем Феликс особо заядлых крикунов частью изолировал, частью отправил в срочные командировки. На следующий вечер собрание открылось речью Зиновьева. Этот и начал. Говорил четыре часа подряд. Все обалдели, слушая его. Голоснули — и что же? Несмотря на принятые меры, ничтожным большинством прошла резолюция ЦК».
Причины популярности Троцкого среди чекистов очевидны. Многих раздражало отсутствие внутрипартийной демократии. «Где у нас равенство в единой коммунистической партии? На бумаге, в уставе партии. А на самом деле, верхи и низы. Начальники и подчиненные. Верхи обросли на теплых местах и тянут к себе родственников, подхалимов, бюрократов. Везде и повсюду круговая порука. Рука руку моет. Только внутрипартийная демократия даст возможность проявить все недочеты нашей партии и избавиться от них».
Кроме того, в условиях перехода к новой экономической политике материальное положение сотрудников ОГПУ резко ухудшилось. Из органов и войск ОГПУ начался массовый уход, основной причиной которого стала скудная зарплата и ее несвоевременная выплата. Катастрофическую ситуацию описывал председатель ГПУ Украины Манцев: денежное довольствие и продпаек мизерны, чекисты живут за счет продажи на рынке своих вещей, находятся «в состоянии перманентного голода. На этой почве происходит общее понижение работоспособности, настроение сотрудников озлобленное, дисциплина падает… зарегистрирован ряд случаев самоубийств на почве голода и крайнего истощения». Манцев утверждал, что лично получает письма сотрудниц, которые сообщают, что вынуждены заниматься проституцией, чтобы не умереть с голоду, арестованы «за грабежи и налеты десятки, если не сотни сотрудников, и во всех случаях установлено, что идут на разбой из-за систематической голодовки. Бегство из чека повальное…».
Дзержинский, в силу своих возможностей, пытался исправить ситуацию. Манцев ставил вопрос ребром: «Если чека не нужна, то об этом надо сказать прямо и твердо. И мы соответствующим образом будем тогда поступать». На этот вопрос нужно было найти ответ, и Ягода, «хороший организатор и хозяйственник», был незаменим в этой роли. Сам Ягода получил возможность выступить в роли «защитника чекистов и благодетеля».