Противостояние началось уже на ранних стадиях проекта будущей кораблестроительной программы. Кроме того, что нарком И.И. Носенко и его заместитель А.М. Редькин считали, что для выполнения требований флота потребуется несколько лет работы, по восстановлению разрушенных войной и созданию новых заводов и конструкторских бюро, споры коснулось соотношения элементов будущих крейсеров, эсминцев и подводных лодок. Кроме этого, с целью получения средств на модернизацию промышленности, с учетом ее реальных возможностей, они настаивали на крупносерийной постройке будущих крейсеров, эсминцев и подводных лодок по откорректированным проектам 1939–1940 годов. Для этих кораблей у наркомсудпрома уже имелись частично или полностью готовые образцы главных энергетических установок и вооружения. Учет опыта войны и достижений мирового кораблестроения при этом должен был свестись к установке на кораблях РЛС и гидролокаторов, а также применению более новой технологии – сварки корпусов. Возможное же начало строительства кораблей новых проектов, особенно крупных, руководство НКСП откладывало на 50-е годы. Только решив и согласовав все эти вопросы, Носенко с Редькиным полагал возможным начать разговор о серьезной кораблестроительной программе. Руководство Наркомата ВМФ, игнорируя все эти доводы, требовало, начинать строительство немедленно и по максимуму.
Из книги воспоминаний Н.Г. Кузнецова «Накануне» «Уже при рассмотрении проекта послевоенной судостроительной программы у моряков и судостроителей появились крупные разногласия. Так, исходя из опыта войны, мы просили, как можно скорее перейти к строительству кораблей по новым проектам. А Наркомат судостроительной промышленности доказывал неизбежность постройки в первые четыре-пять лет кораблей, уже освоенных промышленностью. Это, конечно, было легче, чем налаживать выпуск кораблей новых типов».
С подачи Сталина, для систематизации предложений ВМФ по десятилетнему плану военного кораблестроения, в 1945 году была создана специальная комиссия, которую возглавил Нарком ВМФ, и образованы секции по классам кораблей во главе с опытными адмиралами. Так руководителем секции по авианосцам, крейсерам и легким крейсерам был назначен командующий Тихоокеанским флотом адмирал И.С. Юмашев. Секцию по лидерам эсминцев, эсминцам и сторожевым кораблям возглавил командующий эскадрой Черноморского флота вице-адмирал С.Г. Горшков. Секция по охотникам за подводными лодками, торпедным катерам и тральщикам работала под руководством командующего эскадрой Балтийского флота вице-адмирала Л.А. Владимирского.
Еще в конце 1944 года Сталин дал указание Кузнецову заняться проектированием и конкретных кораблей для будущего океанского флота, с учетом опыта Второй мировой войны. Для разработки заданий на перспективное проектирование кораблей 6 января 1945 года Нарком ВМФ приказал создать специальную комплексную комиссию, в которую входили опытные адмиралы и офицеры флота. Так подкомиссию по линкорам и крейсерам возглавил начальник ВМА вице-адмирал С.П. Ставицкий, по эсминцам – контр-адмирал А.В. Добротворский. В подкомиссиях работали такие известные теоретики, как контр-адмиралы И.П. Чернышев, А.В. Томашевич, инженер-контр-адмирал А.П. Шершов, вице-адмирал Л.Г. Гончаров и другие. По результатам работы отдельных подкомиссий для перспективного проектирования и строительства были выбраны линейный корабль стандартным водоизмещением 75 000 тонн с мощными противоминной защитой и зенитным вооружением (более крупный, чем линкор проекта 24), большой и малый авианосцы (проект 72 ЦНИИ-45, по типу германского «Графа Цеппелина», с 30 самолетами, был отклонен), крейсер в 25 000 тонн с 9-дюймовой артиллерией («тяжелый» – против «вашингтонских» крейсеров с 8-дюймовыми орудиями), два типа легких крейсеров («средний» и «малый», или «крейсер» и «легкий крейсер»), два типа эскадренных миноносцев («большой» – для Севера и Тихого океана и «малый», или просто «эсминец», – для стесненных условий Балтики), три типа подводных лодок – большого, среднего и малого водоизмещения и другие корабли. Ряд предложений подкомиссий, с тактической точки зрения, был, безусловно, обоснованным и носил прогрессивный характер. Последнее вылилось в высокие требования к эффективности зенитной артиллерии, в том числе – необходимость установки универсальных орудий главного калибра на эсминцах, обоснование типа тяжелого крейсера (частичное возрождение идей 1935 года), двух типов авианосцев с сильными ударными авиагруппами.