Из другой книги воспоминаний Н.Г. Кузнецова «Накануне» следует, что идея упразднить Наркомат ВМФ в голову Сталину пришла совершенно неожиданно, и решение он принял спонтанно, нисколько его, не продумав: «В начале 1946 года на одном из совещаний, где речь шла совсем о других делах, Сталин вдруг обратился к присутствующим:
- Не следует ли нам упразднить Наркомат Военно-Морского Флота?
Вопрос был поставлен неожиданно, никто не осмелился сразу высказать свое мнение. Поручили Генеральному штабу продумать его и доложить свои соображения правительству. Я тоже попросил какой-то срок, чтобы обсудить этот вопрос в своем наркомате и прежде всего в Главном морском штабе. Основываясь на опыте Отечественной войны, мы составили доклад. Исходили из убеждения, что современные операции действительно требуют совместного участия различных видов и родов Вооруженных Сил и управления ими из одного центра. Мы считали, что вопрос поставлен правильно и объединение Наркоматов обороны и Военно-Морского флота целесообразно. Но каждый вид Вооруженных Сил должен иметь и достаточную самостоятельность. Поэтому, доказывали мы, разумно оставить бывшему Наркому ВМФ, как бы он ни назывался в дальнейшем, широкие права, в том числе и право обращаться, как в правительство, так и в другие наркоматы. В Генштабе, как высшем и едином оперативном органе, надо сосредоточить лишь все оперативные проблемы, планирование развития боевых сил и средств на случай возможной войны. Этот доклад был направлен Председателю Совнаркома И.В. Сталину, но нигде не обсуждался. Вскоре меня вызвали в Наркомат обороны, и я узнал, что решение уже состоялось. 25 февраля 1946 года вышел Указ об упразднении Наркомата ВМФ. Так и было сказано - упразднить...»
Однако упразднение Наркомата ВМФ и передача его функций Наркомату обороны была лишь первым этапом задуманной Сталиным военной реформы. Уже 15 марта 1946 года последовал второй этап -Наркомат Вооруженных Сил СССР был переименован в Министерство Вооруженных Сил СССР.
Одновременно до лета 1946 года шло и переформирование упраздненного Наркомата ВМФ. В результате этого реформирования, в структуре Министерства Вооруженных Сил СССР было образовано Главное командование Военно-морскими силами (ВМС), в ведении которого состояли Военно-морской флот, морская авиация и войска береговой обороны.
Отныне бывший Нарком стал именоваться Главнокомандующим Военно-Морскими Силами и первым заместителем министра Вооруженных Сил СССР, объединившего под единым руководством сухопутные войска, ВВС, ВМС, а несколько позднее и войска ПВО страны.
На нового Главкома ВМС возлагались следующие обязанности: управление ВМС и обеспечение их боевой готовности; разработка и утверждение программ по боевой подготовке, наставлений и уставов; организация и руководство оперативной подготовкой командования и штабов ВМС, участие в разработке Генеральным штабом планов оперативного использования ВМС, организация противовоздушной обороны на морских театрах средствами ВМС, разработка планов и осуществление мероприятий по береговой обороне, руководство строительством военно-морских баз, руководство разработкой мобилизационных планов и обеспечением мобилизационной готовности ВМС, учет и подготовка офицерских, старшинских кадров запаса ВМС, руководство и контроль за проектированием, ремонтом и модернизацией боевых кораблей и вспомогательных судов, руководство развитием и совершенствованием всех средств боевой техники кораблей и вооружения ВМС, обеспечение ВМС вооружением, техникой и специальными видами снабжения, обеспечение мореплавания на морях Союза ССР, разработка мероприятий по обеспечению внешних морских коммуникаций и ряд других функций. В состав новых органов управления Главкома ВМС входили: Главный штаб ВМС, Управление боевой подготовки, Главный штаб авиации ВМС, Политическое управление, Гидрографическое управление, Управление береговой обороны, Научно-технический совет с научно-техническим комитетом и финансовый отдел.
Следует сказать, что реформирование ВМФ проходило в очень непростой политической ситуации. 22 февраля 1946 года поверенный в делах США в Москве Д. Кеннан доложил в Вашингтон: «В сравнении с западным миром, в целом Советы все еще остаются значительно более слабой силой. Следовательно, их успех будет зависеть от реального уровня сплоченности, твердости и энергичности, которую следует достичь западному миру. В наших силах влиять на этот фактор».