23 ноября 1938 года Ежов написал в Политбюро и лично Сталину прошение об отставке. В прошении Ежов брал на себя ответственность за вредительскую деятельность врагов народа, проникших «по недосмотру» в НКВД и прокуратуру, а также за бегство ряда сотрудников НКВД за границу.
Преемником Ежова стал Берия, который с конца сентября 1938 года по январь 1939 года провел широкомасштабные аресты людей Ежова в НКВД, прокуратуре и судах.
Н.И. Ежов был назначен наркомом водного транспорта, а 10 апреля 1939 года, когда вскрылись новые обстоятельства по его делу, он был арестован и помещен в Сухановскую особую тюрьму НКВД СССР.
Согласно обвинительному заключению, «подготовляя государственный переворот, Ежов готовил через своих единомышленников по заговору террористические кадры, предполагая пустить их в действие при первом удобном случае. Ежов и его сообщники Фриновский, Евдокимов и Дагин практически подготовили на 7 ноября 1938 года путч, который, по замыслу его вдохновителей, должен был выразиться в совершении террористических акций против руководителей партии и правительства во время демонстрации на Красной площади в Москве».
На следствии Ежов признал свою вину и дал подробные показания о заговоре в НКВД в 1938 году. Помимо прочего, он признал и факт своего морального разложения: пьянства и педерастии, преследуемой по советским законам. Однако на суде Ежов отверг обвинение в заговоре и объяснил свои признательные показания «сильнейшими избиениями», которым его якобы подвергали в ходе предварительного следствия.
Суд не принял в расчет эти объяснения Ежова, и 3 февраля 1940 года Военная коллегия Верховного Суда СССР приговорила Н.И. Ежова к расстрелу. Приговор был приведен в исполнение на следующий день.
Вместо введения «Борьба еще не кончена...»
Товарищи, после выступавших ораторов, которые перед вами всячески расхваливали мою кандидатуру и которые дали такую высокую оценку работе Наркомвнудела, мне выступать несколько трудновато. Разрешите поэтому прежде всего принять эту высокую оценку не за счет своих личных качеств и личных заслуг, а за счет партии Ленина - Сталина (бурные, долго не смолкающие аплодисменты), за счет партии, которая меня воспитала, вырастила, выдвинула и поставила на тот участок, на котором я сегодня работаю. (Бурные аплодисменты.)
Такой высокой оценке работы органов Наркомвнудела мы прежде всего обязаны нашей партии. Я же, по мере своих сил и способностей, пытаюсь честно и по-большевистски выполнять те задачи, которые на меня возложила партия и наше Советское правительство. А наша партия отражает интересы всего советского народа. Стало быть, выполнять эти задачи для большевика легко, почетно и приятно. (Бурные аплодисменты.)
Товарищи, один из выступавших здесь ораторов приводил в своей речи поэтическое сравнение; разрешите и мне настроиться на поэтический лад и начать с некоторого поэтического вступления. Когда умер Владимир Ильич Ленин, когда умер создатель нашей партии, вождь и учитель трудящихся всего человечества Владимир Ильич Ленин, один из поэтов писал следующее:
Портретов Ленина не видно:
Похожих не было и нет.
Века уж дорисуют, видно,
Недорисованный портрет.
Вы, конечно, понимаете, что поэт имел в виду не фотографические портреты Владимира Ильича, а весь его облик, все его дела и считал, что только века смогут дорисовать портрет этого величайшего человека эпохи. Поэт ошибся и просчитался здорово. Видимо, он недостаточно хорошо знал нашу партию. Нашелся такой художник революции, зодчий нашей социалистической стройки, который не в века, не в сотни лет и даже не в десятки сумел поднять на невиданную высоту нашу Советскую страну и тем самым нарисовать портрет Владимира Ильича, о котором писал в своем стихотворении поэт. Этим величайшим, гениальным художником ленинской эпохи, этим зодчим социалистической стройки, который нарисовал на деле портрет Ленина, каким он должен быть, является наш вождь и учитель товарищ Сталин. (Бурные, продолжительные аплодисменты, возгласы «ура!», весь зал встает.)
Товарищи, портрет Владимира Ильича, который имел в виду поэт, - это социализм, а социализм - это уже не отвлеченная мечта, а реальность, это то, что завоевано и записано в нашей Сталинской Конституции. (Бурные, продолжительные аплодисменты.)
Этой величайшей победе мы прежде всего обязаны партии и нашему вождю товарищу Сталину. Это человек, который сумел впитать в себя всю мудрость нашего народа. Это человек, который сумел впитать в себя все лучшие чаяния нашего народа. Это человек, который каждый день чувствует нужды нашего народа и, руководя им изо дня в день, ведет нас от победы к победе. (Бурные аплодисменты.)