Весной 1919 года Сталину пришлось еще раз выполнять функцию «пожарного для безнадежных положений». Под Петроградом войска Юденича подступили к городу, взяли Ямбург, Гдов и Псков. 19 мая в северную столицу прибыл Сталин. Он сразу же мобилизовал в армию 13 тыс. рабочих, а также провел в Петрограде широкие аресты офицеров и «буржуазных элементов, подозреваемых в принадлежности к белогвардейской организации «Национальный центр». Часть арестованных была расстреляна. 13 июня подняли мятеж гарнизоны фортов Красная Горка и Серая Лошадь. Через три дня Сталину с помощью корабельной артиллерии удалось принудить мятежников к капитуляции. А 21 июня советская 7-я армия перешла в контрнаступление и оттеснила Юденича к Гдову.
И Сталин, и Троцкий, и другие не колеблясь расстреливали трусов, паникеров и изменников (или тех, кто казался им изменниками), а также заложников из представителей имущих классов населения. Но Лев Давидович еще и сам поднимал в атаку под огнем врага дрогнувший полк под Петроградом, произносил зажигательные речи на митингах. Сталин же работал преимущественно в штабах, канцеляриях, давал поручения другим, а сам не был мастером в общении с массами. Будучи, как и Троцкий, с марта 1919 года членом Политбюро, Сталин считал, что не обязан подчиняться главе военного ведомства. Но такого рода конфликты случались у Троцкого и с другими членами Реввоенсовета. Поэтому нельзя сказать, что между Сталиным и Троцким тогда существовал антагонизм. В годы Гражданской войны Сталин публично признавал заслуги Троцкого в деле защиты революции.
Сталин был членом Реввоенсовета Южного фронта в период разгрома Деникина осенью и зимой 1919 года. Впоследствии именно ему приписывали авторство плана наступления через Донбасс с целью рассечь Вооруженные силы Юга России и получить поддержку местного пролетариата. Троцкого же выставляли главным противником этого плана и сторонником наступления через Донскую область, где Красной Армии пришлось бы иметь дело с настроенным к ней враждебно казачьим населением. На самом же деле в этом вопросе разногласий между Сталиным и Троцким не было, ибо и Иосиф Виссарионович, и Лев Давидович были сторонниками нанесения главного удара через Донбасс. Но именно Троцкому, в конце концов, удалось убедить Ленина и других членов Политбюро принять именно этот план.
Именно Троцкий был автором лозунга «Пролетарий, на коня!» и инициатором создания крупных кавалерийских соединений, но позднее сталинская историография обвинила председателя Реввоенсовета в том, что он был якобы противником создания красной кавалерии.
С командующим Южным фронтом – бывшим полковником царской армии А. И. Егоровым – и руководителями 1-й Конной армии – ее командующим С. М. Буденным и членом Реввоенсовета К. Е. Ворошиловым – Сталин тесно сблизился еще в период обороны Царицына. Впоследствии именно командиры-конармейцы заняли ведущее положение в Красной Армии. Именно в их пользу сделал выбор Сталин в 1937 году, когда расправился с конкурировавшей с ними группировкой Тухачевского. А вот Егорову повезло меньше. В разговоре с друзьями – высокопоставленными сотрудниками наркомата обороны Е. А. Щаденко и А. В. Хрулевым – Александр Ильич посетовал, что его роль в гражданской войне принижают, а роль Сталина и Ворошилова незаслуженно возвеличивают. Друзья тотчас донесли о крамольных речах Ворошилову, а тот сообщил о них Сталину. Вскоре Егоров, считавшийся до этого другом Сталина и Ворошилова, был арестован, а затем расстрелян. Дружба со Сталиным отнюдь не была гарантией от того, что в один, отнюдь не прекрасный для бывшего друга день, за ним не придут чекисты.