Прозрачные намеки Молотова отражали многолетнюю историю усилий, предпринимавшихся учеными СССР, чтобы овладеть атомной энергией. Когда, к удивлению Трумэна и Черчилля, Сталин не выразил заинтересованности в сообщении об испытании в Аламогордо, он уже был осведомлен не только о «проекте Манхэттен» в США, но и о работах советских физиков-ядерщиков.
Быстрое развитие научных исследований в области физики в нашей стране в первую пятилетку привело к созданию в начале 1930-х годов под руководством В.И. Вернадского и А.Ф. Иоффе групп ученых, занявшихся ядерными исследованиями. В 1937 году в ленинградском Радиевом институте усилиями профессоров И.В. Курчатова, А.И. Алиханова и других был создан первый циклотрон в Европе. В 1940 году ученые Г.Н. Флеров и К.А. Петржак открыли самостоятельно самопроизвольное деление ядер урана, а Ю.Б. Харитон и Я.Б. Зельдович определили условия, необходимые для того, чтобы ядерный процесс шел непрерывно, имея цепной характер. В начале 1940 года академики В.И. Вернадский, А.Е. Ферсман, В. Г. Хлопин внесли в президиум АН СССР предложения об использовании внутриатомной энергии урана.
Однако их уже опередили зарубежные коллеги. Еще осенью 1939 года эмигрировавшие из Европы в США ученые Э. Фермии Л. Сциллард убедили А. Эйнштейна написать письмо Ф. Д. Рузвельту, в котором известный ученый рассказал о перспективах создания атомного оружия, предупредил о возможности его создания в Германии и предложил, чтобы правительство США помогло ученым, находившимся в этой стране, создать такое оружие. В марте 1940 года правительство США начало финансировать «проект Манхэттен» по созданию атомного оружия.
По словам П. Судоплатова, группа советских разведчиков, направленная Сталиным в октябре 1941 года в США, чтобы не допустить признания американцами эмигрантского правительства России, получила сведения о разработках в США атомного оружия. В марте 1942 года такие же сведения были получены от советских разведчиков, работавших в Англии. Эту информацию Берия направил Сталину. Кроме того, в мае 1942 года Г.Н. Флеров послал Сталину письмо, в котором предупреждал об опасности создания немцами атомного оружия. Как отмечал Судоплатов, на основе полученной информации Сталин поддержал предложение Берии о создании группы ученых для координации работ в области атомной энергии и «предложил, чтобы независимо друг от друга несколько ученых дали заключение по этому вопросу… 11 февраля 1943 года Сталин подписал постановление правительства об организации работ по использованию атомной энергии в военных целях. Возглавил это дело Молотов… В апреле 1943 года в Академии наук СССР была создана специальная лаборатория № 2 по атомной проблеме, руководителем которой назначили Курчатова… Уже в декабре 1943 года по прямому указанию Сталина Курчатов был избран действительным членом Академии наук».
Сталин также поддержал Курчатова, который в сентябре 1944 года написал письмо Берии о недостаточной обеспеченности лаборатории № 2 и плохой организации работы по ядерным исследованиям Молотовым. Последний вскоре был отстранен от руководства этими работами. В начале 1945 года Сталин утвердил ряд важных постановлений, направленных на развитие ядерных исследований в СССР. Постановление ГКО № 7357 поручало А. Иоффе и А. Алиханову завершить строительство циклотронной лаборатории при Ленинградском физико-техническом институте к 1 января 1946 года. 27 января 1945 года Сталин подписал постановление ГКО № 7408 об организации поиска, разработки и добычи урановых руд в Болгарии. Эта руда была использована на первом советском ядерном реакторе. 21 февраля 1945 года Сталин подписал постановление ГКО № 7572 «О подготовке специалистов по физике атомного ядра» для лаборатории № 2 и смежных учреждений.
Одновременно советская разведка получила достоверные сведения о создававшемся в США атомном оружии. Как утверждал П. Судоплатов, «описание конструкции первой атомной бомбы стало известно нам в январе 1945 года». Разведка сообщила и о том, что испытание бомбы может состояться через 2-3 месяца, и о возможности создания в США достаточного арсенала атомного оружия в течение года как максимум и пяти лет как минимум. В апреле 1945 года разведка передала Курчатову ряд точных сведений по конструкции атомной бомбы и методам разделения изотопов урана, и он вскоре смог направить Сталину доклад о перспективах использования атомной энергии и необходимости проведения широких мероприятий по созданию атомной бомбы. Поэтому Сталин проявил полную незаинтересованность, когда Трумэн сообщил ему в Потсдаме то, о чем он знал давно и в деталях.
И все же взрыв в Аламогордо и бомбардировки Хиросимы и Нагасаки способствовали существенной активизации усилий СССР по созданию атомного оружия. 20 августа 1945 года решением ГКО был сформирован специальный (особый) комитет под председательством Л.П. Берии для создания атомной промышленности. Помимо Л.П. Берии, в спецкомитет вошли другие кандидаты в члены Политбюро – Г.М. Маленков и Н.А. Вознесенский, а также видные хозяйственники – Б.Л. Ванников, А.П. Завенягин, М.Г. Первухин. Из ученых в его состав вошли А.Ф. Иоффе, П.Л. Капица и И.В. Курчатов. Одновременно было создано Первое главное управление во главе с членом спецкомитета Б.Л. Ванниковым.
Мой отец, став одним из заместителей Ванникова, оказался загруженным крайне напряженной работой. Отпуска были отменены. Тяжелая работа усугублялась нервозностью, которую создавали грубые разносы Берии и Вознесенского. Правда, отец признавал, что жесткие методы Берии зачастую позволяли преодолеть бюрократические препоны и решить, казалось бы, нерешаемые проблемы. О нервозной обстановке в спецкомитете вспоминал и П. Судоплатов: «Участвуя в заседаниях Спецкомитета, я впервые осознал, какое важное значение имели личные отношения членов правительства, их амбиции в принятии государственных решений. Наркомы, члены этого комитета, стремились во что бы то ни стало утвердить свое положение и позиции. Очень часто возникали жаркие споры и нелицеприятные объяснения»
Впрочем, то же самое можно было сказать не только про наркомов, но и про кандидатов в члены Политбюро, и про ученых, входивших в состав спецкомитета. Правда, Иоффе, ссылаясь на свой почтенный возраст, вскоре отошел от работы в спецкомитете. Характеризуя же отношения оставшихся в составе комитета ученых, Судоплатов писал: «Мне пришлось наблюдать растущее соперничество между Капицей и Курчатовым на заседаниях Спецкомитета… Капица… претендовал на самостоятельное и руководящее положение в реализации атомного проекта». При этом Капица возражал против предложения Берии о том, чтобы он и Курчатов вноси ли альтернативные проекты и дублировали эксперименты в своих научных лабораториях.
Свои возражения П.Л. Капица высказал в письмах к И. В. Сталину в конце 1945 года. В одном из них он утверждал, что «товарищи Берия, Маленков, Вознесенский ведут себя в Особом Комитете как сверхчеловеки. В особенности тов. Берия… У тов. Берии основная слабость в том, что дирижер дол жен не только махать палочкой, но и понимать партитуру. С этим у Берии слабо». Критиковал Капица и некоторых членов спецкомитета, намеревавшихся испытывать разные методы для решения атомной проблемы: «Товарищ Ванников и другие из Техсовета мне напоминают того гражданина из анекдота, который, не веря врачам, пил в Ессентуках все минеральные воды подряд в надежде, что одна из них поможет». Возможно, для критических замечаний Капицы были основания, но в то же время хлесткие фразы прикрывали нежелание ученого допустить соревнования различных научных идей и его настойчивость в навязывании своего мнения как единственно правильного.
Видя вред в коллегиальном характере работы спецкомитета, Капица настаивал: «Единственный путь тут – единоличное решение, как у главнокомандующего, и более узкий военный совет». Капица не называл имени кандидата в главнокомандующего, но, судя по той роли, которую он играл в 1940-е годы в программе внедрения жидкого кислорода в промышленность, не исключено, что речь шла о нем самом. В случае непринятия его предложений Капица просил освободить его от обязанностей в спецкомитете.
Хотя в апреле 1946 года Сталин направил письмо Капице с благодарностью за его письма, заметив, что в них «много поучительного», и выразив пожелание встретиться с ним и побеседовать о содержании его писем, такая встреча не состоялась. Известно, что Сталин всегда поощрял конкуренцию различных направлений в исследованиях, а потому ему претило стремление Капицы установить свой диктат в этой новой области знаний. Вскоре Капица был освобожден от обязанностей члена спецкомитета. Хотя 30 апреля 1946 года Капица был удостоен звания Героя Социалистического Труда, в конце августа 1946 года он был снят с поста директора Института физических проблем. При этом указывалось, что Капица «занимался только экспериментальной работой со своими установками, игнорируя лучшие заграничные установки и предложения советских ученых».