Был нанесен удар и по ЕАК, в котором увидели главный источник распространения националистических настроений. 20 ноября 1948 года решением Политбюро ЕАК был распущен. Вскоре были арестованы все руководители и активисты ЕАК – дипломат Лозовский, писатель И. Фефер, детский поэт Л. Квитко, академик Лина Штерн. Арестованы были также отец бывшего мужа Светланы Аллилуевой – И. Г. Морозов и жена Молотова – член ЦК ВКП(б) Полина Жемчужина. Хотя Молотов развелся со своей женой в 1948 году (они снова возобновили семейные отношения после освобождения Жемчужины из ссылки в 1953 году), его положение резко пошатнулось в руководстве страны.
Одновременно кампания против пресмыкательства перед заграницей переросла в атаку против еврейского национализма под лозунгом борьбы против космополитизма. Присутствовавший на собрании в Союзе писателей 9-10 февраля 1949 года заведующий отделом агитации и пропаганды ЦКВКП(б)Д.Т. Шепилов сообщал в докладной записке Г.М. Маленкову: «На собрании был уличен космополит Альтман в том, что он с лакейской услужливостью занимался распространением абонементов Еврейского театра среди писателей Москвы, Киева и других городов. На собрании был приведен крайне показательный факт, свидетельствующий о стремлении еврейских националистов всячески популяризировать «мировую еврейскую литературу». В распространенном в последнее время «Словнике» нового издания Большой Советской Энциклопедии самым тщательным образом собраны все даже десятистепенные еврейские писатели, сюда включены многие буржуазные еврейские писатели США, Англии и других стран. В то же самое время в проекте «Словника» замалчиваются многие крупные русские писатели и писатели союзных республик».
Шепилов сообщал Маленкову и о признаниях критика Я. Варшавского, содержавшихся в зачитанном на собрании его письме. Шепилов указывал, что «антипатриотическая группа критиков пыталась организационно оформиться (возможно и оформилась) на идейной платформе, глубоко враждебной нашим советским порядкам, нашей социалистической культуре. Об особых сборищах антипатриотической группы в «Арагви» я сообщил т. Абакумову».
Однако несмотря на подобную информацию, как признавал Е. Громов, «критиков-космополитов не арестовывали, если они, подобно Альтману, не проходили по другим делам». Широкая кампания против «космополитов» не привела к огульным нападкам на творческих лиц еврейской национальности. В. Кожинов отмечал: «В 1949—1952 годах – то есть вроде бы во время разгула «антисемитизма» – лауреатами Сталинской премии по литературе стали евреи А.Л. Барто, Б.Я. Брайнина, М.Д. Вольпин, Б.Л. Горбатов, Е.А. Долматовский, Э.Г. Казакевич, Л.А. Кассиль, С.И. Кирсанов (Корчак), Л.В. Никулин, В.Н. Орлов (Шапиро), М.Л. Поляковский, А.Н. Рыбаков (Аронов), П.Л. Рыжей, Л.Д. Тубельский, И.А. Халифман, А.Б. Чаковский, Л.Р. Шейнин, А.П. Штейн, Я.Е. Эльсберг, – притом они составляли около трети общего числа удостоенных Сталинских премий в эти годы авторов, пишущих на русском языке! Не слишком ли много высоко превознесенных литераторов-евреев для диктатора-«антисемита»?!»
В. Кожинов приводит и свидетельства столь же щедрого премирования евреев-кинематографистов: «В 1949—1952 годах Сталинских премий удостоились вместе с Роммом целый ряд кинорежиссеров еврейского происхождения – Р.Л. Кармен, Л.Д. Луков, Ю.Я. Райзман, А.М. Роом, Г.Л. Рошаль,А.Б. Столпер,А.М. Файнциммер,Ф.М. Эрмлер…Это были самые прославляемые деятели кино. Притом рядом с ними работали намного более значительные Довженко, Пудовкин, Эйзенштейн (последнего подчас ошибочно считают евреем), но их критиковали гораздо больше и суровее, нежели перечисленных кинорежиссеров еврейского происхождения! И в конце концов показателен тот факт, что эти трое наиболее выдающиеся получили за все время их деятельности всего по 2 Сталинские премии, между тем как Эрмлер – 4, Ромм – 5, Райзман – 6! Как можно, зная это, говорить о притеснении евреев как евреев? Ведь выходит, что «великие» – украинец Довженко, русский Пудовкин и обрусевший прибалтийский немец Эйзенштейн – были менее поощряемы, чем их коллеги-евреи».
Версия о сталинских репрессиях против еврейского народа, в которых они приравниваются по масштабам к нацистским, игнорирует подлинные факты. В совместном израильско-российском издании «Еврейский антифашистский комитет. 1941—1948», выпущенном в 1996 году, говорится, что «с 1948 по 1952 г. были арестованы и преданы суду более ста ученых, писателей, поэтов, журналистов, артистов, государственных, партийных и хозяйственных работников». В то же время ряд дел по обвинению в антигосударственной деятельности и еврейском национализме были прекращены. Так, в августе 1950 года была арестована группа юношей и девушек, детей репрессированных евреев, основавших «Союз борьбы за дело революции», в который вошли 16 человек. Члены «Союза» предлагали убить Маленкова, которого считали главным антисемитом. Однако Абакумов счел, что арестованные способны «только на болтовню… Серьезных террористических намерений у них не было».
Как писал В. Кожинов,«18 ноября 1950 года за резкие «антисоветские высказывания был арестован врач Я.Г. Этингер. Допрашивавший его старший следователь по особо важным делам подполковник М.Д. Рюмин обвинил его в убийстве в 1945 году секретаря ЦК А.С. Щербакова, а также других высокопоставленных пациентов. Но Абакумов, к которому был затем доставлен Этингер, после допроса последнего заявил, что «ничего, совершенно ничего связанного с террором, здесь нет».
Однако вскоре Рюмин добился признания своей правоты, обратившись к Маленкову. Очевидно, что к этому времени, как это обычно бывает в коллективе, сотрудничество Маленкова, Берии и Абакумова после разгрома «ленинградской группы» сменилось соперничеством. Как указывал Судоплатов, весной 1951 года секретарь Маленкова Суханов принял в приемной ЦК Рюмина, которому помог составить письмо Сталину с обвинениями против своего шефа Абакумова. Последний обвинялся в том, что не дал ход делу по «заговору сионистов». Рюмин сообщал, что по вине Абакумова Этингер умер во время допроса в тюрьме. Возможно, против министра были выдвинуты и другие обвинения. Так, Судоплатов при встрече со Сталиным в конце февраля 1953 года, напоминал ему об ответственности Абакумова за внезапную отмену тщательно подготовленной диверсии против американских складов с горючим с Инсбруке, в Австрии.
В результате этой диверсии могла быть сорвана операция по снабжению Западного Берлина по «воздушному мосту» во время берлинского кризиса 1948—1949 годов. В конце июля 1951 года Абакумов был арестован, и некоторое время пост министра государственной безопасности оставался вакантным. Очевидно, что предложение об отставке и аресте Абакумова мог внести лишь влиятельный член Политбюро, каким был Маленков, и соответствующее решение было принято лишь с согласия Сталина.
Исполнявший обязанности министра госбезопасности Огольцов начал расследование «дела о заговоре Абакумова», в ходе которого были арестованы видные руководители МГБ. Среди них было немало лиц еврейской национальности. Был арестован, в частности, Майрановский, который возглавлял токсикологическую лабораторию МГБ, в которой готовились яды.
В 1951 году из архива Сталина было извлечено письмо Лидии Тимашук, заведующей кабинетом электрокардиографии кремлевской больницы. Еще 29 августа 1948 года, за 2 дня до смерти Жданова, она написала заявление, в котором утверждала, что Жданова лечили, игнорируя показания его кардиограммы о наличии инфаркта миокарда. В своем заявлении она указывала, что Егоров и Виноградов «предложили ей переделать заключение, не указывая на инфаркт миокарда». 30 августа министр госбезопасности Абакумов направил заявление Тимашук Сталину, а тот написал резолюцию «В архив». (По словам Судоплатова, «реакция Сталина» на письмо Тимашук «выразилось в презрительном «чепуха».)
В своем закрытом докладе Хрущев так изложил историю письма Тимашук: «На самом деле не было никакого «дела», кроме заявления женщины-врача Тимашук, на которую, по всей вероятности, кто-то повлиял или же просто приказал (кстати, она была неофициальным сотрудником органов государственной безопасности) написать Сталину письмо, в котором она заявляла, что врачи якобы применяли недозволенные методы. Для Сталина было достаточно такого письма, чтобы прийти к немедленному заключению, что в Советском Союзе имеются врачи-вредители. Он дал указание арестовать группу видных советских медицинских специалистов. Он лично посоветовал, как следует вести следствие и какие методы применять при допросах арестованных. Он сказал, что академика Виноградова следует заковать в кандалы, а другого избить».