О лживости этой версии свидетельствует хотя бы то, что письмо Тимашук, направленное Сталиным в архив, пролежало там почти три года. Следует также учесть, как подчеркивал Судоплатов, что «Тимашук никого не обвиняла в заговоре. В письме она лишь сигнализировала об имевших место недостатках и упущениях в обеспечении лечением руководителей партии и государства». Судоплатов считал, что «по этой причине текст письма так до сих пор и не опубликован, в нем излагаются, по существу, взаимные претензии лечебного персонала друг другу, как правило, склочного характера». Публикация текста доказала бы также несостоятельность постоянных утверждений о том, что Лидия Тимашук руководствовалась антисемитскими мотивами. Дело в том, что среди врачей, которых она обвиняла, не было ни одного еврея.
Заявление Тимашук попало в руки Власика, который, по его словам, «обеспечивал лечение членов правительства и отвечал за благонадежность профессуры… Была создана авторитетная комиссия из профессоров под председательством профессора Егорова П.И. После вскрытия тела т. Жданова комиссией было установлено, что лечение Жданова было правильным, а заявление медсестры Тимашук было ошибочно и совершенно безграмотно, о чем и было доложено на Политбюро». Однако этому заявлению Власика противоречат сведения о том, что при вскрытии тела Жданова были обнаружены следы инфарктов, не зарегистрированные в истории болезни. Видимо, по этой причине, пишет Власик, «все же через несколько дней мне было поручено Сталиным провести тщательную проверку всех профессоров, лечивших Жданова, и взять их под агентурную разработку, что мною и было выполнено. Никаких данных, порочащих профессоров, не было, о чем я и доложил Сталину. Но, несмотря на это, «дело врачей» было передано на дальнейшую разработку во Второе управление МГБ». Расследование по этому «делу» не продвигалось, но арест Этингера, его гибель в тюрьме, а затем арест Абакумова заставили органы госбезопасности вновь к нему вернуться.
Только в 1951 году письмо Л. Тимашук было извлечено из архива и использовано для доказательства версии о заговоре врачей с целью ликвидации ряда видных государственных деятелей страны. Вскоре были арестованы несколько ведущих врачей Лечсанупра Кремля (как евреев, так и неевреев). Такой поворот событий наносил удар по Н.И. Власику, утверждавшему, что обвинения Л. Тимашук в неверном лечении Жданова были необоснованными.
Эти события переплелись с давними интригами в сфере органов безопасности. Уже давно влиятельный глава правительственной охраны Н.И. Власик находился в конфронтации с Л. П. Берией. Судя по его рассказу, Власик приложил руку к дискредитации Берии в глазах Сталина. Власик вспоминал: «Должен сказать, что был период, когда Сталин, недовольный руководством Берии, лишил его своего доверия. Произошло это вскоре после войны. Сталин стал выражать недовольство в отношении руководства Берии в МГБ, приводил примеры провалов в агентурной работе и спрашивал меня, кто повинен в плохой работе органов государственной безопасности и как работали во время войны ставленники Берии Меркулов и Кобулов. Я сказал, что считаю, что агентурная работа была вообще заброшена, так как Меркулов и Кобулов выполняли задания Берии по другим министерствам, за которые он отвечал перед Комитетом Обороны. Также сказал все, что знал о недостатках в работе Меркулова и Кобулова. В результате этого разговора Берия был отстранен от руководства МГБ. Сталин тут же, при мне, позвонил Маленкову и распорядился освободить Берия от руководства М ГБ, оставив его на руководящей работе в М ВД. Меркулов и Кобулов в скором времени были также сняты с работы. Этот разговор со Сталиным происходил в присутствии только Поскребышева. Каким-то путем все стало известно Берии». Хотя не исключено, что Власик преувеличивает значение собственной персоны в гаком повороте событий, факты свидетельствуют о том, что с 1946 года курировать МГБ стал А.А. Кузнецов, а не Л.П. Берия.
В 1947 году Власик получил сведения о «бесхозяйственности и расхищении государственного имущества» на государственной даче Берии и об этом «доложил Сталину». Сталин дал распоряжение принять дачу на баланс Главного управления охраны. «Во время приема дачи на баланс» люди Власика обвинили начальника личной охраны Берии Саркисова в том, что тот продавал в Москве лимоны и мандарины, выращенные на южной госдаче, по спекулятивным ценам. Власик предложил привлечь Саркисова к уголовной ответственности, но за того вступился Берия.
В ответ работниками МВД (которое курировал Берия) был арестован комендант ближней дачи Федосеев. Власик рассказывал, что в ходе следствия, «которое вел Серов под руководством Берии… у Федосеева было взято показание на меня, что будто я хотел отравить Сталина. Сталин усомнился в этом и лично проверил это, вызвав Федосеева на допрос, где тот заявил, что это ложь, которую его заставили подписать побоями. Он пожаловался Сталину, что его избивали. После этого дело взяли из МВД от Берии и передали в МГБ лично Абакумову. Берия вместе с Серовым стал подбирать на меня материалы, не брезгуя ложными и клеветническими донесениями».
К этому времени отношение Сталина к Берии вновь изменилось в лучшую сторону. По словам Власика, «это произошло в 1950 году во время отдыха Сталина на юге. Берия приехал к нему с докладом о выполнении задания по Первому комитету при Совете министров и продемонстрировал фильм о законченных испытаниях отечественной атомной бомбы. Это явилось переломным моментом в отношении Сталина к Берии. После двухлетнего, довольно пренебрежительного отношения к Берии, которого он не скрывал, Сталин вновь вернул ему свое прежнее расположение. Тов. Сталин подчеркивал, что только участие Берии могло принести такие блестящие результаты».
Осознав, что Берия снова в фаворе, а над ним сгущаются тучи в связи с расследованием по письму Лидии Тимашук, Власик нанес контрудар по кругам, близким к Берии. «Во время последней поездки Сталина в Грузию в 1951 году, когда мы жили в Боржоми и Цхалтубо, ко мне поступили сведения от замминистра путей сообщения Грузии, сопровождавшего наш состав, о неблагополучном положении в Грузии, – писал Власик. – При поступлении в вузы требовалась взятка в размере 10 тысяч рублей, и вообще о процветании взяточничества в Грузии. Я доложил об этом Сталину. Он вызвал министра госбезопасности Грузии, который подтвердил, что такие факты действительно имели место и виновные были привлечены к ответственности. По возвращении в Москву было созвано Политбюро, на котором Сталин информировал членов правительства о положении в Грузии, в частности о взяточничестве. В результате расследования вышеизложенные факты подтвердились. Первый секретарь ЦК партии Грузии Чарквиани был снят с работы и другие виновные тоже понесли наказание». Как отмечает Судоплатов, Чарквиани сменил давний враг Берии Мгеладзе.
Начавшись как чисто уголовное дело в связи с фактами взяточничества в Грузинской ССР, расследование обросло обвинениями лиц мегрельской народности в заговорщических связях с зарубежными странами. Поскольку сам Л.П. Берия принадлежал к этой народности Грузии, расследование выявило связи между ним и арестованными. При этом Судоплатов, как и многие, утверждает, что «мегрельское дело» было задумано Сталиным, чтобы убрать Берию. Зачастую ссылаются на фразу, которую яко бы сказал Сталин о том, что в этом деле надо искать «главного мегрела». Однако этим версиям противоречит то обстоятельство, что самому Берии было поручено возглавить комиссию по расследованию «мегрельского национализма». 6 ноября 1951 года в разгар расследования Л. П. Берия, сделал доклад на торжественном собрании в Москве о 34-й годовщине Октябрьской революции, и наконец при жизни Сталина положение Берии осталось прочным. Из этого скорее всего следует, что усилия Власика поколебать положение Берии не увенчались успехом, но очевидно, если бы этим делом занялся лично Сталин, то не понадобилось бы много времени, чтобы «главный мегрел» был бы обнаружен и Берия оказался бы в опале. В то же время Берия знал о роли Власика в провоцировании расследований в Грузии. Власик писал: «Берия никогда не мог мне этого простить. Это еще больше восстановило его против меня, и он стал ждать удобного случая, чтобы скомпрометировать меня перед Сталиным».