Рекомендации полпреда К. Н. Никитина, которые он направил в Москву 26 июня, свидетельствовали о том, что полпредство в это время даже не помышляло о возможности установления в республике советских порядков, он предлагал лишь меры, укладывавшиеся в отношения СССР с дружественными зарубежными странами. В тот же день, 26 июня, первый секретарь полпредства Власюк, ссылаясь на указания Жданова, просил Москву выделить Всесоюзному обществу культурных связей с заграницей (ВОКСа) дополнительные средства «в 5000 крон в связи со значительным увеличением объема работы до конца года». Совершенно очевидно, что еще 26 июня Жданов, как и работники советских дипломатических учреждений в Таллине, исходил из того, что Эстония надолго останется «заграницей» со своей-«иностранной валютой».
Однако в считанные дни позиция советского руководства изменилась радикально. 30 июня Молотов стал убеждать премьер-министра Литвы Креве-Мицкевичуса в том, что для Литвы было бы лучше, если бы та вступила в Советский Союз.
Почему же это произошло? Не исключено, что в значительной степени такая перемена могла произойти под влиянием реакции Германии на действия СССР в Бессарабии и Северной Буковине. 23 июня 1940 года Молотов вызвал Шуленбурга и сообщил, что «решение бессарабского вопроса не требует отлагательства». Хотя в секретном протоколе от 23 августа 1939 года Германия объявляла о своей незаинтересованности в Бессарабии, заявление Молотова, по словам У. Ширера, вызвало «тревогу в вермахте, которая распространилась на Генеральный штаб». Возникли опасения, что Советский Союз намерен завладеть Румынией, от нефти которой зависела судьба всех военных операций Германии.
Когда король Румынии Кароль II обратился к Гитлеру за помощью, тот порекомендовал ему принять советские требования. Однако, по словам Риббентропа, фюрер был «ошеломлен», узнав, что СССР потребовал от Румынии помимо Бессарабии эвакуации также Буковины, населенной украинцами. С точки зрения Гитлера, эта земля была населена «преимущественно немцами» и являлась «исконной землей австрийской короны». Как утверждал Риббентроп, Гитлер «воспринял этот шаг Сталина как признак русского натиска на Запад». 24 июня 1940 года Гитлер в узком кругу заявил о намерении захватить Украину, хотя тут же оговорился, что это вопрос не будет решаться в ближайшие недели. Вероятно, советское правительство узнало о такой реакции Гитлера и решило форсировать укрепление своих позиций на всем протяжении будущего советско-германского фронта, в том числе и в Прибалтике.
Кроме того, в Москве сообщения Жданова, Вышинского и Деканозова об обстановке в Прибалтике могли быть истолкованы Сталиным и другими членами Политбюро как свидетельства классической революционной ситуации: массовые демонстрации рабочих и митинги перед президентскими дворцами, на которых их участники требовали установления рабочего контроля над производством, смены общественного строя, восстановления Советской власти; формирование рабочих дружин; освобождение из тюрем политзаключенных; активная деятельность коммунистов, вышедших из подполья и тюрем. Налицо были и другие классические признаки революционного кризиса: растерянность верхов, популярность новых правительств, обещавших социальные реформы и дружбу с СССР, готовность коммунистов прибалтийских стран взять инициативу в свои руки.
Видимо, сочетание всех этих факторов заставило Сталина резко изменить позицию и перейти к политике советизации Прибалтики. В этой обстановке проходила подготовка к выборам в парламенты трех республик: в избирательных комиссиях преобладали коммунисты и сочувствовавшие им, потому что многие другие кандидаты отводились под тем предлогом, что они запятнали себя сотрудничеством с прежними режимами.
В конце 1980-х годов выборы, проведенные 14—15 июля 1940 года верховные органы власти трех республик, стали предметом дотошных разбирательств. Разумеется, предъявлять к выборам, проходившим в 1940 году, требования конца XX века, без учета реальной обстановки полувековой давности было бы нелепо. Реальность же была такова. С одной стороны, население трех стран освободилось от постоянного террора полиции и военизированных организаций (айзсарги, шаулисы, кайцилиты). После многих лет можно было проводить свободно митинги, собрания, демонстрации. От участия в выборах были отстранены коррумпированные политиканы, державшиеся у власти с помощью подкупа и репрессий. Это резко контрастировало с теми порядками, которые были установлены в странах, оккупированных германскими армиями.
С другой стороны, определенная часть населения этих республик негативно относилась к внешнеполитической переориентации на СССР и к начавшимся преобразованиям. Вероятно, при наличии более развитых институтов политической жизни и в мирной международной обстановке эти люди активнее выступили бы против монопольного положения союзов трудового народа, представивших единые списки своих кандидатов на выборы в Эстонии, Латвии и Литве.
Победа союзов трудового народа на выборах 14—15 июля была абсолютной. (В Эстонии кандидаты союза получили 92,8% голосов, в Латвии – более 97%, в Литве – свыше 99%.) Теперь трудно сказать, в какой степени эти итоги безальтернативных выборов отражали настроения населения и насколько данные об итогах были безупречными. Однако никаких серьезных доказательств фальсификации выборов никто привести не сумел. Не было приведено никаких свидетельств того, что Красная Армия вмешивалась в проведение выборов (хотя присутствие советских войск не могло не оказывать психологического воздействия на избирателей). В то же время нет сомнения в том, что верховные органы Эстонии, Латвии и Литвы, провозгласившие советскую власть и обратившиеся в июле 1940 года с просьбой принять эти страны в СССР, были избраны в ходе массового голосования. В этом их существенное отличие от тех органов власти, которые провозгласили отделение Литвы, Латвии и Эстонии от России в 1918 году.
3,5 и 6 августа 1940 года Верховный Совет СССР принял решения о принятии трех новых республик в Союз. Ясно, что СССР закрепился в Прибалтике благодаря тому, что Германия, подписав секретные протоколы, обязалась не защищать режимы Пятса, Ульманиса и Сметоны, но также ясно, что вступление этих стран в Советский Союз было следствием многих событий, в том числе и волеизъявления сотен тысяч эстонцев, латышей и литовцев в ходе общенациональных выборов.
2 августа 1940 года в состав СССР была также принята Молдавская ССР. Конечно же жизнь новых граждан СССР изменилась кардинально.
Характеризуя отношение большинства населения Западной Украины и Западной Белоруссии к происшедшим переменам, даже Ян Гросс, называвший «воссоединение» украинского и белорусского народов «оккупацией», признавал: «Странным образом оккупация создала раздвоенную реальность. Появилось больше школ, больше возможностей для высшего образования и профессиональной подготовки, обучения на родном языке, поощрения физического и художественного развития. Казалось, что многие препятствия, обычно мешавшие движению наверх, были удалены. Наблюдалось резкое увеличение занятости, на фабриках и в учреждениях требовалось в два раза больше рабочих и административных служащих, чем до войны… Если вы хотели стать медицинской сестрой, инженером или врачом, можно было с уверенностью ожидать осуществления этой цели в будущем». По словам Гросса, в этих областях было немало людей, для которых «поражение Польши не было причиной для траура, а скорее захватывающим началом, возможностью, о которой нельзя было и мечтать».
В то же время советские порядки принесли для значительной части населения и ряд малоприятных изменений. Рабочие жаловались на более строгую производственную дисциплину. Рост заработной платы в Прибалтике сопровождался ростом цен. Ряд товаров исчез из продажи. В Западной Украине, Западной Белоруссии, бессарабской части вновь созданной Молдавской ССР стала проводиться коллективизация. Развернулось и наступление на католическую церковь. Эти действия подтолкнули на сопротивление ту часть населения, которая на первых порах вынужденно смирилась с присоединением к СССР, а поэтому вместе с новыми обретениями страна обрела и новые проблемы. В новых областях, входивших в 1918—1939 годы в антисоветский «санитарный кордон», имелись влиятельные силы, давно ориентировавшиеся на Германию или другие страны Запада. Они стали политической базой для растущего сопротивления Советской власти и создания «пятых колонн», которые во время Великой Отечественной войны активно сотрудничали с германскими оккупантами, входили в состав местных дивизий «СС», а после войны вели подпольную борьбу против Советской власти.