Особенно тревожные вести поступали из Белоруссии. 25 июня секретарь Брестского обкома партии М.Н. Тупицин докладывал И.В. Сталину о том, что «руководство 4 Армии оказалось неподготовленным организовать и Руководить военными действиями… Ни одна часть и соединение не были готовы принять боя, поэтому вынуждены были или в беспорядке отступать или погибнуть… Можно было бы привести много примеров, подтверждающих, что командование 4 Армии, несмотря на то, что оно находилось в пограничной области, не подготовилось к военным действиям. Вследствие такого состояния с первых же дней военных действий в частях 4 Армии началась паника. Застигнутые внезапным нападением, командиры растерялись. Можно было наблюдать такую картину, когда тысячи командиров (начиная от майоров и полковников и кончая мл. командирами) и бойцов обращались в бегство. Опасно, что эта паника и дезертирство не прекращаются до последнего времени, а военное руководство не принимает решительных мер».
Сталину докладывали о растерянности и панике, охвативших многих командиров и бойцов Красной Армии, а также политических руководителей в прифронтовых областях в первые дни войны. В. И. Анисимов из Пинска сообщал, что в этом городе военные «в панике подорвали артсклады и нефтебазы и объявили, что подорвали их бомбами… В городе полно командиров из Бреста, Кобрина, не знающих, что им делать, беспрерывно продвигающихся на машинах на восток без всякой команды, так как никакого старшего войскового командира, который мог бы комбинировать действия войск, нет».
Из Гомеля, находившегося сравнительно далеко от линии фронта в конце июня, Сталину пришло сообщение от секретаря Гомельского обкома Ф.В. Жиженкова: «Деморализующее поведение очень значительного числа командного состава: уход с фронта командиров под предлогом сопровождения эвакуированных семейств, групповое бегство из части разлагающе действует на население и сеет панику в тылу». Члены штаба обороны города Ельня Смоленской области в конце июня в письме Политбюро докладывали, что размещенное поблизости войсковое авиасоединение охвачено паникой. «Убедительно просим Политбюро ЦК ВКП(б) и лично Иосифа Виссарионовича СТАЛИНА ударить по паникерам и всем, кто способствует порождению паники, приняв необходимые меры в отношении местных партийных и советских органов, в частности по Смоленской области, ибо если дальше каждый командир или руководящий советский партийный работник начнут заниматься эвакуацией своей семьи, защищать Родину будет некому».
Приходили вести йотом, что немцы уже развертывают операции далеко за советско-германской границей. 23 июня руководители Латвии В.Т. Лацис и Я.Э. Калнберзин сообщали Сталину из Риги, что «на территории Латвии были неоднократно сброшены мелкие десантные группы противника. Имеются случаи вооруженных бандитских выступлений».
Успехам немцев способствовала и «пятая колонна», сохранившаяся в приграничных республиках страны, несмотря на предвоенные репрессии против «неблагонадежных элементов». Созданный в октябре 1940 года и имевший постоянный контакт с Германией подпольный Литовский фронт активистов (ЛФА) к лету 1941 года насчитывал 36 тысяч человек. 22 июня члены ЛФА захватили радиостанцию Каунаса и провозгласили создание временного правительства Литвы во главе с Ю. Амбазевичусом. 25 июня немецкие войска вошли в Каунас практически без боя. 28 июня латвийская подпольная группа временно завладела радиостанцией в Риге. Ряд бывших военных подразделений Латвии в полном составе перешли на сторону немцев. К моменту вступления немцев в Ригу там было создано два центра, претендовавших на роль правительства Латвии. В Эстонии в тылу у советских войск действовало несколько тысяч боевиков, наносивших удары по Красной Армии. В июле они захватили город Тарту. Тепло встречали оккупантов в ряде сел Западной Украины, а также в населенных пунктах Северной Буковины и Правобережной Украины, где преобладало немецкое население. 30 июня во Львове после его оккупации немцами было создано «правительство Украины» во главе со Степаном Бандерой.
А вот что писал о боях, проходивших 22 июня – 3 июля, немецкий историк генерал Курт фон Типпельскирх: «До 3 июля на всем фронте продолжались упорные бои. Русские отходили на восток очень медленно и часто только после ожесточенных контратак против вырвавшихся вперед немецких танков». Пауль Карелл в своей книге «Гитлер идет на восток» дает высокую оценку мужеству советских солдат, сражавшихся в Белоруссии в конце июня 1941 года: «Русские сражались фанатично, и их вели решительные командиры и комиссары, которые не поддались панике, возникшей во время первых поражений». И все же продвижение немецких войск в глубь страны продолжалось.
С одной стороны, Сталин осознавал, что отступление Красной Армии неизбежно приведет к оккупации немцами значительной территории страны. Об этом свидетельствовало принятое 24 июня на совещании у Сталина решение о создании Совета по эвакуации во главе с Л. М. Кагановичем «для руководства эвакуацией населения, учреждений, военных и иных грузов, оборудования предприятий и других ценностей». Через три дня было принято постановление о порядке вывоза и размещения людских контингентов и ценного имущества, а также постановление о «вывозе из Москвы государственных запасов драгоценных металлов, драгоценных камней, Алмазного фонда СССР и ценностей Оружейной палаты Кремля».
С другой стороны, все очевиднее становилось, что отступление советских войск в ряде мест превратилось в беспорядочное бегство, а поэтому требовались срочные меры для того, чтобы восстановить контроль над действующей армией. 26 июня И.В. Сталин позвонил Г.К Жукову в Тернополь и сказал: «На Западном фронте сложилась тяжелая обстановка. Противник подошел к Минску. Непонятно, что происходит с Павловым. Маршал Кулик неизвестно где. Маршал Шапошников заболел. Можете вы немедленно вылететь в Москву?»
По словам Жукова, Ватутин и Тимошенко были «бледными, осунувшимися, с покрасневшими от бессонницы глазами. Сталин был не в лучшем состоянии». «Поздоровавшись кивком, И.В. Сталин сказал: «Подумайте вместе и скажите, что можно сделать в сложившейся обстановке?» – и бросил на стол карту Западного фронта. «Нам нужно минут сорок, чтобы разобраться», – сказал я. – «Хорошо, через сорок минут доложите». После разбора ситуации трое приняли решение создать новый рубеж обороны к востоку от Минска на рубеже Западная Двина – Полоцк – Витебск – Орша – Могилев – Мозырь и начать подготовку для создания тылового рубежа по линии Селижарово – Смоленск – Рославль – Гомель. Все эти предложения И.В. Сталиным были утверждены и тотчас же оформлены соответствующими распоряжениями».
Хотя Д. Волкогонов писал о том, что «с 28 по 30 июня Сталин был так подавлен и потрясен, что не мог проявить себя как серьезный руководитель», судя по записям в книге посетителей его кабинета, 27 июня он непрерывно совещался с 16.30 до 2.35 ночи 28 июня и с 19.35 28 июня до 0.50 29 июня. 29 июня Сталин был занят подготовкой ряда важнейших документов, в том числе «Директивы Совнаркома СССР и ЦК ВКП(б) партийным и советским организациям прифронтовых областей». Проект этой директивы был подготовлен А.С. Щербаковым, В. М. Молотовыми А.И. Микояном. Но после сталинской редакции «Директива» стала более жесткой и требовательной: «Вероломное нападение фашистской Германии на Советский Союз продолжается. Целью этого нападения является уничтожение советского строя, захват советских земель, порабощение народов Советского Союза, ограбление нашей страны, захват нашего хлеба, нефти, восстановление власти помещиков и капиталистов». В конце «Директивы» говорилось: «В навязанной нам войне с фашистской Германией решается вопрос о жизни и смерти Советского государства, о том – быть народам Советского Союза свободными или впасть в порабощение».
В «Директиве» давалась оценка отношения советских людей к германскому нападению и осуждалось непонимание возникшей серьезной угрозы для страны. Сталин вычеркнул из первоначального варианта «Директивы» призыв к «мобилизации всех сил для… организации победы» и существенно ужесточил содержание, указав на то, что «некоторые партийные, советские, профсоюзные и комсомольские организации и их руководители все еще не понимают смысла этой угрозы, живут благодушно-мирными настроениями и не понимают, что война резко изменила положение, что наша Родина оказалась в величайшей опасности и что мы должны быстро и решительно перестроить всю свою работу на военный лад». «Директива» содержала призыв «отстаивать каждую пядь советской земли, драться до последней капли крови за наши города и села, проявлять смелость, инициативу и сметку, свойственные нашему народу».