В первые же дни войны произошли изменения в руководстве вооруженных сил на всех уровнях, что является обычным для истории явлением в тех случаях, когда армия терпит поражения. 10 июля было принято решение поставить над командующими фронтами три главных командования: Северо-Западное – во главе с К.Е. Ворошиловым (член Военного совета А.А. Жданов), Западное – во главе с С.К. Тимошенко (член Военного совета Н.А. Булганин), Юго-Западное-во главе с С. М. Буденным (член Военного совета Н.С. Хрущев). Однако уже 19 июля С.К. Тимошенко был отстранен от руководства Западным направлением и назначен заместителем наркома обороны. В начале июля с поста командующего Северо-Западным фронтом был снят Ф.И. Кузнецов, а на его место назначен генерал-майор П. П. Собенников. Но в августе последний был также снят с этого поста. Сменилось и все руководство Западного фронта, который возглавил с 19 июля генерал-лейтенант А. И. Еременко. В отношении бывших руководителей Западного фронта были приняты жестокие меры. Вместе с командующим 4-й армией А.А. Коробковым были арестованы командующий Западным фронтом Д. Г. Павлов, начальник штаба В.Е. Климовских, начальник связи Западного фронта А.Т. Григорьев. Их огульно обвинили в трусости, бездействии, нераспорядительности, в сознательном развале управления войсками и сдаче оружия противнику без боя. 22 июля все они были расстреляны.
В документах первых месяцев войны, подписанных Сталиным, чувствуется его возмущение непрекращавшимся отступлением войск. Он требовал держать оборону на занятых рубежах, часто сбиваясь при этом на угрозы и не всегда обоснованные обвинения. Это особенно проявлялось в позиции, занятой Сталиным по отношению к предложениям оставить Киев. В телеграмме от 11 июля 1941 года Хрущеву Сталин писал: «Получены достоверные сведения, что вы все, от командующего Юго-Западным фронтом до членов Военного Совета, настроены панически, и намерен произвести отвод войск на левый берег Днепра. Предупреждаю вас, что если вы сделаете хоть один шаг в сторону отвода войск на левый берег Днепра, не будете до последней возможности защищать районы УРов на правом берегу Днепра, вас всех постигнет жестокая кара как трусов и дезертиров». (На следующий день Хрущев и командующий Юго-Западным фронтом М.П. Кирпонос послали Сталину ответ, в котором отрицали эти обвинения.)
Очевидно, что Сталину претила мысль уйти из Правобережной Украины, оставить колыбель православной Руси. Однако самой главной тогда задачей он считал сохранение оборонного потенциала страны. В беседе с личным представителем президента США Гарри Гопкинсом, состоявшейся 30 июля, Сталин заявил, что около 70% всех военных заводов находится в районах, центрами которых являются Ленинград, Москва и Киев. Из чего Г. Гопкинс «вынес впечатление, что, если бы немецкая армия могла продвинуться примерно на 150 миль к востоку от этих центров, она уничтожила бы почти 75% промышленного потенциала России». Сталин надеялся на то, что «в зимние месяцы фронт будет проходить под Москвой, Киевом и Ленинградом». Кроме того, он рассчитывал, что «немцам будет трудно предпринимать наступательные действия после 1 сентября, когда начнутся сильные дожди, а после 1 октября дороги будут настолько плохи, что им придется перейти к обороне». А поскольку Киев был одной из трех важнейших точек этой линии, Сталин настаивал на том, что город надо отстоять любой ценой. Поэтому 29 июля предложение начальника Генштаба Жукова сдать Киев возмутило его до глубины души. Жуков считал необходимым сосредоточить все силы для контрудара по ельнинскому плацдарму противника, угрожающему Москве. «Какие там еще контрудары, что за чепуха? – вспылил И.В. Сталин. – Как вы могли додуматься сдать врагу Киев?» Жуков вспоминал: «Я не мог сдержаться и ответил: «Если вы считаете, что начальник Генерального штаба способен только чепуху молоть, тогда ему здесь делать нечего. Я прошу освободить меня от обязанностей начальника Генерального штаба и послать на фронт. Там я, видимо, принесу больше пользы Родине». «Вы не горячитесь, – сказал И.В. Сталин. – А впрочем, если так ставите вопрос, мы без вас можем обойтись…»
Через некоторое время, вспоминал Жуков, разговор о сдаче Киева возобновился. «Вот что, – сказал И.В. Сталин, – мы посоветовались и решили освободить вас от обязанностей начальника Генерального штаба. Начальником Генштаба назначим Б М. Шапошникова. Правда, у него со здоровьем не все в порядке, но ничего, мы ему поможем». – «Куда прикажете мне отправиться?» – «А куда бы вы хотели?» – «Могу выполнять любую работу. Могу командовать дивизией, корпусом, армией, фронтом». – «Не горячитесь, не горячитесь! Вы вот говорили об организации контрудара под Ельней. Ну и возьмитесь за это дело. Мы назначим вас командующим Резервным фронтом. Когда вы можете выехать?» – «Через час». «В Генштаб прибудет Б. М. Шапошников, сдайте ему дела и выезжайте. Имейте в виду, вы остаетесь членом Ставки Верховного Главнокомандования, – заключил Сталин. «Разрешите отбыть?» – «Садитесь и выпейте с нами чаю, – уже улыбаясь, сказал И.В. Сталин, – мы еще кое о чем поговорим». Сели за стол и стали пить чай, но разговор так и не получился».
8 августа в разговоре по телетайпу с командующим Юго-Западным фронтом Кирпоносом Сталин заявил: «До нас дошли сведения, что фронт решил с легким сердцем сдать Киев врагу якобы ввиду недостатка частей, способных отстоять Киев Верно ли это?» Кирпонос вновь отверг это обвинение. «Можете ли уверенно сказать, ЧТОБЫ приняли все меры для безусловного восстановления положения южной полосы УРа? – спросил Сталин. – Комитет обороны и Ставка очень просят вас принять все возможные и невозможные меры для зашиты Киева. Недели через две будет легче, так как у нас будет возможность помочь вам свежими силами, а в течение двух недель вам нужно во что бы то ни стало отстоять Киев». В ответ Кирпонос заверил Сталина, что он будет делать все возможное для того, чтобы «Киев врагу не отдать».
В середине августа немцы, столкнувшись с упорным сопротивлением на пути к Москве, стали готовить наступление с севера из захваченной ими Белоруссии против войск Юго-Западного фронта. Чтобы предотвратить окружение и нанести контрудар по противнику, был создан Брянский фронт, командующим которого стал генерал-лейтенант А.И. Еременко. Напутствуя его, Сталин сказал: «Завтра же выезжайте на место и немедленно организуйте фронт. На брянском направлении действует танковая группа Гудериана, там будут происходить тяжелые бои. Встретите там механизированные войска вашего «старого приятеля» Гудериана, повадки которого должны быть вам знакомы по Западному фронту». По воспоминаниям A.M. Василевского, «выслушав Сталина, вновь назначенный командующий Брянским фронтом очень уверенно заявил, что «в ближайшие же дни, безусловно» разгромит Гудериана. Эта твердость импонировала Верховному. «Вот тот человек, который нам нужен в этих сложных условиях», – бросил он вслед выходившему из его кабинета Еременко».
Жуков же считал, что создаваемый в спешке Брянский фронт будет слабым в боевом отношении, поэтому в конце августа он связался со Сталиным по ВЧ и вновь предупредил «о необходимости быстрейшего отвода всех войск правого крыла Юго-Западного фронта за реку Днепр». Однако, вспоминал маршал, «из моей рекомендации ничего не получилось. И.В. Сталин сказал, что он только что вновь советовался с Н.С. Хрущевым и М.П. Кирпоносом и те якобы убедили его в том, что Киев пока ни при каких обстоятельствах оставлять не следует. Он и сам убежден, что противник, если и не будет разбит Брянским фронтом, то во всяком случае будет задержан».
Как отмечал Василевский, «командующий Брянским фронтом явно поторопился со своими заверениями» Сталину. 24 августа Сталин запросил Еременко, не передать ли его фронту новые силы и технику за счет переформирования двух армий, если он обещает «разбить подлеца Гудериана». Еременко благодарил Сталина за помощь и заверил: «А насчет этого подлеца Гудериана, безусловно, постараемся разбить, задачу, поставленную Вами, выполнить, то есть разбить его».
Комментируя эти события, A.M. Василевский писал, что в те дни «быстро принимались столь важные решения. Одни фронты расформировывались, другие создавались. Одни армии переставали существовать, другие возникали. Должен сказать, что одной из особенностей войны является то, что она требует скорых решений. Но в непрестанно меняющемся ходе боевых действий, разумеется, принимались не только правильные, но и не совсем удачные решения. У войны свой стиль и свой ритм руководства войсками. Так вот и в данном случае организационные решения преследовали цель усилить Брянский фронт. Сталин все еще надеялся, что Еременко выполнит свое обещание… В ночь на 30 августа в адрес Еременко была направлена директива, которая обязывала войска Брянского фронта перейти в наступление, уничтожить группу Гудериана… Но попытки фронта выполнить эту директиву оказались безуспешными».