Он взял карту и прочертил линию границы, почти совпадающую с нашим предложением. Только в одном месте сделав на зеленом массиве карты небольшой выгиб к северу и сказал: «Пусть этот район отойдет к Украине». Хрущев выразил свое согласие. Я был особенно доволен таким решением вопроса.
После этого Сталин пригласил Хрущева и меня к себе обедать. По лицу, по настроению Никиты Сергеевича чувствовалось, что он остался недоволен таким исходом и эту историю надолго запомнит. Я не ошибся.
Новый острый конфликт между Пономаренко и Хрущевым возник в 1942 году. К этому времени во всех советских республиках, захваченных врагами, развернулось партизанское движение. Особенно большой размах оно приняло в Белоруссии. До половины территории республика оставалась партизанским краем, где фактически сохранялась советская власть. Поэтому, когда встал вопрос о создании единого центра по руководству партизанским движением на оккупированных территориях, к разработке этого вопроса были привлечены руководители этой республики во главе с первым секретарем ЦК КП(б) Белоруссии П.К. Пономаренко.
Как вспоминал Пономаренко в своей беседе с академиком РАН Г.А. Куманевым, «в декабре 1941 года и в первой половине 1942 года работа по созданию Центрального и республиканских штабов развернулась полным ходом. Но вдруг 26 января Маленков сообщил мне, что ГКО решил приостановить все подготовительные мероприятия». Судя по последовавшим событиям, принятие важного решения было отложено из-за сложных маневров, предпринятых Хрущевым для того, чтобы установить свой контроль над партизанским движением всей страны. Союзником Хрущева на заседании ГКО выступил Берия.
Пономаренко вспоминал, что «в двадцатых числах мая 1942 года» он «был снова вызван в Москву по тому же вопросу». Тогда П.К. Пономаренко познакомился с наркомом внутренних дел Украины В Т. Сергиенко, который ему представился как будущий начальник Центрального штаба партизанского движения (ЦШПД). В своей беседе с писателем Аркадием Первенцевым, опубликованной в журнале «За семью печатями» в 2006 году, П.К. Пономаренко заметил, что перед заседанием ГКО, на котором должен был решаться вопрос о ЦШПД, «был представлен проект, подготовленный Маленковым, Берией, Хрущевым и Булганиным». 30 мая 1942 года состоялось заседание ГКО, на котором с докладом о ЦШПД выступил Л.П. Берия: Он заявил, что Сергиенко «очень хорошо проявил себя в должности наркома внутренних дел Украины». Очевидно, что этот человек устраивал и Хрущева, так как он оставался на посту украинского наркома, и Берию, так как он был подчинен ему по линии НКВД.
Но неожиданно хорошо подготовленный план натолкнулся на сопротивление Сталина. «А вам не жаль отдавать в Центр такие хорошие украинские кадры?» — спросил не без иронии Сталин, обращаясь к Хрущеву и Берии. Вслед за этим, уже более резким тоном он сказал, смотря только на Берию: «У Вас — узко ведомственный подход к этой чрезвычайно важной проблеме. Партизанское движение, партизанская борьба — это народное движение, народная борьба. И руководить этим движением, этой борьбой должна и будет партия. Сейчас то, что требуется, мы и исправим. И начальником Центрального штаба партизанского движения будет член ДК ВКП(б)», «С этими словами, — рассказывал Пономаренко со слов Микояна, присутствовавшего на этом заседании ГКО, — Сталин взял синий карандаш, обвел стоявшую последнею в представленном списке мою фамилию и стрелочкой поставил на первое место».
По словам Пономаренко, «Хрущев и Берия, особенно Хрущев, были недовольны таким решением и моим назначением, сосчитав это «поражением Украины и НКВД»… Хрущев… расценил это как «унижение Украины или «белорусский подкоп» под нее и даже санкционировал тогда некоторые сумасбродные и рискованные противодействия». С одобрения Хрущева «одним из руководителей партизанского движения на Украине Алексеем Федоровым была подготовлена, растиражирована и разбросана в ряде оккупированных районов листовка, в которой говорилось примерно следующее: «Я, батька всей Украины Алексей Федоров, провозглашаю себя главнокомандующим всеми партизанскими силами, требую, чтобы мне подчинялись, и мои приказы беспрекословно выполняли все партизанские соединения и отряды»… и т. д., и т. п.»
Подобное послание могло бы появиться во времена Гражданской войны от лица руководителя анархистских или «зеленых» формирований, и Пономаренко сначала решил, что эта листовка является фашистской фальшивкой. Очевидно, что Хрущев и его союзники, прикрываясь спецификой партизанской войны, пытались взять реванш за провал своих попыток установить контроль над партизанским движением всей страны. Правда, как вспоминал Пономаренко, история с листовкой Федорова была замята, а иначе «не сносить «дорогому Никите Сергеевичу» головы, не говоря уже о Федорове».