Вероятно, что отказ Сталина поддержать предложение Берии и Хрущева не в последнюю очередь был связан с тем, что в это время еще не остыли страсти после поражения советских войск в ходе Харьковской операции, инициатором которой был и Н.С. Хрущев.
А вскоре возник еще один конфликт с Хрущевым. Беседуя с А. Первенцевым, П.К. Пономаренко вспоминал: «В 1942 году меня пригласили к Сталину, у которого я застал вызванных на совещание украинцев: Корнейчука, Сосюру, Бажана, Рыльского, Тычину, Довженко. Обсуждался кинорежиссер и сценарист Александр Довженко, который ошибался, считая, что теперь во время войны, следует обращаться к народу не от имени ЦК, а от имени тех или иных деятелей культуры, интеллигенции, которых, мол, люди знают и ценят, а они-то должны поднимать народный дух. Сталин считал это неверным».
«Иосиф Виссарионович, обращаясь к Довженко, сказал: «Не заглядывайте в рот Хрущеву. Он плохо занимается идеологической работой на Украине, и эту работу провалил. Он считает, что национализм можно изжить репрессиями. Это неверно. Репрессии против националистов только расширяют и укрепляют национализм, создавая им ореол борцов и мучеников. Нужно проводить линию по изживанию пороков другими путями: убеждением, практикой работы, уважением к национальным традициям, привлечением национального в общий интернациональный фонд — только тогда можно изжить вредные националистические настроения буржуазно-реставрационного характера. Хрущев этого не понимает».
Довженко признал ошибки, извинился, что отрывает Сталина от более важных дел, и обещал исправиться. Сталин деликатно отнесся к Довженко. Подойдя ко мне, спросил: «Найдем другого на место Хрущева?» — и взял меня за плечо. Я ответил: «Товарищ Сталин, партия большая, на любое место можно найти человека». Хрущеву об этом, конечно, сообщили».
В это время положение Хрущева, пошатнувшееся после Харьковской катастрофы, еще более ухудшилось в ходе боев под Сталинградом. Сталин был недоволен действиями Сталинградского фронта, в состав Военного совета которого входил Н.С. Хрущев. Прибывшая в район Сталинграда правительственная комиссия, в состав которой входил Г. К. Жуков, пришла к выводу, что командование фронта в лице Еременко и Хрущева не справилось с задачей, допустив прорыв немцев к Волге. Член комиссии будущий Главный маршал авиации А.Е. Голованов рассказывал, что Жуков поручил ему доложить Сталину, что следует сменить руководство фронта. Как говорил Голованов, «Сталин… понимал, что к Сталинграду приковано внимание всего мира, что смещение командования фронта в такой момент будет выглядеть как признание поражения. Сталин сделал такой ход. Он фактически снял Еременко и Хрущева, переименовал Сталинградский фронт в Донской и назначил туда Рокоссовского. А Юго-Восточный фронт, неизмеримо менее важный стратегически, переименовали в Сталинградский и переместили туда Еременко и Хрущева. Вроде понижения нет, а суть совсем иная».
О том, что зги события отразились и на положении Хрущева как руководителе Украины, свидетельствуют его собственные воспоминания. Хрущев вспоминал, что «в дни Сталинграда» Сталин «сказал мне, что я не украинец, и поэтому ее делами займется Корниец, который тогда являлся председателем Совета народных комиссаров УССР». Не исключено, что вслед за этим могла последовать отставка Хрущева с поста первого секретаря ЦК КП(б) Украины. Есть сведения, что Сталин собирался рекомендовать на пост первого секретаря ЦК Компартии Украины П.К. Пономаренко.
Поэтому замечания Сталина о Хрущеве в ходе дискуссии о состоянии культуры Украины в присутствии Пономаренко вряд ли можно было считать случайными. Однако, как говорил Пономаренко Первенцеву, «Маленков, Берия, Булганин сказали Сталину, что сейчас не время снимать Хрущева, идет война, сделать это нужно после войны. Сталин согласился, но неприязнь Никиты ко мне окрепла еще больше». Росли разногласия между Пономаренко и другими членами Политбюро, которые поддерживали Хрущева в этих спорах.
Война еще не кончилась, а у Пономаренко возник новый конфликт с руководителями страны. Пантелеймон Кондратьевич вспоминал: «В августе 1944 года, примерно через месяц после освобождения Минска от немецко-фашистских захватчиков, позвонил Г.М. Маленков и сообщил мне, что имеется указание об образовании Полоцкой области с центром в г. Полоцке и что секретариат ЦК составил по этому поводу проект решения, который он хочет согласовать с ЦК КП(б) Белоруссии. Я ответил, что Центральный Комитет Компартии Белоруссии, как думается, не будет возражать и поддержит предложение об образовании Полоцкой области.