Напротив, можно предположить, что существовавшие в Советской стране различные институты, которые открывали возможности для критики начальства, защиты интересов рядовых граждан от произвола вышестоящих властей, были бы или ограничены в нравах или ликвидированы. Было также очевидно, что в партийных институтах, которые обеспечивали возможность контроля над правоохранительными органами, Берия видел серьезное препятствие и стремился их ликвидировать. Сталинская система управления, в которой партия являлась главным инструментом, а остальные организации и учреждения — ее «приводными ремнями», не устраивала Берию. Ему требовалась система управления, в которой господствовали любимые им методы воздействия на людей — от угроз «переломать ноги и руки» до настоящих пыток и истязаний.
Быстро освобождаясь от уголовников и лагерей, в которых сидели уголовники, Берия постарался сохранить в неприкосновенности лагеря для политических заключенных. В служебной записке, направленной в правительство, Берия приказным тоном писал: «В составе МВД СССР остаются особые лагеря для содержания особо опасных государственных преступников и для осужденных военных преступников из числа бывших военнопленных». Не исключено, что в случае переворота, в результате которого власть перешла бы к руководству МВД а партииные органы оказались фактически или даже формально безвластными, Берия использовал бы в «особых лагерях МВД» места, освободившиеся после амнистии, для работников КПСС различного уровня.
Незадолго до своего ареста Берия внес на рассмотрение Президиума ЦК КПСС предложение о правах особых совещаний, созданных еще 5 ноября 1934 года. Не исключено, что Берия стремился укрепить положение особых совещаний МВД перед тем, как им пришлось бы много работать по разбору дел тех людей, кого стали бы направлять в лагеря для политических заключенных.
Нет сомнения в том, что разгром КПСС под лозунгами борьбы против беззаконий, совершавшихся якобы по приказу Сталина, потряс бы страну до основания. Слишком свежа была в сознании людей память о всенародном горе, вызванном смертью Сталина. Советские люди не могли забыть состоявшийся полгода назад XIX съезд КПСС, в котором участвовал Сталин, а также клятвы руководителей страны у гроба Сталина быть верными делу Ленина — Сталина и КПСС. Не исключено, что для того, чтобы сосредоточить все усилия на подавлении недовольства в обществе, Берии пришлось бы пойти на ряд уступок тем внутренним и внешним силам, которые могли воспользоваться дестабилизацией общества для нанесения по СССР мощных ударов. Многие руководители страны полагали, что Берия вольно или невольно вел дело к развалу Союза ССР. Н.С. Хрущев считал, что «предложения Берия были направлены на то, чтобы поссорить русских с другими национальностями, чтобы разжечь вражду между народами нашей страны».
Потом Берию обвиняли также в попытках единолично наладить отношения с Югославией, фактически находившиеся на грани полного разрыва с 1948 года. По словам Молотова, Берия собирался «сговориться с Ранковичем и Тито, которые ведут себя как враги Советского Союза… Одного этого факта достаточно, чтобы сделать вывод: Берия — агент чужого лагеря, агент классового врага». В этой критике Молотов был поддержан другими участниками пленума.
Особое беспокойство вызвало предложение Берии об отказе от строительства социализма в Германской Демократической Республике. Оценивая предложение Берии об уходе из ГДР, В.М. Молотов сказал, что его принятие «значило — отказаться от того, что было завоевано кровью наших солдат, кровью нашего народа, в тяжелой борьбе с гитлеризмом». Вероятно, что за отказом от ГДР могло бы последовать и более широкое отступление СССР из Центральной и Юго-Восточной Европы.
Многие высказывания Берии позволяли прийти к выводу, что во имя укрепления своей поддержки он был готов пойти на серьезные перемены и в общественной организации страны. Суммируя свои впечатления от предложений и высказываний Берии, Молотов утверждал, что «у него был другой курс — курс на капитализм».
Опасаясь, что инициативы Берии поведут к развалу СССР и даже к ликвидации советского строя, считая, что они направлены на укрепление положения лишь самого Берии и возглавляемого им министерства, члены Президиума ЦК выступили против него. На заседании Президиума ЦК КПСС 26 июня 1953 года Маленков при поддержке большинства присутствовавших обвинил Берию в стремлении поставить МВД СССР над партией. Берия был смещен со всех постов и арестован.