Создание национальных автономий шло под контролем Совнаркома, Наркомнаца и лично Сталина. Нередко принимаемые ими решения ставили в невыгодное положение одни регионы в сравнении с другими, запрещали создание новых автономий. Так, казачество, проживавшее компактно (войсками), было повсеместно лишено права на автономию. Наделение горцев (ингушей, чеченцев) землей сопровождалось принудительным переселением в другие районы целых станиц с казачьим населением, «провинившимся, по словам Сталина, перед Советской властью». Казачьи округа были ликвидированы сначала на Северном Кавказе, затем в других районах России.
Смирившись с потерей западных областей, большевики не допускали возможности независимости Украины, Белоруссии и Закавказских республик. В Азербайджане в апреле 1920 г. после ухода англичан местный Военный революционный комитет при поддержке Красной Армии взял власть в свои руки. Такая же модель была использована в Армении и Грузии.
В 1921 г. Сталин в качестве особого порученца Ленина занимался закреплением вновь приобретенных национальных территорий к Москве, исполняя роль наместника Политбюро на Кавказе. Принцип самоопределения и образования автономий был в целом принят национальными массами России и сыграл важную роль в победе красных в Гражданской войне.
В 1922 г. начинается практическая работа по объединению советских республик в единый союз. Встал вопрос об упорядочении экономических, а затем и политических связей. В августе 1922 г. для выработки планов сближения советских республик ЦК РКП(б) была создана специальная комиссия под председательством Сталина. Но его в тот период в первую очередь интересовал не столько национальный вопрос, сколько выбор стратегического направления.
Сталин и Гражданская война. Вопреки тому, что говорилось в официальных биографиях, написанных при жизни вождя, в первые годы Гражданской войны Сталин все еще находился на вторых ролях. Как свидетельствуют документальные источники, он действительно был активным ее участником, но не был «непосредственным вдохновителем и организатором важнейших побед Красной Армии» и, тем более, ее создателем. Вклад Сталина в победу гораздо скромнее вклада Л. Троцкого, С.И. Гусева, А.С. Бубнова и других известных членов большевистского руководства. Всю Гражданскую войну Сталин находился при Ленине. Практически он не имел в этот период отношения к «большой «политике», какой она была представлена на съездах партии и конгрессах Коминтерна. Он выполнял, насколько это было возможно в тех условиях, обязанности народного комиссара — по делам национальностей и рабоче-крестьянской инспекции (РКИ). Не без иронии Ленин в одном письме А.А. Иоффе подчеркивал, что «судьба» не дала Сталину ни разу за три с половиной года быть ни наркомом РКИ, ни наркомом национальностей…»
Личное участие Сталина в Гражданской войне замечено скорее в политическом и пропагандистском плане, нежели в военном. Не случайно ни в одном из достаточно многочисленных документальных сборников о Гражданской войне, вышедших до начала 1930-х гг. имя Сталина фактически не упоминается. Лишь в1929 г. в «Правде» появилась статья Ворошилова «Сталин и Красная Армия», в которой ближайший соратник Кобы сделал робкую попытку переписать историю Гражданской войны, укрупнить фигуру И. Джуга-швили. В 1933 г. «Правда» уже прямо писала о Сталине как об «организаторе побед Красной Армии». Историки сегодня не обладают какими-либо достоверными данными о проявлениях полководческого таланта Сталина. Фактически за три года войны Сталин провел на фронтах всего лишь несколько месяцев, выполняя различные поручения Ленина. Обычно Сталин действовал в составе группы и строго реализовывал данные ему Ильичом установки, что главным образом и определяло успех миссии. К этому времени у вождя революции сложилось вполне определенное представление о Сталине как весьма надежном исполнителе, которому можно доверять сложные и ответственные поручения. Ленин использовал наркома Сталина главным образом как чрезвычайного уполномоченного ЦК, направляемого для инспекции или получения достоверной информации, расследования причин поражений на отдельных участках.