Последний, возможно, не оказал бы особого влияния на ход германо-советского конфликта. Но как политически значимая фигура, Троцкий не переставал давать о себе знать, и вынесенный ему заочно смертный приговор оставался в силе. Принцип Дзержинского, приблизительно гласящий: «то, что преступник не обезврежен, заслуга не его, а недоработка органов госбезопасности», соблюдался неукоснительно.
В конце апреля 1940 года Троцкий обращается из Мексики к советским гражданам с посланием с красноречивым заголовком «Вас обманывают». Весьма сомнительно, достигло ли оно своих адресатов. Возможно, данная акция Троцкого становится последней каплей в терпении Сталина. К тому же посол Франции в Германии Кулондр совершенно безосновательно заявлял тет-а-тет Гитлеру, что в результате столкновения последнего со Сталиным в выигрыше может оказаться Троцкий. «Демон революции» тем временем окончательно испортил отношения с художником Диего Риверой. Троцкий поселяется в Койоакане, в отдельном особняке, превращенном в осажденную крепость. За ним ведется форменная охота. Другой знаменитый мексиканский художник Давид Альфаро Сикейрос организует нападение на Троцкого, как на дикого зверя. Налет оказывается безрезультатным, но три месяца спустя другой иностранец Рамон Меркадер убивает Троцкого сильнейшим ударом ледоруба в голову.
В довоенный период Берии удалось в кратчайший срок восстановить почти полностью разваленный участок работы — направление внешней разведки.
Сталин находился в вечном поиске наиболее эффективной работы своих спецслужб при одновременном стремлении не допущения их чрезмерного усиления. В начале февраля 41 года было осуществлено разделение наркомата на две структуры. Во главе одной из них, собственно НКВД, остался Берия. Другую, названную наркоматом государственной безопасности (НКГБ), возглавил его заместитель Меркулов В.Н. Оставаясь наркомом внутренних дел, Берия становится вскоре заместителем председателя Совнаркома и куратором, помимо НКГБ, еще нескольких важных ведомств.
Он вошел в состав ГКО в качестве члена с первого дня существования этого чрезвычайного органа, а затем стал заместителем председателя. Берия сыграл исключительно важную роль в деле организации производства вооружения и боеприпасов и особенно танков в годы войны, и был удостоен звания Героя Социалистического труда. При этом он обеспечивал должный порядок не только на всей неок-купированной территории страны, но и в прифронтовой полосе. Его люди также осуществляли контроль над военнослужащими в подразделениях Красной Армии, невзирая на чины, за что и были ненавидимы отдельными чрезмерно властолюбивыми военачальниками.
Особую страницу в деятельности Берия составляли депортации народов, проведенные исключительно организованно и в предельно сжатые сроки, что также не прибавило ему популярности в некоторых кругах. С 20 августа 1945 года функции Берия в качестве ведущего руководителя военно-промышленного комплекса (ВПК) страны сильно усложняются. На его плечи взваливается атомная проблема, с которой кавказец успешно справляется. В том же году Берия передает кресло наркома внутренних дел своему заместителю Круглову и утрачивает прямой контакт со спецслужбами. Мало того, он забирает к себе Меркулова, а курируют органы по линии ЦК партии другие лица.
Тем самым, концентрируясь исключительно на ядерном оружии, Берия, несомненно, мало влиял на ряд самых громких процессов послевоенных лет.
Как бы ни произошел фактически уход Берии из жизни и, следовательно, из большой политики, ясно одно, с ним расправились весьма свирепо его недавние ближайшие приятели, в первую очередь Хрущев и Маленков. Мотивация их предельно ясна, они побоялись и позавидовали наиболее одаренному из сталинских министров.
Кроме того, и Хрущеву, и Маленкову померещилось, что Берия стремится к единоличному овладению властью в стране. У страха глаза велики, гласит народная мудрость, поэтому они решились на физическое уничтожение конкурента. К тому же Берия был «лицом кавказской национальности», что в данном случае явилось отягчающим его «вину» обстоятельством. Хрущев и Маленков, несомненно, приходили в ужас при одном намеке на мысль о гипотетической возможности появления второго Сталина. Дуумвират, всемерно способствовавший сталинскому культу, принял решительные и превентивные меры во избежание этого. Помимо страха их обуревало, к тому же, еще одно сильнейшее чувство — зависть.