Сталин и Дзержинский 5 января 1919 года прибыли в Вятку, а затем через два дня в штаб 3-й армии. 27 января, выполнив свое поручение, они выехали в Москву. С места ими было послано два коротких отчета о высшей степени деморализации в армии и в тылу. Была выражена просьба о срочной присылке подкреплений. Уже в тот период Сталин и Дзержинский полагали, что ответственность ложится не только на местных командиров (в данном случае командующим армии был не военспец, а старый большевик М. М. Лашевич), но и на весь Реввоенсовет Республики, который своими директивами и приказами ослабил командование армии и фронта. Если в структуре командования не произойдут соответствующие перемены, подчеркивали они, тогда нельзя будет рассчитывать на успех на фронте. 31 января, уже в Москве, члены комиссии в своем отчете вновь указали на ошибки, допущенные высшим военным командованием. Они перечислили недостатки в общих принципах организации и формирования Красной Армии. В то же время было предъявлено обвинение командованию в том, что по его линии отдавались непродуманные приказы. «…Нетрудно понять, — подчеркивалось в отчете, — до чего несерьезно было отношение Реввоенсовета Республики и Главкома к своим же собственным директивам»[35]. Предложения Сталина и Дзержинского были использованы при реорганизации Реввоенсовета Республики. Косвенно предложения были направлены против Троцкого как председателя этого высшего военного органа. Помимо профессиональных военных вопросов предложения Сталина и Дзержинского содержали меры, направленные на крупные изменения в государственном и партийном аппаратах, в их контрольном механизме.
Весной 1919 года Сталин занял важные руководящие посты. Он стал членом первого состава Политбюро и Оргбюро ЦК РКП(б), а также был назначен наркомом Госконтроля (позднее наркомом Рабоче-крестьянской инспекции). В этот период он начал закладывать основы своей организационной власти, позднее набравшей большую силу.
После трех месяцев работы в Москве Сталин снова был направлен на один из самых опасных участков фронта. Получив полномочия от Центрального Комитета и Совета рабоче-крестьянской обороны, в середине мая он прибыл в Петроград. Его задачей было организовать оборону бывшей столицы, отбить наступление войск генерала Юденича. Военное положение Республики в то время было наиболее критическим. Наступавший с юга Деникин намеревался соединиться с войсками Колчака, шедшими с востока, и затем вместе пойти на Москву. Войска Юденича в середине мая прорвали фронт 7-й армии и стремительно продвигались вперед. Г. Е. Зиновьеву, отвечавшему за оборону Петрограда, недоставало энергии. Выполнение задачи обороны города требовало решительности, силы и хладнокровия. Сталин обладал всеми этими качествами. В Петрограде он тоже не проявлял особого уважения к военной субординации в строгом смысле этого слова. В телеграмме, отправленной Ленину 16 июня, он писал следующее: «Быстрое взятие Горки[36] объясняется самым грубым вмешательством со стороны моей и вообще штатских в оперативные дела, доходившим до отмены приказов по морю и суше и навязывания своих собственных. Считаю своим долгом заявить, что я и впредь буду действовать таким образом, несмотря на все мое благоговение перед наукой»[37].
Открытость этого заявления заслуживает внимания. Грубость постепенно проявлялась не только в отмене оперативных военных приказов. Полученные Сталиным формальные полномочия не имели для него особого значения. Характерно, что Троцкий, оценивая роль Сталина, сравнивал ее с положением, которое занимали в царской армии великие князья.
Весеннее наступление белогвардейского генерала Юденича без подкреплений и надежного тыла провалилось. Военная обстановка на короткое время стабилизировалась. В период второго, осеннего наступления Юденича, когда Ленин сам высказывал мысль о возможности оставления Петрограда, Сталина уже не было в городе. Хотя он сыграл определенную роль в отражении весеннего наступления Юденича, все-таки позднейшая легенда о том, что именно Сталин отстоял Петроград, не имела под собой достаточных оснований.
26 сентября 1919 года Пленум ЦК РКП(б) принял решение направить Сталина на Южный фронт, где шли бои против Деникина. На следующий день Реввоенсовет Республики утвердил его назначение членом Реввоенсовета Южного фронта. В конце июня войска Деникина заняли уже всю Донскую область. Нависла угроза над Москвой. С. С. Каменев, главнокомандующий Вооруженными Силами Республики, планировал контрнаступление с флангов. Эту стратегическую линию поддерживал Центральный Комитет вопреки предложению о фронтальной обороне. Однако контрнаступление провалилось. Сталин, быстро ознакомившись с обстановкой, в который раз обратился непосредственно к Ленину со своими стратегическими соображениями. Он писал, что «необходимо теперь же, не теряя времени, изменить уже отмененный практикой старый план, заменив его планом основного удара из района Воронежа через Харьков — Донецкий бассейн на Ростов». Приведя свои доводы, он заканчивал письмо следующими строками: «Без этого моя работа на Южном фронте становится бессмысленной, преступной, ненужной, что дает мне право или, вернее, обязывает меня уйти куда угодно, хоть к черту, только не оставаться на Южном фронте»[38].
Сталин и в этот раз поссорился с командующим фронтом А. И. Егоровым, хотя позднее представлял дело так, что его цель якобы состояла в том, чтобы указать на нечеткость разделения функций командиров различных уровней.