Вторым органом, действовавшим в сфере организационной работы, являлся Секретариат ЦК. Однако его влияние было в тот период менее значительным, и он располагал меньшим аппаратом. В 1919 году Пленум ЦК партии избрал секретарями ЦК Н. Н. Крестинского и Е. Д. Стасову. В то время произошла своеобразная, но в пору образования аппарата еще не казавшаяся чрезмерной концентрация власти — дело в том, что в течение полутора лет Николай Крестинский оставался членом трех руководящих органов ЦК. Что касается Крестинского, то о нем можно сказать, что он больше относился к типу революционера-интеллигента, чем к сталинскому типу оргработника.
Весной 1920 года Пленум ЦК избрал секретарями ЦК уже трех человек — Н. Н. Крестинского, Е. А. Преображенского и Л. П. Серебрякова. В тот период в сферу их деятельности входило исключительно руководство аппаратом ЦК. Каждый из секретарей отвечал за определенный отдел ЦК. Постепенно сложилась такая практика, что вопросы, которыми занимался по должности один из секретарей, переставали относиться к функциям Оргбюро. По этим вопросам решения принимались на основе консультаций трех секретарей. Итак, Секретариат все больше брал на себя решение важных вопросов руководства. Пришлось уточнить взаимоотношения Секретариата и Оргбюро на основе следующей формулы — в случае, если члены Оргбюро не возражают, решения Секретариата должны рассматриваться одновременно и в качестве решений Оргбюро.
Задачей Секретариата постепенно становилась разработка пунктов повестки дня заседаний Политбюро, подготовка различных консультационных материалов, а также подготовка решений. Только Секретариат рассылал решения в низовые организации и территориальные органы. К сфере полномочий Секретариата параллельно с Оргбюро стало относиться и решение кадровых вопросов. В конечном итоге Секретариат создал систему регулярных связей по кадровым вопросам со всем аппаратом партии. В течение 1920 года Секретариат существенно укрепил связи центра и низовых организаций. Они приобрели каждодневный характер, и этот механизм работал достаточно четко. В следующем году главное внимание было обращено на сферу идеологии, на распределение кадров в непартийных учреждениях и их работу. Центральный аппарат партии составлял в то время примерно 600 человек, а по стране насчитывалось около 15 тысяч освобожденных партийных работников.
В марте 1921 года состоялся Х съезд партии, принявший решения о новой экономической политике и о роли профсоюзов.
С точки зрения дальних политических перспектив определяющим было принятое съездом решение о запрете фракций и фракционных групп («рабочая оппозиция» и т. д.). Правда, Ленин считал это решение временным, но в конечном итоге оно стало постоянным. Система организации, партии, сложившаяся в условиях гражданской войны, в значительной мере оставалась без изменений, в то время как в области экономической политики наметился коренной поворот. Резолюция съезда о партийном строительстве признавала наличие определенных проблем, но после установления диагноза не были приняты меры для необходимой терапии: «Организационной формой партии поэтому неизбежно должна была быть в этот период милитаризация партийной организации. Подобно тому как форма пролетарской диктатуры приобрела характер военно-пролетарской диктатуры, так и форма партийной организации приняла — и должна была, с точки зрения революционной целесообразности, принять при таких условиях — соответствующий характер. Это выразилось, в общем и целом, в крайнем организационном централизме и в свертывании коллективных органов партийной организации.
…Методы партийной работы точно так же вытекали из необходимости боевых действий и соответствовали организационным формам. Они, в общем и целом, тяготели к системе боевых приказов, которые давались руководящими партийными учреждениями и которые беспрекословно выполнялись без обсуждения рядовыми членами партии».
Следует отметить, что изменение методов работы, организационных форм, политических структур, сложившихся в партии в годы гражданской войны, было отнюдь не простой задачей. Среди тех наслоений, которые образуют сталинизм, эти глубоко укоренившиеся методы, вероятно, самые живучие. Однако этому утверждению не противоречит тот факт, что до середины 20-х годов внутрипартийная жизнь характеризовалась широкими дискуссиями и разнообразными духовно-политическими течениями. Они сохранялись до тех пор, пока в партии существовали различные направления. После Х съезда был полностью обновлен состав Секретариата. Преображенский, Крестинский и Серебряков, поддержавшие в профсоюзной дискуссии Троцкого, который остался в меньшинстве со своей платформой «огосударствления профсоюзов», были выведены из Секретариата, а также освобождены от своих обязанностей в Оргбюро. Более того, их даже не избрали в состав ЦК. Шляпников, руководитель осужденной «рабочей оппозиции», все-таки смог остаться в составе ЦК. Этот факт свидетельствовал о том, что упомянутым трем секретарям пришлось уйти со своих должностей, поскольку они обладали чрезвычайно важными организационными позициями. Вместо них были избраны В. М. Молотов, В. М. Михайлов и Е. М. Ярославский. Вероятно, их выбор был отнюдь не случайным. И Молотов, и Ярославский прошли известный политический путь. Позднее оба считались близкими сторонниками Сталина. Молотов рассматривался как вторая фигура в руководстве в течение многих лет. Уже тогда он был поднят до уровня кандидата в члены Политбюро. Михайлов ранее вел политическую работу в армии.
Сталин, являвшийся в то время членом Политбюро и Оргбюро, сделал, используя личные связи, новый шаг в целях захвата административной власти, усиления контроля над аппаратом партии.