Однако, было бы неправильно полагать, что всё шло гладко, без сучка и задоринки. Да, успех был, но в бочке мёда оказалась ложка дёгтя. Этой ложкой стала измена 3-го Петроградского полка, в котором служило немало выходцев из кулацких семей. Бывшие царские офицеры организовали мятеж этого полка в ночь с 28 на 29 мая. Мятежники убили командира и комиссара полка, зверски расправились с верными Советской власти бойцами и командирами и перешли на сторону врага. В борьбе с изменниками погиб комиссар 2-й Петроградской бригады А. Раков.
Белогвардейцы получали от интервентов огромное количество вооружения и боеприпасов, в результате чего положение на фронте стало меняться в пользу частей Юденича.
К исходу дня 8 июня положение на нарвском участке стало катастрофическим, и в ночь на 9 июня Сталин телеграфирует Ленину: «Учитывая положение на других фронтах, мы до сих пор не просили подкреплений, но теперь дело ухудшилось до чрезвычайности. Опасность угрожает непосредственно Петергофу. С его падением Питер висит на волоске. Для спасения Питера необходимо тотчас же, не медля ни минуты, три крепких полка».
Ленин немедленно отдал приказ послать в 7-ю армию три полка. По их прибытии 12 июня отход советских войск на нарвском участке прекратился. Все атаки врага, рвавшегося к Гатчине и Царскому Селу, были успешно отбиты. Однако белогвардейским частям Юденича удалось приблизиться к Красной Горке — ключу Кронштадта. В этой обстановке заговорщики на Красной Горке подняли мятеж. В ночь на 13 июня его главари, которым удалось склонить на свою сторону отсталую часть гарнизона, разоружили и арестовали всех коммунистов и преданных Советской власти бойцов и командиров. Обманным путём им удалось захватить в плен коммунистический отряд кронштадцев, прибывший для усиления гарнизона Красной Горки. Всего на Красной Горке мятежники арестовали более 350 коммунистов и беспартийных бойцов и командиров. После жестоких пыток мятежники расстреляли коммунистов. В их числе погиб председатель Кронштадтского Совета коммунист М.Мартынов.
Измена, падение дисциплины и дезертирство всё умножались. Гарнизон фортов Красная Горка и Серая Лошадь окрыто выступил против Советской власти.
13 июня руководители мятежа обратились к остальным фортам и Кронштадту с призывом присоединиться к мятежу. Но поскольку Кронштадт остался верен Советской власти, батареи мятежной Красной Горки стали обстреливать красный Кронштадт…
По инициативе Сталина, реввоенсовет Балтийского флота предъявил гарнизону Красной Горки следующий ультиматум: «Вас обманули прислужники генералов и помещиков, заставляют вас стрелять по рабочим и матросам Кронштадта. Вы должны теперь понять, что вы бессильны, сдавайтесь, пока не поздно, иначе вам не будет прощения. Если вы сдадитесь, вы будете прощены, если нет, то уничтожены.».
Вечером того же дня был нанесён удар по контрреволюционным, заговорщическим гнёздам в самом Петрограде. Органы ВЧК произвели массовые обыски в буржуазных кварталах города и в иностранных посольствах. Во время этих обысков было изъято 6626 винтовок, 141 895 патронов, 644 револьвера. Замысел интервентов взорвать петроградскую оборону изнутри с помощью шпионских гнёзд, был сорван. Следующий удар силам контрреволюции был нанесён Сталиным под Красной Горкой.
Сталинский план красногорской операции предполагал проведение комбинированных действий сухопутных, военно-морских и военно-воздушных сил петроградского участка фронта. Весь день советские линкоры «Петропавловск» и «Андрей Первозванный» и кронштадтский форт Реф вели артиллерийский обстрел Красной Горки и Серой Лошади. Советские гидросамолёты сбрасывали на мятежников бомбы и листовки, мешали вражеским наблюдателям корректировать стрельбу с аэростата. Рано утром Береговая группа войск, поддерживаемая бронепоездами и бронемашинами с суши, авиацией с воздуха и огнём эсминца «Гайдамак» с моря, перешла в решительное наступление и в ночь с 15 на 16 июня части Береговой группы овладели Красной Горкой. Это предрешило падение Серой Лошади в тот же день 16 июня, в результате чего контрреволюционный мятеж был полностью ликвидирован.
Сталин лично руководит военными действиями. Вот что он телеграфирует Ленину: «Вслед за «Красной Горкой» ликвидирована «Серая Лошадь», идёт быстрый ремонт всех фортов и крепостей. … Считаю своим долгом заявить, что я и впредь буду действовать таким образом»…
И вот итог этой молниеносной кампании — новая телеграмма Ленину, посланная Сталиным всего шесть дней спустя: «Перелом в наших частях начался. За неделю не было ни одного случая частичных или групповых перебежек. Дезертиры возвращаются тысячами. Перебежки из лагеря противника в наш лагерь участились. За неделю к нам перебежало человек 400, большинство с оружием. Вчера днём началось наше наступление. Хотя обещанное подкрепление ещё не получено, стоять дальше на той же линии, на которой мы остановились, нельзя было — слишком близко до Питера. Пока что наступление идёт успешно, белые бегут, нами сегодня занята линия Керново — Воронино Слепино — Касково). Нами взяты пленные, два или больше орудий, автоматы, патроны. Неприятельские суда не появляются, видимо боятся «Красной Горки», которая теперь вполне наша…»
К началу июля боеспособность фортов Красная Горка и Серая Лошадь была полностью восстановлена, и они сыграли важную роль в борьбе против флота интервентов.
И хотя белогвардейские войска пытались ожесточёнными атаками сбить наступательный порыв советских войск, им это уже не удалось. Не помог даже такой шаг, как предпринятая поездка самого Юденича по фронтовым частям с целью «поднятия духа» бойцов.
Овладев на восточном берегу Ладожского озера белофинским плацдармом, Красная Армия захватила богатые склады боеприпасов, снаряжения, продовольствия и обмундирования — всё это имущество белофинами было получено от англичан.
3–4 июля состоялся Пленум ЦК, который признал полномочия И.В. Сталина, данные ему 17 мая 1919 года Советом Обороны Республики по оказанию помощи в организации обороны Петрограда, оконченными и выразил полное удовлетворение его деятельностью. ЦК назначил Сталина членом Реввоенсовета Западного фронта.
И именно это полное удовлетворение деятельностью Сталина было подтверждено постановлением Президиума ВЦИК от 27 ноября 1919 года о награждении И.В. Сталина орденом Красного Знамени в ознаменование его заслуг по обороне Петрограда и самоотверженной работы на Южном фронте.
Роберт Такер в своей книге «Сталин. Путь к власти. 1879–1929» пишет: «Завершив свою миссию в Петрограде, Сталин 3 июля 1919 г. вернулся в Москву. С середины июня на Петроградском фронте наступило затишье, которое длилось до самой осени, т. е. до того момента, когда Юденич предпринял крупное наступление. И тогда для осуществления общего руководства на место выехал Троцкий. Он сплотил защитников революции, помог превратить назревавшее поражение в победу и, возвратившись в Москву, принимал со всех сторон поздравления, как спаситель Петрограда. На заседании только что созданного Политбюро, членами которого являлись Ленин, Троцкий, Сталин, Каменев и Крестинский, а кандидатами — Бухарин, Зиновьев и Калинин, было решено вручить Троцкому, обеспечившему решающую победу под Петроградом орден Красного Знамени. (Об этом эпизоде рассказывает сам Троцкий, одержимый «синдромом Мюнхгаузена» в хвастливой автобиографической книге «Моя жизнь» — Л.Б.). По его словам, к концу заседания Зиновьев несколько смущённо предложил вручить такую же награду и Сталину. «За что?» — спросил Калинин (якобы — Л.Б.). В перерыве Бухарин, разъясняя Калинину, в частном порядке, заметил: «Как ты не понимаешь? Это Ильич придумал. Сталин не может жить, если у него нет чего-нибудь, что есть у другого. Он никогда этого не простит».