Однако сообщения разведчиков не всегда учитывались советским командованием. Сказывался комплекс боязни за столицу страны. К тому же у противника весной 1942 г. наиболее мощная группировка находилась именно на центральном направлении. Дополнялось это тем, что штаб немецкой группы армий «Центр» проводил дезинформационную операцию «Кремль», разработанную, чтобы показать, будто главный удар в летней кампании 1942 г. немцы нанесут в центре Восточного фронта с целью захвата Москвы. В результате было принято решение о сосредоточении основных усилий в центре советско-германского фронта. Защита Москвы ставилась во главу угла.
Еще не закончилось зимнее наступление, а Ставка ВГК уже приступила к планированию очередной военной кампании 1942 г. Предполагалось, что она в целом будет наступательной. Однако считалось, что еще до этого противник в состоянии предпринять одновременное наступление на двух стратегических направлениях — вероятнее всего, на московском и на юге. Больше всего Верховное Главнокомандование опасалось за московское направление, где немецкое командование сохраняло главную группировку своих войск. Это мнение разделялось Генеральным штабом и большинством командующих войсками фронтов.
К середине марта советское командование в основном завершило расчеты по плану операций на весну и начало лета 1942 г. Предполагалось на первом этапе организовать активную стратегическую борону, накопить резервы, а затем перейти в решительное контрнаступление. Основные усилия войск планировалось сосредоточить на орловско-тульском и курско-воронежском направлениях. На эти направления выдвигалась и большая часть формировавшихся резервов. И. В. Сталин в основном согласился с этим замыслом, но вопреки мнению начальника Генерального штаба маршала Б. М. Шапошникова, полагал необходимым не ограничиваться только обороной, а еще весной предпринять ряд наступательных операций в Крыму, в районе Харькова, на льговско-курском и смоленском направлениях, а также в районах Ленинграда и Демянска.
Генерал Г. К. Жуков со своей стороны предлагал наряду с обороной ограничиться проведением только одной наступательной операции по разгрому ржевско-вяземской группировки врага. Ввиду сложности вопроса и возникших разногласий Сталин приказал еще раз взвесить различные варианты действий и обсудить их на совместном совещании ГКО и Ставки ВГК. Такое совещание состоялось в конце марта. На нем кроме И. В. Сталина присутствовали К. Е. Ворошилов, С. К. Тимошенко, Б. М. Шапошников, Г. К. Жуков и А. М. Василевский.
Как вспоминает Г. К. Жуков, маршал Шапошников сделал обстоятельный доклад, соответствующий в основном установкам Сталина. Но в заключение вновь предложил ограничиться стратегической обороной. Особенно категорически он высказался против намечавшейся наступательной операции на юго-западном направлении.
Маршал С. К. Тимошенко попытался обосновать необходимость проведения упреждающей наступательной операции на юго-западном и западном направлениях. Его поддержал Ворошилов. Генерал Жуков отстаивал свой вариант действия. В итоге мнения вновь разделились. Решение так и не было принято. Лишь через несколько дней Сталин дал окончательные указания. Стратегический замысел теперь сводился к тому, чтобы в мае провести крупную наступательную операцию на юго-западном направлении силами Брянского, Юго-Западного и Южного фронтов. На остальных направлениях перейти к стратегической обороне и одновременно осуществить ряд частных наступательных операций с ограниченными целями. В дальнейшем развернуть общее наступление по всему фронту от Балтики до Черного моря.
Наиболее детально стратегический план был разработан на первый этап — апрель — июнь 1942 г. Вторая часть плана, связанная с переходом в общее наступление, разрабатывалась лишь в общих чертах. Имелось в виду ее уточнить по конкретным результатам военных действий весной. Тем не менее сохранилась карта Генерального штаба с наметками наступательных операций до конца года. В соответствии с ней намечалось нанести главные удары сначала на юго-западном, а затем на западном направлении и далее выйти на государственную границу СССР.