Отзываясь на его записку, Президиум ЦК КПСС уже 3 апреля 1953 г. решил согласиться с предложением МВД о полной реабилитации и освобождении из-под стражи врачей и членов их семей, арестованных по «делу о врачах-вредителях», в количестве 37 человек, а также о привлечении к уголовной ответственности работников бывшего МГБ СССР, особо изощрявшихся в фабрикации этого провокационного дела. Ввиду серьезных ошибок, допущенных Игнатьевым в бытность министром госбезопасности, было признано невозможным оставить его на посту секретаря ЦК КПСС.
Принятое постановление вместе с письмом Берии и постановлением специальной следственной комиссии МВД СССР было разослано всем членам ЦК КПСС, первым секретарям ЦК компартий союзных республик, крайкомов и обкомов КПСС. Так в партийном аппарате широко узнавали об инициативах Лаврентия Павловича, что, конечно же, соответствовало его намерениям прослыть реформатором.
4 апреля 1953 г. он вообще, что называется, превзошел самого себя, поставив подпись под приказом, отменявшим людоедские решения ЦК ВКП(б) 1937 г. и 1939 г., которыми органам НКВД разрешалось применение физического воздействия на подследственных. Благодаря его страстному желанию насолить бывшему руководству МГБ стало фактом официальное признание вопиющих извращений советских законов. То, о чем раньше говорили лишь шепотом, было признано официально: «компетентные органы» широко прибегали к арестам невинных граждан, разнузданной фальсификации следственных материалов, широкому применению различных способов пыток — жестокому избиению арестованных, круглосуточному применению наручников при вывернутых за спину руках, длительному лишению сна, заключению арестованных в полуобнаженном виде в холодном карцере. «Такие изуверские «методы допроса» приводили к тому, — писал Берия, — что многие из невинно арестованных доводились следователями до состояния упадка физических сил, моральной депрессии, а отдельные из них до потери человеческого облика».
Министр внутренних дел впредь категорически запретил применение к арестованным каких-либо мер принуждения и физического воздействия и потребовал при производстве следствия строго соблюдать нормы уголовно-процессуального кодекса. В тюрьмах — Лефортовской и внутренней МВД — ликвидировались организованные руководством бывшего МГБ СССР помещения для применения к арестованным физических мер воздействия, а все орудия, посредством которых осуществлялись пытки, уничтожались. Берия предупредил подчиненных, что впредь за подобные нарушения к строжайшей ответственности, вплоть до предания суду, будут привлекаться не только непосредственные виновники, но и их руководители.
Следует отметить, что Президиум ЦК КПСС специальным постановлением одобрил «проводимые тов. Берия Л.П. меры по вскрытию преступных действий, совершенных на протяжении ряда лет в бывшем Министерстве госбезопасности СССР, выражавшихся в фабриковании фальсифицированных дел на честных людей, а также мероприятия по исправлению последствий нарушений советских законов».
К этим мерам органично примыкает и отмена Военной коллегией Верховного суда СССР — по инициативе МВД — приговора по так называемому авиационному делу, в соответствии с которым в 1946 г. были осуждены нарком авиационной промышленности А.А. Шахурин, командующий ВВС Советской армии А.А. Новиков и ряд других лиц.
Проведенная по указанию Берии проверка показала, что бывший начальник Главного управления контрразведки «Смерш» Абакумов (позднее — министр госбезопасности) и его подчиненные М.Т. Лихачев и В.И. Комаров в апреле 1946 г. сфабриковали обвинения в адрес Шахурина, Новикова и других лиц, привлеченных по делу: те якобы умышленно наносили вред авиации Советской Армии, поставляя на вооружение самолеты и моторы с большим браком или серьезными конструктивными и производственными недоделками. На основании сфальсифицированных материалов Абакумов оклеветал этих лиц в глазах Сталина и добился разрешения на их арест.
В застенках арестованным довелось испить чашу страданий до дна. Тем более что они оказались важными фигурами в более масштабной игре — против секретаря ЦК Маленкова, отвечавшего в годы Великой Отечественной войны за авиационную промышленность. Интриганам удалось подорвать доверие Сталина к Маленкову, который был снят с поста секретаря ЦК и попал, правда, временно, в опалу. А Шахурин и его товарищи по несчастью Военной коллегией были осуждены к лишению свободы на разные сроки.