Еще одним аргументом в устах членов Президиума ЦК КПСС, обвинявших Берию в намерениях взгромоздиться над партией, стали его шаги в сфере национальной политики. В конце мая 1953 г. по представленным им материалам Президиум ЦК принял постановления «О политическом и хозяйственном состоянии западных областей Украинской ССР» и «О положении в Литовской ССР». В них признавалось, что политическое положение в регионах, лишь накануне Великой Отечественной войны вошедших в состав СССР, оставалось неудовлетворительным. Главное — там нелегально продолжало действовать националистическое движение. С подачи Берии партийные и советские органы обвинялись в увлечении такими формами борьбы с подпольем, как массовые репрессии и чекистско-войсковые операции. С 1944 г. в западных областях Украины разным видам репрессий подверглось до 500 тысяч человек, в Литве — более 270 тысяч, то есть 10 процентов населения.
В то же время проводимые хозяйственные, политические и культурные меры слабо сказывались на улучшении жизни населения, а то и ущемляли его интересы. Например, в Литве коллективизация проводилась насильственными методами, разрушалось налаженное хуторское хозяйство. В кадровой политике центральные власти проводили русификаторскую политику. Стало общепризнанной практикой, когда руководящие партийные и советские посты в этих регионах занимали выходцы из России.
Берия предложил, а Президиум ЦК закрепил своим постановлением реализацию ряда мер. Было выдвинуто обоснованное требование смелее выдвигать на руководящую работу национальные кадры. (Берия своей властью начал этот процесс с органов МВД союзных республик.) Должна была расшириться сфера применения национальных языков, в том числе в преподавании учебных дисциплин в средних и высших учебных заведениях. Особое внимание следовало уделить привлечению на сторону советской власти национальной интеллигенции. Берия даже попытался наладить контакты с представителями западноукраинской интеллигенции, находящимися в эмиграции.
Министр внутренних дел и в подготовке этих предложений опирался на подчиненные органы, что вызвало дополнительный гнев со стороны партийных функционеров. При этом он требовал приводить вопиющие факты и делать категоричные выводы. Технологию подготовки докладной записки по Литве уже после ареста Берии раскрыли привлеченные к этой работе руководящие работники МВД Литвы Кондаков, Мартавичюс и Гайлявичюс, хотя не исключено, что они подыгрывали общему настрою: «Докладная записка была весьма самокритичная… но Берия она не удовлетворила. Он обвинил нас в сокрытии действительного положения в Литве. Берия обругал нас самой низкопробной бранью, пригрозил и заставил переделать в угодном ему духе, то есть раздуть состояние действующего националистического подполья и руководящих центров, католического духовенства, показать их массовыми, стройно организованными и централизованными, находящимися вне поля нашего зрения. Что касается националистического подполья, такого положения у нас в республике нет, но мы вынуждены были так это подполье описать, как хотелось Берия».
На июльском пленуме предложения Берии, касавшиеся национального вопроса, были охарактеризованы как вредительские, а принятые по его запискам постановления ЦК — отменены. «Возьмем вопросы Латвии, Литвы, Западной Украины. Теперь для нас ясно, что это была, безусловно, попытка нанести удар ленинско-сталинской национальной политике и морально-политическому единству советского народа», — эту оценку Булганина зал встретил репликами: «Правильно». Однако участники высокого собрания не могли не признать назревший характер проблемы дружбы народов, поэтому прибегали к различного рода маневрам, чтобы затушевать роль Берии в ее постановке. Например, первый секретарь ЦК КП(б) Литвы А.Ю. Снечкус заявил, что первым относительно необходимости выдвижения национальных кадров высказался не кто иной, как Маленков.
Словом, выдвинутых против Берии обвинений набрался целый букет. 1 июля 1953 г. арестованный направил Маленкову еще одно, на сей раз весьма обстоятельное письмо, в котором попытался объясниться по большинству претензий, предъявленных ему на заседании президиума Совета министров СССР 26 июня, во время которого он был арестован.
«Дорогой Георгий!
В течение этих четырех тяжелых суток для меня, я основательно продумал все, что имело место с моей стороны за последние месяцы… и подверг свои действия самой суровой критике, крепко осуждая себя. Особенно тяжело и непростительно мое поведение в отношении тебя, где я виноват на все сто процентов. В числе других товарищей я тоже крепко и энергично взялся за работу с единственной мыслью сделать все, что возможно и не провалиться всем нам без товарища Сталина и поддерж[ать] делами новое руководство Ц.К. и Правительства. В соответствии с имеющимися указаниями Ц.К. и Правительства, укрепляя руководство МВД и его местных органов, МВД внесло в ЦК и Правительство по твоему совету и по некоторым вопросам по совету т. Хрущева Н.С. ряд заслуживающих политических и практических предложений, к[а] к то: по реабилитации врачей, реабилитации арестованных по т. к. называемому менгрельско[му] национальному центру в Грузии и возвращение неправильно сосланных из Грузии, Об амнистии, о ликвидации паспортного режима, по исправлении искривлении линии партии допущенной в национальной политике и в карательных мероприятиях в Литовской ССР, Западной Украине и западной Белоруссии, но совершенно справедлива твоя критика, критика т-ща Хрущева Н.С. и критика других товарищей на Президиуме ЦК; с последним моим участием, на мое неправильное желание вместе с решениями ЦК разослать и докладные записки МВД. Конечно, тем самым в известной мере принизили [значение] самых решений Ц.К. и, что создалось недопустимое положение, что МВД, как будто исправляет Центральные Комитеты Коммунистической] партии Украины, Литвы и Белоруссии, тогда к[а] к роль МВД ограничивался только выполнением указаний ЦК КПСС и Правительства..