Булганин, как, впрочем, и другие вчерашние союзники Никиты Сергеевича — Сабуров, Первухин, — стал склоняться к мысли о необходимости отстранить Хрущева от власти. Как следовало из документов июньского пленума ЦК КПСС 1957 г., глава правительства фактически вошел в своеобразный штаб «антипартийной группы», в его кабинете члены группы собирались для обсуждения плана действий.
Думается, что вождизм Хрущева, его неумелая внутренняя и внешняя политика были далеко не главными причинами, заставившими действовать высокопоставленных оппозиционеров. Не в меньшей, если не в большей степени они отстаивали свои собственные позиции, на которые покусился Никита Сергеевич. Ему же было необходимо политически дискредитировать и удалить таких же сталинистов, как и он сам, — Молотова, Маленкова и Кагановича, которые, однако, препятствовали его дальнейшему возвышению и были живыми и — добавим, опасными — свидетелями его участия в репрессиях.
В открытую фазу конфликт перешел на заседании президиума Совета министров СССР 18 июня 1957 г. С довольно рутинного вопроса о поездке на празднование 250-летия Ленинграда обсуждение стихийно перекинулось на другие, куда более острые вопросы. Поскольку большинство руководителей правительства (Н.А. Булганин, В.М. Молотов, Л.М. Каганович, М.Г. Первухин, М.З. Сабуров, Г.М. Маленков) были одновременно членами Президиума ЦК КПСС, то они потребовали немедленного созыва заседания высшего партийного органа. Хрущев попытался возражать, но остался в меньшинстве.
По положению он, как первый секретарь ЦК, должен был вести заседание, но, поскольку вопрос касался обсуждения его персональной деятельности, по настоянию большинства председательское место занял Булганин (позднее это будет поставлено Николаю Александровичу в вину). Бравшие поочередно слово Молотов, Маленков, Каганович и другие члены Президиума предъявили Хрущеву многочисленные претензии: нарушение принципа коллективности руководства, грубость, нетерпимость к мнению коллег, подавление инициативы и самостоятельности советских органов и выпячивание органов партийных, просчеты в руководстве сельским хозяйством, опасные зигзаги во внешней политике. Прозвучало предложение освободить Никиту Сергеевича от обязанностей главы партии. При голосовании голоса разделились в пропорции 7 к 4: глава правительства Н.А. Булганин, председатель президиума Верховного Совета СССР К.Е. Ворошилов, первые заместители председателя Совмина В.М. Молотов, Л.М. Каганович, М.Г. Первухин, М.З. Сабуров, заместитель председателя Г.М. Маленков высказались за смещение Хрущева, остальные члены Президиума — сам Н.С. Хрущев, секретари ЦК КПСС А.И. Кириченко и М.А. Суслов, первый заместитель председателя Совмина А.И. Микоян были против.
В ходе заседания Президиума, шедшего на протяжении четырех дней, в Кремль прибыла срочно собранная сторонниками Хрущева группа членов ЦК и потребовала встречи с заседавшими. Ей удалось вмешаться в работу собравшихся. Благодаря твердой, бескомпромиссной позиции маршала Г.К. Жукова и других членов ЦК отстранение Хрущева от власти не удалось. Вопрос был перенесен на срочно созванный пленум ЦК, проходивший целую неделю — с 22 по 29 июня. Поскольку в составе Центрального комитета большинство было за сторонниками Хрущева, пленум превратился в политическое избиение его оппонентов. Действо шло по привычным сценариям сталинской эпохи, когда «обвиняемые» имели право лишь оправдываться, каяться. Любые доводы в обоснование занятой ими позиции отвергались с ходу, выступления членов «антипартийной группы» то и дело прерывались грубыми репликами и прямыми оскорблениями.
По существу, на июньском пленуме произошло столкновение крайне правого ортодоксального крыла в Президиуме ЦК с умеренным центром. Победа правого крыла, по мнению историков, означала бы реставрацию сталинских порядков. Умеренный центр признавал необходимость десталинизации, осуждения сталинских репрессий и некоторой либерализации политического режима.
Вопрос о позиции Булганина в конфликте встал в первый же день работы пленума. Сразу же после информации-доклада М.А. Суслова, с которой началась работа пленума, первый секретарь ЦК ВЛКСМ А.Н. Шелепин попросил председательствовавшего Хрущева проинформировать, какую позицию занял глава правительства.