Советское командование решило произвести подъем затонувшей лодки, оказавшейся на глубине 27 метров. Немцы и финны делали все, чтобы не дать русским поднять лодку, поскольку знали, что на лодке есть опытные образцы новых акустических торпед. Финны подключили береговую артиллерию, немецкие катера сбрасывали глубинные бомбы на месте гибели лодки и даже пытались его минировать, но напрасно. В сентябре U-250 была поднята и отбуксирована в Кронштадт на экспертизу. Там на ней обнаружили торпеды Т-5, прозванные «Цаункёниг», или «Крапивник».
Позже с акустическими торпедами ознакомили британских моряков, и, когда Т-5 были запущены в серийное производство, английские конвои уже обзавелись устройствами-ловушками «Фоксер», позволявшими снизить возможные потери. Правда, применять «Фоксер» можно было на скорости не более 15 узлов.
5 августа U-679 снова появилась у советских берегов, только теперь в Нарвском заливе. В это время дивизион катеров-тральщиков проводил контрольное траление под охраной бронированного малого охотника БМО-522. Немецкая лодка, действовавшая очень дерзко, всплыла в 9.20 утра в трех милях от катеров и сразу начала их обстреливать из бортового орудия.
Отстрелявшись, U-679 ушла под воду, а через 28 минут снова всплыла, но опять под огнем охотника ушла на глубину. Когда через два часа БМО-522 снова обнаружил всплывшую лодку, прилетели два штурмовика Ил-2. Самолеты и катер сбросили бомбы по лодке, после чего на поверхности воды появились пузыри и масло. Через некоторое время самолеты снова отбомбились по масляному пятну, сбросил остатки запаса противолодочных бомб и БМО-522. Однако немецкая лодка осталась целой и практически невредимой, получив незначительные повреждения.
В августе 1944 года обстановка сильно изменилась — советские войска вышли к Балтийскому морю в районе Рижского залива. Вскоре, в середине сентября, капитулировала Финляндия, и немецкие минные заграждения, запиравшие Финский залив, потеряли свое значение. Советские подводные лодки вновь появились на Балтийском море, представляя большую опасность для германского судоходства. Все это, особенно появление русских вблизи шведского восточного побережья, вдоль которого шли транспорты с рудой для Германии, вынудило Швецию с 26 сентября 1944 года прекратить поставки железной руды. Коммуникация была практически ликвидирована.
Наступление советских войск продолжалось, и перед Кригсмарине ставились все более серьезные задачи по доставке морским путем военных грузов или эвакуации личного состава с блокированных участков фронта. К многочисленным транспортным заданиям флота в последние месяцы войны прибавилась необходимость эвакуировать морским путем на запад беженцев из германских восточных областей. С этого момента до самого конца войны корабли Кригсмарине и суда торгового флота, непрерывно действовавшие на Балтийском море, выполняли именно эти операции.
Тем временем германские лодки продолжали патрулирование в восточной части Балтики. 4 ноября злополучная U-679 снова вышла в море из Либавы, в этот раз под командой другого командира, обер-лейтенанта Эдуарда Ауста. 18 ноября в девяти милях северо-западнее Палдиски Ауст потопил сторожевой катер СК-62, а 27 ноября недалеко от Таллина — тральщик Т-387.
9 января 1945 года шесть советских тральщиков в устье Финского залива выставили противолодочное минное заграждение, на котором позже погибло несколько немецких субмарин. Во время постановки у острова Пакри МО-124, эскортировавший с двумя другими катерами отряд минных заградителей, неожиданно установил контакт с подводной целью. Командир катера приказал сбросить весь боезапас глубинных бомб. Видимость была очень плохой, и никаких следов на поверхности воды не заметили, но, как выяснилось позже, под бомбами МО-124 погибла лодка U-679 вместе со всем экипажем.
Уже в самом конце войны, 5 мая 1945 года, самолеты 88-й британской эскадрильи атаковали и повредили в Балтийском море новую, вставшую в строй в сентябре 1944 года, большую немецкую лодку типа XXI — U-3503. Проторчав в море еще несколько дней, обер-лейтенант Диринг, убедившись, что война проиграна, затопил субмарину у Гетеборга в шведских водах, чтобы экипаж получил статус интернированного, а не сдавшегося в плен. Шведы очень оперативно провели судоподъемные работы силами спасателей военно-морского флота, и в августе 1946 года лодка была поднята, а позже оказала очень серьезное влияние на конструирование первой серии шведских послевоенных субмарин.