Однако англичане, наученные горьким опытом Первой мировой, практически с первых дней новой войны ввели систему конвоев. 7 сентября из Англии в США вышел первый конвой, а 16 сентября — конвой из Галифакса в Англию. Конвои, состоявшие обычно из 40–50 транспортов, сопровождались 3–4 кораблями охранения в пределах 200-мильной зоны от берега, дальше транспорты следовали самостоятельно. Однако часто силы эскорта были малочисленны — случалось, что лишь пара кораблей прикрывала целый конвой. Воздушное патрулирование эффективно осуществлялось только в Ла-Манше и над Северным морем.
В сентябре немцы потопили в Атлантике более 150 000 тонн торгового тоннажа. И в Северном море немецкие субмарины также получали боевые задания в рамках призового права и действовали главным образом против нейтральных судов, в основном скандинавских. В октябре английское адмиралтейство призвало по радио таранить германские подводные лодки. На этот призыв откликнулись даже нейтральные транспорты. Действовавшая в Северном море U-3 под командованием капитан-лейтенанта Йоахима Шепке едва не была протаранена шведским судном «Гун». Лодка уклонилась от тарана, лишь дав дизелям максимальные обороты. После этого судно было потоплено.
Бороться против торгового флота в соответствии с призовым правом становилось все труднее, особенно в прибрежных районах, где сходились морские пути. При обнаружении немецких подводных лодок конвои стали использовать маневр уклонения от районов их развертывания, что заставляло немцев периодически посылать свои субмарины непосредственно к английским базам. У баз условия поиска улучшались, но под воздействием сил противолодочной обороны увеличились и потери лодок, что сразу обеспокоило Деница.
Подводная война, становившаяся все более сложной, опасной и ожесточенной, требовала от командиров субмарин отличного знания специальности, выдержки и упорства. Самым опасным и действенным противником подводных лодок становился самолет. В начале войны над морскими просторами патрулировали в основном тяжелые летающие лодки типа «Сандерлэнд», от которых можно было скрыться. Но затем все чаще стали появляться самолеты, базировавшиеся на палубы грузовых судов, крейсеров охранения конвоев, а также самолеты с авианосцев, используемых на западных подходах к Англии.
Кстати, первой немецкой подлодкой, одержавшей победу над самолетом, стала все та же злополучная U-30 под командованием Лемпа. 14 сентября 1939 года лодка была обнаружена бомбардировщиками с авианосца «Арк Ройял» и атакована противолодочными бомбами. Все это произошло на такой малой высоте, что самолеты, которые зацепила ударная волна от взрывов, рухнули в море. Выждав паузу, U-30 всплыла и взяла на борт двух спасшихся пилотов.
В тот же день сам авианосец «Арк Ройял», несший службу в 150 милях от Гебридских островов, был атакован субмариной U-39 под командованием капитан-лейтенанта Герхарда Глаттеса с дистанции 22 кабельтовых. Но выпущенные лодкой три торпеды с магнитным взрывателем взорвались, не достигнув цели. Обнаружившая себя подлодка подверглась атаке сразу трех эсминцев из состава охранения авианосца. Субмарину потопили, а членов ее экипажа подняли на борт «Арк Ройял». Это была первая потеря подводного флота Германии.
Следующую атаку немцев, проводившуюся по тому же самому противолодочному дозору в двухстах милях к западу от Ирландии, уже можно было расценивать как начало серьезных ударов. 17 сентября U-29 под командованием капитан-лейтенанта Отто Шухарта потопила британский авианосец «Корейджес» (18 600 брт) с 519 военнослужащими и 24 самолетами на борту. Всем членам экипажа немецкой субмарины пожаловали по Железному кресту II степени, а Шухарт получил сразу два: I и II степени. Гибель авианосца произвела на англичан сильное впечатление, и после этих событий в Великобритании отказались от использования авианосцев в системе противолодочной обороны торговых коммуникаций.
Но успехи немцев тут же сменялись неудачами. 19 сентября Дениц узнал о гибели лодки U-27 корветен-капитана Йоханеса Франца: ее забросали глубинными бомбами английские эсминцы «Форестер» и «Форчун». Весь экипаж попал в плен.
На подходах к своим базам и портам — у восточных берегов метрополии, в Дуврском проливе и на Фарерско-Исландском пороге — англичане начали ставить минные заграждения. На одной из мин при форсировании Дуврского пролива 13 октября подорвалась и погибла U-40 корветен-капитана Вольфганга Бартена. Из 41 члена экипажа спаслись только трое.