Вскоре эсминец неожиданно начал менять курс, и его топовый огонь отклонился в сторону. Несмотря на небольшое расстояние, англичане, похоже, так и не заметили лодку, которая уже подошла к проливу. Эсминец отвернул, чтобы, вероятно, продолжить поиск на рейде. Через пару минут далеко позади раздались разрывы глубинных бомб. Даже если теперь англичане постараются воспрепятствовать выходу подводной лодки, это им не удастся — U-47 уже вошла в пролив и в конце концов благополучно миновала затопленные брандеры, пройдя над ними всего в нескольких сантиметрах.
Несмотря на успех, поставленная перед U-47 задача была решена не полностью — ведь главных сил Королевского флота в тот момент в Скапа-Флоу не оказалось. Но вины Прина, который сделал все возможное и невозможное, чтобы выполнить приказ, здесь, конечно же, не было. Всего лишь за сутки до прорыва Прина на рейде, по сведениям германской авиаразведки, находились авианосец, 10 крейсеров и пять других крупных кораблей.
В том, что произошло в Скапа-Флоу, была вина и британского казначейства. Считая установленные в проливе Кёрк заграждения недостаточными, адмиралтейство за две недели до происшествия решило приобрести стоявшее на приколе в Лондоне старое большое судно, чтобы затопить его в проливе. Однако сумма, запрошенная владельцем за старую посудину, показалась завышенной. Тем не менее адмиралтейство, продолжая настаивать на необходимости приобретения судна, все-таки добилось от казначейства выделения нужных средств. Но, несмотря на это, судно продолжало находиться в порту: расходы по его содержанию увеличились, и владелец снова стал повышать цену. Адмиралтейству пришлось просить дополнительные ассигнования и доказывать необходимость усиления защиты флота в Скапа-Флоу. Не в меру скупое английское казначейство отказалось дать дотацию. Лишь после долгих переговоров и доказательств оно наконец раскошелилось. Но, увы, по горькой иронии судьбы, как раз 13 октября, то есть в тот день, когда основные силы британского военно-морского флота вышли из Скапа-Флоу, а Прин вслед за этим ночью проник в бухту, закупленное старое судно только выводилось из лондонского порта.
Через несколько дней после прорыва Прина на Скапа-Флоу совершили налет немецкие самолеты. Их нападение было предпринято скорее для запугивания, поскольку никакого флота, временно распределенного по другим гаваням, здесь уже не было.
В Вильгельмсхафене U-47 встречала ликующая толпа, оркестр и командование флота во главе с гросс-адмиралом Редером. Успех Прина еще выше поднял дух немецких подводников, а слава ее командира перешагнула границы Германии. Экипаж подводной лодки U-47 был награжден Железным крестом II степени, а сам Прин удостоился Рыцарского креста из рук Гитлера, когда весь экипаж лодки предстал перед фюрером в Берлине. В тот день толпы людей на берлинских улицах скандировали: «Мы хотим Прина!» Вечером герои прошлись по ночным клубам, где в их честь был даже отменен запрет на танцы.
С этого момента Прин стал кумиром Третьего рейха, но слава не слишком его испортила. На его лодке по-прежнему царила железная дисциплина, а сам Прин пользовался любовью у подчиненных и коллег за чувство юмора, личную храбрость и высокий профессионализм. По статистике Кригсмарине, всего за время участия подводной лодки Прина в боевых действиях ею было потоплено судов противника общим водоизмещением 164 959 брт. Прин стал пятым германским офицером, получившим Дубовые листья к Рыцарскому кресту. Долгое время он считался в Германии «подводником номер один». Хотя после войны выяснилось, что он «всего лишь» на девятом месте. Первым оказался Отто Кречмер, одержавший 44 победы и «выдавший» максимальный тоннаж — 266 629 брт.
Карьера блистательного корветен-капитана Прина оборвалась через 17 месяцев. В тот день ни шарф жены, ни трогательные письма детей, которые он всегда брал с собой в каждый боевой поход, не уберегли его от гибели.
8 марта 1941 года во время атаки союзнического конвоя субмарина Гюнтера Прина вместе со всем экипажем из 45 человек была уничтожена кораблями сопровождения английского командора Джеймса Ройленда. Командование Кригсмарине долго скрывало гибель экипажа Прина и лишь 23 мая обнародовало эту горькую для Германии весть. Однако там долгое время упорно распространялись самые невероятные слухи о судьбе Прина и его матросов. Поговаривали даже, будто экипаж U-47 взбунтовался и попал в штрафбат где-то на Восточном фронте, что будто бы Прин оказался в лагере близ Эстервегена. Но Прина уже никто не мог воскресить. Осознание этой истины повергло в траур всю Германию.