Теперь с проблемами вооружений столкнулись и англичане. Дело было в том, что английская авиация применяла против немецких субмарин стофунтовые бомбы, которые, однако, не уничтожали лодку даже при прямом попадании. Как выяснилось позже, из 23 подводных лодок, потерянных Германией с начала войны до июля 1940 года, британские летчики не потопили ни одной! Только после нескольких ошибочных атак и попаданий в свои лодки англичане обнаружили низкую эффективность авиационных бомб. С июля английские летчики начали применять глубинные бомбы, а в августе в борьбу с немецкими лодками включилась 502-я эскадрилья самолетов типа «Уайтлей», с новыми радиолокационными станциями. И все же из-за слабой подготовки летного состава результаты атак оставались низкими. Только 6 января 1941 года самолет типа «Сандерленд» в 150 милях к западу от мыса Врат уничтожил итальянскую лодку в момент ее погружения. Это была первая победа самолета над подводной лодкой во Второй мировой войне.
В августе 40-го английская авиация увеличила радиус действий, что заставило немецкий подводный флот перенести свою активность против торгового судоходства дальше от побережья Англии — в Атлантику. Основным районом боевых действий немцев являлась зона, охватывавшая западную часть выхода из Ла-Манша, западную часть Бискайского залива и Атлантический океан к югу от Ирландии, воды, омывающие острова Силли, а также район, протянувшийся вдоль побережья Португалии до Гибралтарского пролива.
Практически все атаки совершались лодками ночью в надводном положении, обеспечивавшем большую свободу маневрирования. С этого момента на охоту вышли «волчьи стаи» Деница. Молодые немецкие командиры показывали свое нетерпение, опасаясь, что не попадут в действующий флот. Дениц не уставал напоминать им, что борьба будет длительной. «Только не торопитесь! Война еще успеет вам надоесть. Не забывайте, что мы воюем против сильнейшей морской державы мира», — говорил он.
В августе — сентябре 1940 года «семерка» U-101 капитан-лейтенанта Фрица Фрауенхейма за один поход израсходовала все 14 торпед и уничтожила 11 судов водоизмещением 58 000 брт. Атакуя конвои и крупные транспорты, лодки стреляли залпами по две-три торпеды в каждом. Пользуясь большой надводной скоростью, субмарина днем следовала за конвоем на значительном удалении, а с наступлением сумерек сближалась и начинала атаку из надводного положения. Если не было преследования, подлодка перезаряжала аккумуляторы и вторично атаковала конвой.
В сентябре 1940 года U-100 под командованием Йоахима Шепке в течение двух ночей подряд многократно атаковала суда одного и того же конвоя, потопив в результате семь и повредив один транспорт общим водоизмещением 50 340 брт. Английской системе конвоев был нанесен первый серьезный удар.
Англичане тоже не спали. В Бискайском заливе базировалось более 100 немецких лодок, что заставило британцев развернуть против них боевые действия прямо на выходе из баз. Осенью английская авиация поставила у Бреста и Лориана магнитные мины. Здесь же заняли позиции блокирующие английские лодки. Хотя вначале блокада баз Бискайского залива была малоэффективной, 20 августа английской подлодке «Кашалот» у Лориана удалось уничтожить U-51 капитан-лейтенанта Дитриха Кнорра. Весь экипаж лодки, за свою жизнь успевшей отправить на дно шесть транспортов, в составе 43 человек погиб. В последующие месяцы противолодочная оборона немцев в районе бискайских баз непрерывно усиливалась, и их лодки беспрепятственно выходили в Атлантику.
В сентябре немецкая дешифровальная служба «Б-динст» за четыре дня до срока установила место встречи следовавшего из Северной Америки большого конвоя SC-2 с кораблями охранения, высланными из Англии. Четырем подводным лодкам был отдан приказ найти конвой в Атлантике. Одной из них, U-47 Гюнтера Прина, удалось обнаружить транспорты в указанное время. Однако погода нарушила все планы. Тем не менее, несмотря на восьмибалльный ветер и сильное волнение, немецким субмаринам 10 сентября удалось потопить пять судов. При этом подводная лодка Прина расстреляла все торпеды, кроме одной. Оставшись без боекомплекта, U-47 была вынуждена в оставшееся время нести метеослужбу примерно в 600 милях от западного английского побережья и два раза в сутки передавать метеосводки, необходимые для немецкой бомбардировочной авиации, совершавшей налеты на Англию.