С того дня неудачи одна за другой стали преследовать Люшкова. Его давние покровители Леплевский и Балицкий не смогли поделить между собой власть в Киеве. Ежов принял сторону Леплевского. В мае Балицкого сняли с должности наркома внутренних дел Украины и направили с понижением начальником УНКВД по Дальневосточному краю. Леплевский, заняв его кресло, вспомнил прошлые обиды. К августу 1937 года были сняты с должностей и затем арестованы все заместители Балицкого, большинство начальников отделов центрального аппарата и областных управлений на Украине. В своей мести Леплевский зашел так далеко, что бывших выдвиженцев Балицкого оперативные группы арестовывали по всей стране. В далеком Ташкенте отыскали начальника второстепенного 3‐го отдела Рахлиса. Вскоре был арестован и сам Балицкий.
Люшков на первый взгляд мог не опасаться, Леплевский находился в фаворе, и волна репрессий миновала его. Зато новый выдвиженец Сталина — начальник Главного управления госбезопасности (ГУГБ) НКВД СССР Михаил Фриновский, тесно связанный с Евдокимовым и много лет проработавший в органах на Северном Кавказе, не простил Люшкову разоблачений «чекистов-перерожденцев» в УНКВД по Азово-Черноморскому краю и начал копать под него. Вывел Люшкова из-под удара Фриновского сам Ежов. С ним Люшков познакомился в Ленинграде во время работы по расследованию дела об убийстве Кирова. Тогда, по поручению Сталина, по линии партии Ежов как ее представитель курировал ход расследования, а Люшков с позиций органов вел оперативную разработку. В результате их «активной работы» свыше 20 тысяч питерских партийно-хозяйственных и чекистских кадров попали под репрессии. Ежов помнил об этом и, не желая столкновений Фриновского с Люшковым, «развел» их по дальним углам.
31 июля 1937 года Люшков получил назначение на должность начальника УНКВД по Дальневосточному краю, сменив на этом посту комиссара 1‐го ранга Дерибаса. Приступив к работе, он всячески старался отвести от себя нависшую опасность и с учетом «ростовского опыта» рьяно взялся за «выкорчевывание» в партийных организациях края и органах госбезопасности троцкистов, зиновьевцев и прочих «замаскировавшихся врагов».
Первым, в ком Люшков распознал «врага», был не кто иной, как его предшественник Дерибас. Он оказался «главным организатором в крае «правотроцкистского Дальневосточного центра». Выбить из Дерибаса нужные показания для команды костоломов Люшкова не составило большого труда. После чего оставалось только заполнить схему заговора исполнителями. Их долго искать не пришлось, все они были под рукой — заместители Дерибаса Семен Западный и Иосиф Барминский; последнего попутно сделали «японским шпионом». «Заговорщики», естественно, действовали не в одиночку и «втянули в свою преступную деятельность перерожденцев-предателей» — начальников областных управлений НКВД Леонида Липовского, Сергея Сидорова, Александра Лавтакова и других. Волна репрессий докатилась до последнего опера.
Под руководством Люшкова очистка органов госбезопасности и партийного аппарата Дальневосточного края от «врагов народа» и «изменников» шла такими темпами, что лимиты на приговоры «троек» по «первой категории» — расстрел (2000 человек) и «второй категории» — осуждение к длительным срокам (4000 человек) были исчерпаны к октябрю 1937 года. В наркомате пошли навстречу его настойчивым просьбам и пересмотрели их в сторону увеличения.
От такой работы Люшкова был в восторге первый секретарь Дальневосточного крайкома ВКП(б) Иосиф Варейкис. В письме к Сталину от 8 сентября 1937 года он писал:
«…После приезда в край нового начальника НКВД Люшкова было вскрыто и установлено, что также активную роль в правотроцкистском Дальневосточном центре занимал бывший начальник НКВД Дерибас … — и далее отмечал: — Только среди работников железных дорог были выявлены и расстреляны 500 шпионов».
В конце письма Варейкис заверял товарища Сталина в том, что «партийные организации и дальше будут беспощадно бороться с «перерожденцами».
Когда он писал эти строки, то вряд ли предполагал, что «новый начальник НКВД Люшков» уже копает яму и под него. Не прошло и месяца после письма Варейкиса Сталину, как его освободили от должности и вызвали в Москву для объяснений в ЦК ВКП(б). До столицы он так и не доехал, был снят с поезда и арестован. Объяснения ему пришлось давать не в ЦК ВКП(б), а в камере на Лубянке. Следователь НКВД не стал их слушать, а предъявил Варейкису обвинение в организации «правотроцкистского Дальневосточного центра». Того самого центра, который еще недавно тот громогласно громил с партийных трибун и утверждал расстрельные списки на его участников.