10 апреля 1939 года Ежова арестовали. Вслед за этим началась очередная зачистка органов от ставших уже ненужными и опасными исполнителей воли Вождя. В камеры внутренней тюрьмы один за другим последовали другие руководители НКВД: Михаил Фриновский, Израиль Леплевский, Николай Николаев-Журид, Николай Федоров и Исаак Шапиро. К середине 1939 года были сняты со своих должностей почти все наркомы внутренних дел союзных и автономных республик, большинство начальников УНКВД краев и областей.
Так сами разоблачители «врагов народа» пополнили собой их списки. Специальные комиссии из ЦК ВКП(б) и сотрудников наркомата, назначенных Берией, занялись пересмотром тех дел, что фабриковали подчиненные Ежова. По результатам проверки часть жертв была реабилитирована, а те, кто уцелел после «следственного конвейера ежовщины», вышел на свободу из тюрем и лагерей. Таких оказалось свыше двухсот тысяч человек.
Не обошли стороной эти перемены и Павла Анатольевича. Партийное расследование «о его враждебной деятельности» было приостановлено. Теперь все зависело от того, куда качнется чаша весов в руках нового наркома Берии. А тому, похоже, пока было не до Судоплатова, так как приходилось разгребать «завалы врага народа Ежова». Затихли и злопыхатели Павла Анатольевича. Молчал и «большой партком» — ГУГБ НКВД СССР, где в течение восьми месяцев пылились материалы персонального дела бывшего коммуниста Судоплатова.
14 июля 1939 года, наконец, состоялось заседание бюро парткома ГУГБ НКВД СССР. Началось оно с заслушивания Павла Анатольевича по существу обвинений, предъявленных ему на партийном собрании 5‐го партколлектива ГУГБ НКВД от 23 ноября 1938 года. Вот что он сказал членам бюро:
«…В части отношений с разоблаченным врагом народа СОБОЛЬ и ее мужем. Мы с ней дружили, в особенности после того, как моя жена с ней познакомилась в доме отдыха, с ее мужем я не дружил. О ее преступной деятельности я ничего не знал.
Вопрос о ГОРОЖАНИНЕ: вся эта история тянется долгое время. Надо сказать, что, когда я приехал в прошлом году из командировки, меня везде поздравляли с успешным выполнением задания партии и правительства, а вот в ноябре меня исключают из партии.
По существу личных отношений с ГОРОЖАНИНЫМ: у меня не было сведений о том, что он подписывал «платформу 83». Я не знал, и это даже меня поразило, ибо я его знал как ответственного работника. На Украине он руководил операциями по троцкистам, и для меня было непонятно, как он может вдруг сам оказаться троцкистом, поэтому я выступал на партсобрании и говорил, что это дело нужно расследовать. Когда мне разъясняли все это дело, я согласился с этим и на партсобрании голосовал за его исключение.
О БЫСТРОЛЕТОВЕ: сначала мне говорили, что я никакого участия не принимал в розыске и аресте БЫСТРОЛЕТОВА, несмотря на то, что имеются на него мои докладные записки и рапорта. Могло случиться так, что я в это время писал о БЫСТРОЛЕТОВЕ спецсообщение, а мог работать, так как мы знаем людей по кличкам.
Я неоднократно ставил вопрос об аресте БЫСТРОЛЕТОВА перед ШПИГЕЛЬГЛАЗОМ. По тем данным, которыми я располагаю, ПАССОВ пришел к нам в отдел в апреле, а он был уволен в январе. Следователь ПАССОВ не мог знать этого человека. Между тем, я все время твердил, что этот человек не арестован.
Как-то я зашел к ШПИГЕЛЬГЛАЗУ, смотрю: он бегает по комнате взад-вперед и кричит: «Я — японский шпион, я — японский шпион». И тут же мне сказал, что ему передали ключи от сейфа и в нем обнаружили материалы, в которых он изобличается как японский шпион. В это время следствие шло полным ходом, и если бы я подал заявление, оно бы ничем не помогло, поэтому ничего и не писал. ШПИГЕЛЬГЛАЗ тут же вызвал одного из начальников отделения и дал ему распоряжение, чтобы он принес ему дело, в котором имеются материалы о его борьбе с японской разведкой на ДВК.
Я считаю, что все эти обвинения, которые мне приписывают, я их не заслуживаю, единственно то, что я действительно дружил с СОБОЛЬ…»
После разъяснений Павла Анатольевича последнее слово оставалось за членами бюро «большого парткома». Оно, вероятно, уже было предопределено сверху. На этот раз Павлу Анатольевичу не пришлось выслушивать вздорных обвинений. Заслушивание покатилось не по обвинительной колее. И здесь лучше снова обратиться к беспристрастным строчкам протокола.
«Вопрос СУДОПЛАТОВУ:
— Вот вы говорите, что дело ГОРОЖАНИНА вас ошарашило, в каком году это было?
— Это было в 1936 году.