Зато на Старую Руссу обрушились новые беды: то мор, то пожары, то войны. Рушане пытались вернуть икону, но тихвинцы воспротивились, считая ее уже своей святыней... И так продолжалось ровно три столетия.
1571 г. Сухое лето. “Ставили на избах бочки с водою у дымниц, да веники на шестах”. Было запрещено топить в помещениях. Жители сооружали печи для хлеба на огородах... Лишь 17 июня “во весь день было мрачно, да и дождь весь день шел, да и день студен был...”. А затем мороз побил яровые и озимые хлеба. На Руси вспыхнул “мор силен, якоже многие грады и села запустеша”. Летописи молчат о потерях в Старой Руссе, но можно судить по Новгороду, где погибло десять тысяч. И это после Иванова погрома!
1572 г. 9 января видели полярное сияние: “...ходили всякими цветы по всему небеси”. 18 января “был вихрь велик”, с утра буря, буран, сильнейшая снежная метель. “Весна стала рано...”. 3 июня и в течение еще двух дней сильная дождевая буря, вырывало с корнями деревья. На Ильмене утонуло государственных казаков 80 человек... А “лето ведрено добре, и тепло и знойно”. Эпизоотия — “пали лошади и рогатый скот”. 27 сентября “много по дорогам червей ползло”. 30 сентября опять полярное сияние: “...по всему небеси лучи были, аки вода на море ветром колебалась, да ти лучи по всем небеси ходили всякими цветы и до света”.
Бесчинства опричников и разорительная Ливонская война губительно отражались на хозяйстве и положении населения, в особенности крестьянства. Иван получил в народе прозвище “Грозного”, отразившее представление о нем, как о могущественном правителе, но и царе-тиране, деспоте. Беспримерными ужасами испытав неизменную верность россиян и не видя и тени сопротивления, истребив гордых сподвижников и заменив их безмолвными угодниками, Иван, к внезапной радости подданных, вдруг уничтожил опричнину, которая семь лет служила губителю и терзала государство.
Исчезло страшное имя с гнусным символом и безумное административное разделение. Опальная земщина опять называлась Россией, опричники пополнили ряды обыкновенных чиновников и воинов, имея уже не атамана, а царя единого для всех. Тиранство казалось утомленным, но, увы, только дремлющим, время от времени пробуждающимся.
И это все, естественно, сказывалось на внешней политике. Наиболее сильным ударом было избрание на польский престол воинственного, деятельного и умного Стефана Батория, который и корону получил, пообещав вернуть завоеванное Иваном в последнее время.
1579 г. Летом Россия вела только оборонительные бои. Царь с большой армией двигался в Новгород, когда услышал, что его войска в Ливонии разбиты на голову соединенными польскими и шведскими силами, и Баторий с опытной венгерской пехотой 29 августа подошел к Полоцку... Дойдя до Пскова Иван узнал о новом поражении: опустошении Смоленской области, захвате неприятелем Карелии и Ижорской земли. Все его высокомерие исчезло. Он пришел в ужас и направился в Москву.
Между тем отдельные польские отряды уже прорывались в южное Приильменье.
1580 г. В конце августа, сокрушив Полоцк, Баторий осадил Великие Луки и 6 сентября взял их. Затем пали один за другим еще несколько городов. Реальная угроза нависла над южным Приильменьем.
1581 г. Февральским воскресным днем в Старую Руссу ворвался литовский воевода Филон Кмита, который шел Ловатью от Великих Лук и Холма. Когда на помощь прибыли войска, они увидели лишь закопченные здания церквей, да кое-где уцелевшие от пожара посадские избы.
С трудом оправлялся от набега древний город. Выручало солепроизводство, к счастью, мало пострадавшее от непродолжительного пребывания ворогов. Но едва миновало лето, как к многострадальной Руссе подступили польско-литовские войска воеводы Михаила Гарабурды. Отважно бились русские люди даже после трусливо бежавших воевод Дмитрия Замыцкого, Ивана и Дмитрия Салтыковых. Остался с рушанами и храбро сражался князь Василий Муса-Туренин. Многие сложили свои головы, а раненого князя захватили в плен. То, что уцелело от недавнего нашествия, разграбили или уничтожили. С тех пор в городе и утвердилась поговорка: “точно Литва прошла” или “словно литовское разорение”.