Жыгімонт Ваза нарадзіўся ў Швецыі 20 чэрвеня 1566 г. у Грыпсгольме ў сям'і шведскага прынца Яна (па-шведску Юхана), другога сына шведскага караля Густава I, заснавальніка каралеўскай дынастыі Вазаў, брата шведскага караля Эрыка XIV. Бацька Жыгімонта меў тытул герцага фінляндскага і кіраваў Фінляндыяй (тады Фінляндыя ўваходзіла ў склад Шведскага каралеўства). А маці Жыгімонта — Кацярына Ягелонка (1526–1583) — была дачкою караля польскага і вялікага князя літоўскага Жыгімонта Старога і Боны Сфорцы. Яна была старэйшая за мужа на 11 гадоў. Сын ад гэтага шлюбу быў названы ў гонар дзеда і меў усе падставы, каб потым прэтэндаваць на троны ў Кракаве і Вільні.
У гэты час у Швецыі вялася шматгадовая міжусобная барацьба паміж двума братамі — Эрыкам XIV і герцагам фінляндскім Юханам. Часова перамог кароль, які ўмацоўваў каралеўскую ўладу і абмяжоўваў уладу герцагаў, сваіх братоў на месцах. Юхан разам з жонкаю апынуўся ў замку, зняволены па загаду брата. Тут, у няволі, і нарадзіўся Жыгімонт. Але неўзабаве лёс палоннікаў змяніўся. Юхан вызваліўся і разам са сваімі прыхільнікамі атрымаў перамогу над каралём. Рыксдаг (парламент) скінуў Эрыка з трона і ў 1568 г. абвясціў каралём Швецыі Юхана III. Эрык быў у сваю чаргу зняволены пажыццёва і ў 1577 г. памёр у вязенні.
Маленькі Жыгімонт стаў кронпрынцам Швецыі, нашчадкам свайго бацькі-католіка. Маці і езуіты выхоўвалі яго ў каталіцкай веры, якой ён застаўся адданы на ўсё жыццё. Але гэта ўскладняла яго становішча ў пратэстанцкай Швецыі. Жыгімонт атрымаў добрую адукацыю. Размаўляў па-шведску, па-польску, па-беларуску, ведаў лацінскую, італьянскую, нямецкую мовы.
У 1586 г. у Гародні памёр кароль польскі і вялікі князь літоўскі Стафан Баторый. Удава караля, родная цётка Жыгімонта — Ганна Ягелонка — прапанавала кандыдатуру пляменніка на трон, аргументуючы гэта паходжаннем Жыгімонта Вазы па жаночай лініі ад Жыгімонта Старога. Кандыдатуру Жыгімонта падтрымаў уплывовы магнат, канцлер вялікі каронны і гетман вялікі каронны Ян Замойскі і сярэднемаянтковая шляхта. Яны былі супраць кандыдатуры другога прэтэндэнта — эрцгерцага аўстрыйскага Максіміліяна, брата германскага імператара. Частка шляхты падтрымала эрцгерцага. На выбарчым сойме 1587 г., дзе амаль не было прадстаўнікоў Вялікага Княства Літоўскага, Жыгімонт Ваза быў абраны каралём у Рэчы Паспалітай — гэта значыць каралём польскім і вялікім князем літоўскім.
Частка польскай шляхты абрала каралём Максіміліяна, які з вайсковымі атрадамі ўступіў на тэрыторыю Польшчы і нават асадзіў Кракаў, але быў адбіты, а потым разбіты і ўзяты Я. Замойскім у палон. Ён мусіў адмовіцца ад кароны і быў адпушчаны ў Аўстрыю.
Жыгімонт Ваза ўсё ж пачуваўся на троне Рэчы Паспалітай няпэўна. Ён імкнуўся атрымаць падтрымку літоўскіх-беларускіх магнатаў і шляхты. Таму адным з першых крокаў ягонай палітыкі было выданне ў Кракаве 28 студзеня 1588 г. прывілея, які зацвярджаў III Статут Вялікага Княства Літоўскага, Рускага і Жамойцкага. Статут падкрэсліваў самастойнасць гэтае дзяржавы («панства»), як і да Люблінскай уніі 1569 г. А польская шляхта прызнавалася «суседзямі», «чужаземцамі» і не мела права набываць і атрымліваць у Вялікім Княстве маёнткі і дзяржаўныя пасады. За шляхтай замацоўваліся шматлікія прывілеі. Тым самым Жыгімонту была гарантаваная падтрымка Літоўскага-Беларускага гаспадарства.
Але ў самой Польшчы, дзе амаль увесь час знаходзіўся Жыгімонт, малады кароль не толькі не з'яднаў шляхты, але даволі хутка паспеў сапсаваць стасункі з Янам Замойскім і большасцю шляхты. Гэтаму спрыяла ягоная палітыка збліжэння з Габсбургамі і Германскай імперыяй. Нават двойчы (1592 і 1605 гг.) ён ажаніўся з аўстрыйскімі эрцгерцагінямі, дарэчы, сёстрамі. Да таго ж Жыгімонт абкружыў сябе езуітамі, чужаземцамі і вузкім колам магнатаў, што не вельмі падабалася вольналюбівым палякам. Не падабалася ім і тое, што кароль не выканаў перадвыбарчых абяцанняў — не перадаў Эстонію, што была ў складзе Швецыі, у склад Рэчы Паспалітай.
У 1592 г. памёр бацька Жыгімонта кароль Швецыі Юхан III, і Жыгімонт заняў і шведскі трон. На Балтыйскім моры яго валоданні займалі большую частку зямель — ад Гданьска да нарвежскай мяжы са Швецыяй. Але Жыгімонт не выкарыстаў магчымасцяў, каб аб'яднаць свае каралеўствы і Вялікае Княства Літоўскае. Гэта быў ганарлівы, упарты і флегматычны чалавек, нерашучы і схільны да парадаў сваіх прыдворных.