Галоўнай сваёй мэтай ён паставіў знішчыць у Рэчы Паспалітай рэфармацыю і вярнуць былыя пазіцыі каталіцкай царкве пры падтрымцы ордэна езуітаў. Такая палітыка толькі раз'ядноўвала грамадства і жаданых усеагульных поспехаў не мела. Цалкам правалілася яна ў Швецыі. Другой ягонай мэтай было ўмацаванне каралеўскай улады, а гэта ў Рэчы Паспалітай сустракала жорсткі адпор з боку шляхты і магнатаў.
З дазволу сойма Жыгімонт паехаў у Швецыю, каб прыняць уладу і каранавацца, аднак, ад'язджаючы назад у Кракаў, вымушаны быў пакінуць рэгенцтва (кіраванне замест сябе) свайму роднаму дзядзьку Карлу, герцагу сёдэрманландскаму, пратэстанту, а не католіку, як неўзабаве высветлілася, кіраўніку апазіцыі каралю. Яшчэ адна паездка ў Швецыю толькі падштурхнула выбух. У 1599 г. шведскія дваране-пратэстанты на сойме скінулі Жыгімонта з трона, а ў 1604 г. абвясцілі ягонага дзядзьку, рэгента, каралём Карлам IX. Цяпер Жыгімонт рабіў намаганні, каб вярнуць сабе шведскую карону. Ён пачаў рыхтаваць вайну, якая праходзіла потым на тэрыторыі Прыбалтыкі.
Жыгімонт падтрымаў у 1596 г. падчас абвяшчэння Берасцейскай царкоўнай уніі іерархію і царкоўны сабор уніяцкай царквы на Беларусі і Украіне, аднак не дапусціў епіскапаў гэтай канфесіі ў склад сената Рэчы Паспалітай. Як шчыры католік Жыгімонт усяляк падтрымліваў ідэю царкоўнай уніі і дапамагаў яе праводзіць, але як палітык і галава дзяржавы вымушаны быў зыходзіць з рэальнага становішча ў Рэчы Паспалітай, а таксама дбаць аб яе знешнепалітычных інтарэсах. Таму кароль, заступнік езуітаў, прычыніўся да пастаноў сойма Рэчы Паспалітай 1609, 1618 і 1631 гг., якія гарантавалі правы праваслаўных.
Не толькі кароль Жыгімонт Ваза, але і група магнатаў і шляхты прапанавалі здзейсніць план далучэння Маскоўскага царства да Рэчы Паспалітай як члена федэрацыі, побач з Польшчай і Літоўскай-Беларускай дзяржавай. Жыгімонт і кіруючыя колы Рэчы Паспалітай разлічвалі таксама на правядзенне царкоўнай уніі ў Маскоўскай дзяржаве. У крайнім выпадку згаджаліся на саюз з Масквой, але з царом, які быў бы абавязаны трону, або з каралевічам польскім у якасці цара.
Жыгімонт падтрымаў Ілжэдзмітрыя I, даў яму дапамогу і дазволіў вербаваць у сваё войска польскую, літоўскую-беларускую і рускую-ўкраінскую шляхту. Калі ж Ілжэдзмітрый I быў забіты, а самазванец Ілжэдзмітрый II (дарэчы, выхадзец з ВКЛ) не здолеў узяць Маскву і стаў лагерам каля яе ў сяле Тушына, Жыгімонт пачаў дзейнічаць самастойна.
Ужо з 1600 г. ён вёў вайну са Швецыяй. У 1605 г. польскае і літоўскае-беларускае войска на чале з гетманам вялікім літоўскім Янам Каралем Хадкевічам нанесла смяротны ўдар шведскім войскам каля Кірхгольма (Саласпілс), на поўдзень ад Рыгі. Шведскае войска мела трохразовую колькасную перавагу, але не вытрымала ўдараў конніцы, асабліва палка Яна Пятра Сапегі. Падчас бітвы ў Хадкевіча было 2400 коннікаў і 1000 пехацінцаў. У шведаў — 10 800 салдат, у тым ліку 5000 коннікаў. Кароль Карл IX мусіў з нязначнай колькасцю пяхоты адплыць у Швецыю, а рэшткі конніцы адышлі ў Пярну (Эстонія). Аднак выкарыстаць вынікі перамогі Жыгімонт не змог.
Па просьбе маскоўскага цара Васіля Шуйскага кароль Швецыі Карл IX у 1609 г. падпісаў дамову аб дапамозе цару ў ягонай барацьбе з Ілжэдзмітрыем II. Корпус шведскага генерала Я. Дэлагардзі з баямі прасоўваўся да Масквы. Саюз Масквы са Швецыяй і ўступленне шведскіх войскаў на маскоўскую тэрыторыю сталі зачэпкай для пачатку вайны Рэчы Паспалітай супраць Масковіі.
Вайна была абвешчана ў верасні 1609 г. Сам кароль Жыгімонт узначаліў войска, да якога далучыліся польскія, літоўскія-беларускія і ўкраінскія атрады з-пад Тушына.
21 верасня 1609 г. Жыгімонт асадзіў Смаленск і затрымаўся тут надоўга: горад быў узяты толькі 3 чэрвеня 1611 г. Аднак за гэты час войска кароннага гетмана С. Жулкеўскага, якое складалася з польскай і літоўскай-беларускай конніцы і ўкраінскіх казакоў нягледзячы на вялікую перавагу ў людзях маскоўскай арміі князя Дз. Шуйскага, цалкам разграміла ворага ля вёскі Клушына 24 чэрвеня 1610 г.
Пасля гэтае перамогі войска С. Жулкеўскага падышло да Масквы. Там якраз адбыўся пераварот. Цар Васіль Шуйскі быў скінуты з трона, і баярская рада як часовы ўрад запрасіла ў Маскву на трон 15-гадовага сына караля — Уладзіслава, які быў абвешчаны царом. У верасні 1610 г. польскае і літоўскае-беларускае войска заняло Маскву. У гэтым паходзе ўдзельнічала не толькі шляхта, але і іншыя ваенна-служылыя людзі. Так, з 12 рот выбранцаў ВКЛ 10 бралі ўдзел у аблозе Масквы.