У такіх нялёгкіх абставінах пачалося нядоўгае панаванне Міхала Томаша Карыбута Вішнявецкага. 29 верасня 1669 г. Міхал Вішнявецкі каранаваўся ў Кракаве. Але ўжо першы каранацыйны сойм (з нагоды каранацыі) быў сарваны. Сойм засядаў ад 1 кастрычніка да 12 лістапада. На ім абмяркоўвалася даволі добрая палітычная праграма. Але апазіцыя магнатаў, карыстаючыся правам ліберум вета (аднагалоснага прыняцця законаў), сарвала гэты сойм. Дарэчы, заганная практыка зрыву соймаў працягвалася і далей. Усяго з шасці соймаў у часе панавання Вішнявецкага чатыры былі сарваны. У далейшым малады кароль вымушаны быў абапірацца на розныя магнацкія групоўкі і неўзабаве зрабіўся прыладай у барацьбе магнацкіх клік паміж сабой.
У лістападзе 1669 г. рада сената Рэчы Паспалітай разглядала важную дзяржаўную справу аб жаніцьбе караля. Гэта сапраўды была дзяржаўная справа, бо ад выбару нявесты залежала тое, з якой дзяржавай будуць саюзныя адносіны, а з якой могуць і сапсавацца. Магнаты, якія засядалі ў радзе Сената (асобы, што займалі вышэйшыя пасады ў Польшчы і Літоўскім-Беларускім гаспадарстве), выбралі для караля 16-гадовую нявесту, эрцгерцагіню аўстрыйскую Элеанору Марыю Юзэфу Габсбург, дачку імператара Свяшчэннай Рымскай (Германскай) імперыі Фердынанда III і сястру імператара Леапольда I. Міхал Вішнявецкі адказаў сенатарам, што згодзен з імі, «каб было выгадна і вам і быў пажытак для Рэчы Паспалітай». Каралю ў гэты час было 29 гадоў.
27 лютага 1670 г. у Чэнстахове адбыўся шлюб. Такі палітычна-сямейны саюз узмацніў пазіцыі Міхала Вішнявецкага. Цяпер ён у сваёй унутранай палітыцы абапіраўся на Габсбургаў і схіліў на свой бок аўстрыйскую партыю магнатаў. Ды і каралева Элеанора хутка стала вернаю сяброўкаю караля. Ад гэтага шлюбу дзяцей не было (у каралевы было два выкідышы), і гэта стала прычынаю дамаганняў апазіцыі разводу караля. (Праз чатыры гады пасля смерці мужа 25-гадовая каралева Элеанора выйшла замуж за герцага латарынгскага Карла, нарадзіла 6 дзяцей і стала продкам Габсбург-Латарынгскага дому, які панаваў у Аўстрыі і Аўстра-Венгрыі да 1918 г.)
Фактычна патрабаванні разводу былі спробамі разарваць саюз з Аўстрыяй. У красавіку 1670 г. апазіцыя сарвала чарговы сойм. Адзін з дэпутатаў выступіў з пратэстам супраць працягу тэрміну пасяджэнняў (дастаткова, каб сойм разышоўся). Наступны, асенні, сойм шляхта ўратавала, пагражаючы апазіцыі вайной. Шэраг законаў і пастаноў быў прыняты.
А ў гэты час нарастала пагроза вайны з Турцыяй. Крымскія татары пачалі нападаць на паўднёвыя раёны Рэчы Паспалітай на Украіне. Тым не менш барацьба апазіцыі супраць караля працягвалася. Наступныя соймы зноў зрываліся. У чэрвені 1672 г. апазіцыя патрабавала ад караля скласці карону, але, увогуле нерашучы чалавек, на гэты раз ён адмовіў. Вакол караля арганізавалася генеральная канфедэрацыя шляхты (вайсковы саюз, які меў характар сойма, але ўжо пастановы канфедэрацыі прымаліся не аднагалосна, як на сойме, а большасцю галасоў). Кароль абвясціў аб скліканні паспалітага рушэння (агульнага апалчэння шляхты).
Тады апазіцыя (ці «незадаволеныя», як іх называлі) абвясціла сваю канфедэрацыю. Мэтаю яе была дэтранізацыя Вішнявецкага і выбары новага караля з французскіх прынцаў. «Незадаволеныя» звярнуліся па дапамогу да караля Францыі Людовіка XIV. Гэты акт падпісалі 38 сенатараў, міністраў вышэйшых чыноўнікаў і афіцэраў на чале з прымасам М. Пражмоўскім і гетманам вялікім каронным Я. Сабескім. Апазіцыя вылучыла новую кандыдатуру на трон — французскага герцага Шарля дэ Лангвіля (нашчадка няшлюбнай лініі папярэдняй дынастыі Валуа). Нават прапанавалі развесці караля з каралевай і выдаць яе замуж за французскага герцага. Але герцаг загінуў 12 чэрвеня 1672 г. у бітве падчас вайны паміж Францыяй і Галандыяй. Апазіцыянеры пачалі збірацца ў Гданьску. Спробы караля неяк дамовіцца з апазіцыяй не ўдаліся. Тады кароль сабраў паспалітае рушэнне для барацьбы з ворагамі.
Унутраным непарадкам у Рэчы Паспалітай карысталіся суседнія дзяржавы. Так, у 1670 г. кароль, пацвердзіўшы Андрусаўскае перамір'е 1667 г. з Масковіяй, вымушаны быў пакінуць Кіеў Масковіі (хаця па ўмовах перамір'я Кіеў перадаваўся Масковіі толькі на два з паловай года). Брандэнбургскі курфюрст Фрыдрых Вільгельм загадаў арыштаваць на польскай тэрыторыі лідэра апазіцыі ў Прусіі Л. Калькштэйна-Сталінскага і пакараць смерцю ў Мемелі (Клайпедзе). Акрамя папяровага пратэсту, Міхал Вішнявецкі нічога не змог зрабіць.